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UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive" UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel 43 bd du 11 novembre 1918 69622 VILLEURBANNE cedex
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Mes recherches se situent dans le domaine de l’écologie évolutive et l’écologie du comportement. Les modèles d’étude sont la marmotte des Alpes (Marmota marmota) et l’ours brun (Ursus arctos).
I. La marmotte des Alpes
La marmotte alpine présente trois caractéristiques intéressantes pour un mammifère, à savoir : la capacité à hiberner, une socialité élaborée et un appariement socialement monogame. J’aborde le fonctionnement des populations de marmottes à la lumière des prédictions théoriques (notamment en termes de sélection sexuelle) issues de ces trois caractéristiques et plus particulièrement de la monogamie. Je focalise mes recherches sur 4 axes : système d’appariement, sex-ratio, coopération et diversité génétique.1. Système d’appariement
Les progrès des techniques moléculaires ont permis de montrer que l’association monogamie sociale/monogamie génétique est loin d’être systématique. La rareté de la monogamie sociale chez les mammifères fait de la marmotte alpine un modèle pertinent pour aborder cette problématique. Je m’intéresse aux causes évolutives de la monogamie sociale et du changement de partenaire. D’autre part, je me concentre également sur l’analyse des causes évolutives des paternités hors couples.
2. Sex-ratio et Coopération
Les biais de sex-ratio au niveau populationnel sont rarement démontrés et encore plus rarement expliqués. Nous avons trouvé une sex-ratio dans les portées (SR = 0.554) significativement biaisée en faveur des mâles (N = 343). Nous avons montré que ce biais populationnel chez la marmotte alpine peut s’expliquer par le fait que les mâles se comportent en helpers (participation plus efficacement à la thermorégulation sociale ?) et remboursent ainsi une part de l’investissement maternel qu’ils ont reçu, ce qui justifierait qu’ils soient produits en plus grand nombre (« helper repayment hypothesis »). Cependant, nous avons montré qu’il existe un nombre optimal de helpers (modèle d’optimisation). Au niveau individuel, les prédictions des biais sont floues. Les espèces qui se reproduisent en coopération sont une exception notable. En effet, une prédiction claire, mais rarement testée chez les mammifères est que les femelles devraient produire les helpers en excès lorsqu’elles en manquent. Conformément à cette prédiction, nous avons montré que les femelles produisent un excès de mâles (66%) quand ils sont absents des groupes familiaux alors que la sex-ratio est équilibrée en leur présence. Ces résultats suggèrent qu’un ajustement facultatif de la sex-ratio est possible chez les vertébrés supérieurs même si le mécanisme est encore inconnu.
3. La diversité génétique
Nous avons montré un lien entre diversité génétique (mesurée par l’hétérozygotie) et la valeur sélective (survie juvénile) chez deux espèces de mammifères contrastés, le chevreuil et la marmotte alpine (Da Silva et al. 2006). Chez la marmotte alpine, le lien est trouvé avec H (hétérozygotie moyenne standardisée) et il est d’autant plus fort que les conditions environnementales sont difficiles, ce qui indique que le désavantage lié à la consanguinité se révèle important dans les conditions adverses. Chez le chevreuil, le lien est trouvé avec l’indice d2, ce qui indique plutôt un avantage à l’ « outbreeding » chez cette espèce.
II. L’ours brun

L’ours brun présente un enjeu sociétal fort en France mais également dans toute l’Europe de l’ouest. Depuis l’année 2005, j’ai démarré un programme de recherche concernant l’utilisation de l’habitat par l’ours brun. Ce projet est réalisé en collaboration avec l’ONCFS et en co-tutelle avec Jon Swenson (Responsable du programme « ours » en Scandinavie, Norvège) et est financé par l’ANR (projet « Mobilité »). L’objectif est de déterminer les habitats favorables à l’ours brun à partir d’une méthodologie innovante fondée sur l’étude mathématique des trajectoires individuelles. D’un point de vue méthodologique, nous avons montré que les analyses d’utilisation de l’habitat doivent tenir compte de l’autocorrélation spatiale entre les localisations. Biologiquement, nous avons montré que les déplacements suivent un patron bimodal à l’échelle de la journée et que les trajets à une échelle temporelle plus grande peuvent se découper en une succession de trajets sinueux dans des patchs et linéaires entre les patchs. L’utilisation de l’habitat par les ours en Suède obéit à une processus hiérarchique : il ne semble pas y avoir de patron net pour la localisation des domaines vitaux. Par contre, l’utilisation de l’habitat à l’intérieur du domaine est étroitement liée aux perturbations humaines et à la présence de pentes fortes surexploitées en présence de dérangements humains.
