UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

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Thomas Bigot

doctorant - UCBL

courriel :

tél. : 04 72 43 35 82

fax :

UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1  - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Bâtiment : Mendel Bureau : 11

Enseignement
J’effectue, en tant que doctorant, 64 heures équivalent-TD de vacations par année scolaire.
- +M2 GBCP/RIF : Bioinformatique -M2 GBCP/RIF : Bioinformatique
  
  Description UE
- +M1 Écosciences Microbio : Conservation Biologique et Biométrie
  
  (2009–2010 à 2011–2012)
  CM
  — (1h30) Bases de la Phylogénie Moléculaire
  — (1h30) L’identification taxonomique, Puces à ADN
  TP (9h) Phylogénie Moléculaire et Puces à ADN
- +L3 GBC/Microbiologie/Physiologie : Approches Statistique et Bio-informatique du Vivant
- +L2/L3 MIV : Bioinformatique MIV -L2/L3 MIV : Bioinformatique MIV
  
  (2009–2010 à 2010–2011)
  CM (2h) : « La programmation orientée objet pour la Biologie »
  TP (12h) : Le langage Python pour la Bioinformatique
- +L3 ENS Biologie Fondamentale : Bases de données pour la Bio-Informatique
  
  (2009–2010 à 2010–2011)
  CM (2h) : Bases de données relationnelles et leur utilisation pour la Bio-Informatique
  TP (12h) : Apprendre PostgreSQL avec des données d’Écologie

Recherche
J’effectue une Thèse sous la direction de Guy Perrière sur l’identification et la classification de séquences.
- +Identification de séquences de métagénomique
  
  Les séquences issues de la métagénomique sont aujourd’hui obtenues par des méthodes à haut débit. Les séquences ne sont pas toujours assez longues pour l’identification classique. De plus, les organismes sont inconnus par définition, puisqu’on estime que moins d’un pourcent du vivant est cultivable et séquencé avec les méthodes classiques.
  
  Il s’agit donc de trouver des méthodes différentes pour améliorer l’affectation taxonomique et fonctionnelle de ces séquences.