UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

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  Résumé de mon travail et de mes centres d’intérêt

  Mon travail participe de la phylogénie moléculaire, tant au travers du développement de nouvelles méthodes que de l’application de ces méthodes à des données biologiques.

  Au cours de ma thèse supervisée par Manolo Gouy, du point de vue méthodologique, j’ai modifié un algorithme efficace de recherche de phylogénies au maximum de vraisemblance (PhyML, Guindon et Gascuel 2003) pour l’adapter à un modèle non-homogène d’évolution des séquences (Galtier et Gouy 1998).

  J’ai ainsi pu appliquer cette méthode à un jeu de données contenant des séquences d’ARN ribosomiques d’un ensemble aussi représentatif que possible des trois royaumes du vivant, afin d’en conclure que l’estimation du contenu en bases G+C des ARNr du dernier ancêtre commun universel (LUCA) ne plaide pas en faveur d’un ancêtre hyperthermophile. Ces travaux ont été confirmés par l’analyse de protéines par nos collègues.

  J’ai également contribué au développement de Bio++, et j’ai travaillé sur diverses phylogénies profondes et/ou problématiques, la recombinaison, les transferts et duplications de gènes, et la reconstruction de contenus en gènes ancestraux.

  Désormais je partage mon temps entre le laboratoire LBBE à Lyon, France, et le laboratoire de John Huelsenbeck du Center for Theoretical Evolutionary Genomics à Berkeley, USA. Je m’intéresse aux méthodes intégrées pour étudier l’évolution des génomes et des organismes qui les contiennent. Je travaille notamment au développement d’une méthode permettant de reconstruire simultanément un arbre phylogénétique des organismes et les arbres des gènes qu’ils contiennent.

  Logiciels que j’ai développés ou aidé à développer :

  nhPhyML : Logiciel pour reconstruire des phylogénies en utilisant le modèle branche-hétérogène d’évolution de séquences d’ADN de Galtier et Gouy, 1998 : http://pbil.univ-lyon1.fr/software/nhphyml/

  PhyML_Multi : Logiciel pour inférer simultanément positions de recombinaison et phylogénies dans un alignement de séquences d’ADN ou de protéines. Développé avec l’aide de Laurent Guéguen : http://pbil.univ-lyon1.fr/software/phyml_multi/

  Bio++ : Ensemble de bibliothèques C++ pour développer des applications utilisant des analyses de séquences, des analyses phylogénétiques, ou des analyses de génétique des populations. Principalement développé par Julien Dutheil : http://biopp.univ-montp2.fr/

  bppSuite : Ensemble de programmes très utiles en phylogénie. Inclue notamment bppML, bppAncestor and bppSeqgen, qui peuvent respectivement calculer la vraisemblance, reconstruire des séquences ancestrales, et simuler des séquences tau sein d’une phylogénie avec des modèles branche-hétérogènes, entre autres modèles sophistiqués. Principalement développé par Julien Dutheil : http://home.gna.org/bppsuite/

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