+Publications -Publications
article :
Lardy S, Cohas A, Desouhant E, Tafani M, Allainé D (2012)
Paternity and Dominance Loss in Male Breeders: The Cost of Helpers in a Cooperatively Breeding Mammal, PLoS one, vol. 7 pp.1-6
Lardy S, Cohas A, Figueroa I, Allainé D (2010)
Mate change in a socially monogamous mammal: evidences support the "forced divorce" hypothesis, Behavioral Ecology, vol. pp.1-6
Lardy S, Cohas A, Figueroa I, Allainé D (2010)
Mate change in a socially monogamous mammal: evidences support the "forced divorce" hypothesis, Behavioral Ecology, vol. pp.1-6
Martin J, Basille M, Van Moorter B, Kindberg J, Allainé D, Swenson JE (2010)
Coping with human disturbance: spatial and temporal tactics of the brown bear Ursus arctos, Can. J. Zool., vol. 88(9) pp.875-883
Cohas A, Allainé D (2009)
Social structure influences extra-pair paternity in socially monogamous mammals, Biology letters, vol. pp.42-48
Cohas A, Bonenfant C, Kempenaers B, Allainé D (2009)
Age-specific effect of heterozygosity on survival in alpine marmots Marmota marmota, Molecular Ecology, vol. 18 pp.1491-1503
Da Silva A, Gaillard J-M, Yoccoz NY, Mark Hewison AJ, Galan M, Coulson T, Allainé D, Vial L, Delorme D, Van Laere G, Klein F, Luikart G (2009)
Heterozygosity-fitness correlations revealed by neutral and cadidate gene markers in roe deer from a long-term study, Evolution, vol. 63(2) pp.403-417
Bel-Venner MC, Dray S, Allainé D, Menu F, Venner S (2008)
Unexpected male choosiness for mates in a spider, Proceedings of The Royal Society B-Biological Sciences, vol. 275 pp.77-82
Cohas A, Yoccoz NG, Bonenfant C, Goossens B, Genton C, Galan M, Kempenaers B, Allainé D (2008)
The genetic similarity between pair members influences the frequency of extrapair paternity in alpine marmots, Animal Behavior, vol. 76 pp.87-95
Martin J, Calenge C, Quenette P-Y, Allainé D (2008)
Importance of movement constraints in habitat selection studies, Ecological Modelling, vol. 213 pp.257-262
Cohas A, Allainé D (2007)
Extra-pair paternity in alpine marmots: do Females come from Venus and males from Mars?, International Marmot Network, vol. pp.42-48
Cohas A, Bonenfant C, Gaillard J-M, Allainé D (2007)
Are extra-pair young better than within-pair young? A comparison of survival and dominance in alpine marmot, Journal of Animal Ecology, vol. 76 pp.771-781
Cohas A, Yoccoz NG, Allainé D (2007)
Extra-pair paternity in alpine marmots Marmota marmota: genetic quality and genetic diversity effects, Behavioral ecology and sociobiology, vol. 61 pp.1081-1092
Servanty S, Gaillard J-M, Allainé D, Brandt S, Baubet E (2007)
Litter size and fetal sex ratio adjustment in a highly polytocous species : the wild boar, Behavioral Ecology, vol. 18 pp.427-432
Cohas A, Yoccoz NG, Da Silva A, Goossens B, Allainé D (2006)
Extra-pair paternity in the monogamous alpine marmot (Marmota marmota): The roles of social setting and female mate choice, Behavioral ecology and sociobiology, vol. 59 pp.597-605
Da Silva A, Luikart G, Yoccoz NG, Cohas A, Allainé D (2006)
Genetic diversity-fitness correlation revealed by microsatellite analyses in European alpine marmots (Marmota marmota), Conservation Genetics, vol. 7 pp.371-382
Gaillard J-M, Yoccoz NG, Lebreton J-D, Bonenfant C, Devillard S, Loison A, Pontier D, Allainé D (2005)
Generation time: a reliable metric to measure life-history variation among mammalian populations, The American Naturalist, vol. 166 pp.119-123
Allainé D (2004)
Sex ratio variation in the cooperatively breeding alpine marmot Marmota marmota, Behavioral Ecology, vol. 15 pp.997-1002
Allainé D, Theuriau F (2004)
Is there an optimal number of helpers in alpine marmot family groups?, Behavioral Ecology, vol. 15 pp.916-924
Devillard S, Allainé D, Gaillard J-M, Pontier D (2004)
Does social complexity lead to sex-biased dispersal in polygynous mammals ? A test on ground-dwelling sciurids., Behavioral Ecology, vol. 15 pp.83-87
Da Silva A, Luikart G, Allainé D, Gautier P, Taberlet P, Pompanon F (2003)
Isolation and caractérisation of microsatellites in European alpine marmots (Marmota marmota), Molecular Ecology Notes, vol. 3 pp.189-190
Farand E, Allainé D, Coulon J (2002)
Variation in survival rates of the monogamous alpine marmot (Marmota marmota) : effects of sex age year and climate factors, Canadian Journal of Zoology, vol. 80 pp.342-349
King W, Allainé D (2002)
Dominance relationships male turnover and other factors influencing reproductive success of female alpine marmots (Marmota marmota), Canadian Journal of Zoology, vol. 80 pp.2137-2143
Goossens B, Chikhi L, Taberlet P, Waits LP, Allainé D (2001)
Microsatellite analysis of genetic variation among and within alpine marmot populations in the French alps, Molecular Ecology, vol. 10 pp.41-52
Allainé D (2000)
Sociality mating system and reproductive skew in marmots : evidence and hypotheses, Behavioural Processes, vol. 51 pp.21-34
Allainé D, Brondex F, Graziani L, Coulon J, Till-Bottraud I (2000)
Male-biased sex ratio in litters of alpine marmots supports the helper repayment hypothesis, Behavioral Ecology, vol. 11 pp.507-514
inbook :
Allainé D, Yoccoz NG (2003)
Rodents in the European Alps : population ecology and potential impacts on ecosystems, , vol. pp.339-349
inproceedings :
Da Silva A, Allainé D (2002)
Effect of phenotypic and genotypic quality on juvenile alpine marmots survival: preliminary results, IV Int. Symp. on Alpine Marmot and gen. Marmota, Int Marmot Network Publ. Moscow-Lyon, Adaptive Strategies and diversity in Marmots pp.157-164



