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UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive" UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel 43 bd du 11 novembre 1918 69622 VILLEURBANNE cedex
- +Présentation de mon travail -Présentation de mon travail
Résumé de mon travail et de mes centres d’intérêt
Mon travail participe de la phylogénie moléculaire, tant au travers du développement de nouvelles méthodes que de l’application de ces méthodes à des données biologiques.
Au cours de ma thèse supervisée par Manolo Gouy, du point de vue méthodologique, j’ai modifié un algorithme efficace de recherche de phylogénies au maximum de vraisemblance (PhyML, Guindon et Gascuel 2003) pour l’adapter à un modèle non-homogène d’évolution des séquences (Galtier et Gouy 1998).
J’ai ainsi pu appliquer cette méthode à un jeu de données contenant des séquences d’ARN ribosomiques d’un ensemble aussi représentatif que possible des trois royaumes du vivant, afin d’en conclure que l’estimation du contenu en bases G+C des ARNr du dernier ancêtre commun universel (LUCA) ne plaide pas en faveur d’un ancêtre hyperthermophile. Ces travaux ont été confirmés par l’analyse de protéines par nos collègues.
J’ai également contribué au développement de Bio++, et j’ai travaillé sur diverses phylogénies profondes et/ou problématiques, la recombinaison, les transferts et duplications de gènes, et la reconstruction de contenus en gènes ancestraux.
Désormais je partage mon temps entre le laboratoire LBBE à Lyon, France, et le laboratoire de John Huelsenbeck du Center for Theoretical Evolutionary Genomics à Berkeley, USA. Je m’intéresse aux méthodes intégrées pour étudier l’évolution des génomes et des organismes qui les contiennent. Je travaille notamment au développement d’une méthode permettant de reconstruire simultanément un arbre phylogénétique des organismes et les arbres des gènes qu’ils contiennent.
Logiciels que j’ai développés ou aidé à développer :
nhPhyML : Logiciel pour reconstruire des phylogénies en utilisant le modèle branche-hétérogène d’évolution de séquences d’ADN de Galtier et Gouy, 1998 : http://pbil.univ-lyon1.fr/software/nhphyml/
PhyML_Multi : Logiciel pour inférer simultanément positions de recombinaison et phylogénies dans un alignement de séquences d’ADN ou de protéines. Développé avec l’aide de Laurent Guéguen : http://pbil.univ-lyon1.fr/software/phyml_multi/
Bio++ : Ensemble de bibliothèques C++ pour développer des applications utilisant des analyses de séquences, des analyses phylogénétiques, ou des analyses de génétique des populations. Principalement développé par Julien Dutheil : http://biopp.univ-montp2.fr/
bppSuite : Ensemble de programmes très utiles en phylogénie. Inclue notamment bppML, bppAncestor and bppSeqgen, qui peuvent respectivement calculer la vraisemblance, reconstruire des séquences ancestrales, et simuler des séquences tau sein d’une phylogénie avec des modèles branche-hétérogènes, entre autres modèles sophistiqués. Principalement développé par Julien Dutheil : http://home.gna.org/bppsuite/
+Publications -Publications
article :
Boussau B, Gouy M (2012)
What genomes have to say about the evolution of the Earth, Gondwana Research, vol. 21 pp.483-494
Dutheil J Y, Galtier N, Romiguier J, Douzery E J P, Ranwez V, Boussau B (2012)
Efficient Selection of Branch-Specific Models of Sequence Evolution, Molecular Biology Evolution, vol. pp.1-14
Romiguier J, Figuet E, Galtier N, Douzery E J P, Boussau B, Dutheil J Y, Ranwez V (2012)
Fast and Robust Characterization of Time Heterogeneous Sequence Evolutionary Processes Using Substitution Mapping, PLos one, vol. 7 pp.1-10
Boussau B, Brown J M, Fujita M K (2011)
NONADAPTIVE EVOLUTION OF MITOCHONDRIAL GENOME SIZE, Evolution, vol. 65 pp.2706-2711
Whitney K D, Boussau B, Baack J E, Garland T Jr (2011)
Drift and Genome Complexity Revisited, PLoS GENETICS, vol. 7 pp.1-5
Boussau B (2009)
Phylogenetic Relationships Deduced from Whole Genome Comparisons, Encyclopedia of Life Sciences, vol. pp.1-8
Boussau B, Daubin V (2009)
Genomes as documents of evolutionary history, Trends in Ecology and Evolution, vol. 1192 pp.1-9
Boussau B, Guéguen L, Gouy M (2009)
A Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies, Evolutionary Bioinformatics, vol. 5 pp.67-79
Boussau B, Blanquart S, Necsulea A, Lartillot N, Gouy M (2008)
Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon, Nature, vol. 456 pp.942-945
Boussau B, Guéguen L, Gouy M (2008)
Accounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria, BMC Evolutionary Biology, vol. 8 pp.272-272
Brochier-Armanet C, Boussau B, Gribaldo S, Forterre P (2008)
Mesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum the Thaumarchaeota, Nature Reviews Microbiology, vol. 6 pp.245-252
Dutheil J, Boussau B (2008)
Non-homogeneous models of sequence evolution in the Bio++ suite of libraries and programs, BMC Evolutionary Biology, vol. 8:255 pp.31-42
Boussau B, Gouy M (2006)
Efficient Likelihood Computations with Nonreversible Models of Evolution, Systematic Biology, vol. 55 pp.756-768
Boussau B, Karlberg EO, Frank AC, Legault BA, Andersson SG (2004)
Computational inference of scenarios for alpha-proteobacterial genome evolution, Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America, vol. 101 pp.9722-9727
Robinson-Rechavi M, Boussau B, Laudet V (2004)
Phylogenetic dating and characterization of gene duplications in vertebrates: the cartilaginous fish reference, Molecular Biology and Evolution, vol. 21 pp.580-586
phdthesis :
Boussau B (2008)
Early Evolution and Phylogeny



