UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

• Enseignement

  Pendant mon doctorat, j’ai effectué 64 heures équivalent-TD de vacations par année universitaire.

  • +M2 GBCP/RIF : Outils Statistiques et Bioinformatiques pour l’Analyse des Données Biologiques -M2 GBCP/RIF : Outils Statistiques et Bioinformatiques pour l’Analyse des Données Biologiques

    
     CM (2×3h) : Introduction à la Bio-Informatique Génomique ; Introduction à la Phylogénie Moléculaire.
     TP (5×3h) : Banques de données, annotations et outils de recherche ; navigateurs de génomes ; bases de la phylogénie ; application sur jeux de données réelles. Aide à la création de fiches de TP. Mise en place ex nihilo et administration du module ENT.

  • +M1 Écosciences Microbio : Conservation Biologique et Biométrie -M1 Écosciences Microbio : Conservation Biologique et Biométrie

    
     CM (2×1h30) : introduction à la Phylogénie moléculaire ; Introduction à l’identification d’espèces par puces à ADN. Administration de la partie Phylogénie l’ENT. Rédaction d’examens. Organisation de la partie Phylogénie de l’UE.
     TP (3×3h) : prise en main des outils de Phylogénie (SeaView, PhyML) ; Utilisation d’outils pour la reconstruction de la phylogénie universelle ; Conception théorique de puces ADN, avec utilisation d’outils en ligne pour évaluer des critères évolutionnistes précis. Actualisation des fiches de TP.

  • +L3 GBC/Microbiologie/Physiologie : Approches Statistique et Bio-informatique du Vivant -L3 GBC/Microbiologie/Physiologie : Approches Statistique et Bio-informatique du Vivant

    
     Organisation de l’UE pendant un semestre par intérim (printemps 2012) : élaboration des emplois du temps et des groupes. Co-rédaction des examens. Mise en place d’un nouveau module d’Enseignement Numérique de Travail (ENT — en l’occurrence Spiral Connect).

     CM (3×1h30) : Introduction à la Bio-Informatique ; Annotation et Bases de Données ; La Bio-Informatique théorise la Biologie et invente de nouvelles questions.

     TP (6×3h) : Rénovation et actualisation des fiches de TP. Banques de données, annotations et outils de recherche ; navigateurs de génomes ; bases de la Phylogénie ; application sur jeux de données réelles.

  • +L2/L3 MIV : Bioinformatique MIV -L2/L3 MIV : Bioinformatique MIV

    (2009–2010 à 2010–2011)
     CM (2h) : la Programmation Orientée Objet et son utilité en Biologie (abres phylogénétiques, séquences). Rédaction du CM. Co-gestion de l’ENT. Rédaction d’examens.
     TP (5×3h) : le langage Python pour la Bio-Informatique : extraction d’informations de séquences. Rédaction de contrôles de TP.

  • +L3 ENS-Lyon, Biologie Fondamentale : Bases de données pour la Bio-Informatique -L3 ENS-Lyon, Biologie Fondamentale : Bases de données pour la Bio-Informatique

    (2009–2010 à 2010–2011)
     CM (2h) : Théorie sur les bases de données relationnelles, utilisation en Biologie.
     TP (10h) : mise en place et interrogation d’une base de données avec des données réelles d’écologie. Réponse à des questions biologiques à l’aide de requêtes adaptées.

• Recherche

  J’ai soutenu une thèse qui s’est effectuée sous la direction de Guy Perrière sur la recherche de motifs d’arbres phylogénétiques. J’ai notamment développé la suite tpms qui permet d’exploiter des collections d’arbres phylogénétiques. Elle permet par exemple :

   de détecter des motifs explicites dans les arbres,
   de raciner selon des critères nouveaux,
   de détecter des incongruences pouvant être interprétées comme transferts horizontaux.

  Le programme est disponible sur github à l’adresse https://github.com/tbigot/tpms/

  Thomas Bigot

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