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VetAgro Sup Campus Vétérinaire de Lyon 1, avenue Bourgelat 69280 MARCY L’ÉTOILE +33 (0)4 78 87 27 40
- Thèmes de recherche
- +Développement de méthodes d’appréciation quantitative des risques -Développement de méthodes d’appréciation quantitative des risques
Je développe des méthodes et outils d’Appréciation Quantitative des Risques (AQR) adaptés aux besoins exprimés par les gestionnaires des risques, et en particulier permettant l’estimation d’un risque pour une population ou une communauté donnée, intégrant toutes les sources de variabilité (hétérogénéité inter-individus ou inter-espèces, variabilité temporelle, géographique …) assortie d’une indication de l’incertitude sur cette estimation (reflet du niveau d’ignorance du modélisateur). Dans ce but j’utilise en particulier des modèles hiérarchiques qui permettent de séparer incertitude et variabilité. Je développe des approches bayésiennes permettant d’estimer les paramètres de modèles souvent complexes (modèles avec variables latentes, modèles hiérarchiques, modèles dynamiques, …) à partir de données disparates et parfois incertaines (dires d’experts, données expérimentales publiées dans des études variées et recueillies dans le cadre d’une méta-analyse, données extrapolées à partir d’observations imparfaites et données expérimentales ciblées), et des approches de simulation de Monte Carlo à deux dimensions permettant d’utiliser ces modèles en prévision dans le cadre de l’AQR.

Schéma des simulations de Monte Carlo à deux dimensions
- +Modélisation des risques en écotoxicologie -Modélisation des risques en écotoxicologie
Je suis membre de l’équipe « Modélisation et Ecotoxicologie Prédictives (MEPS) » qui a vu le jour au sein du département « Ecologie Evolutive » du LBBE en janvier 2010. Les recherches de l’équipe s’articulent autour de la modélisation de systèmes dynamiques mécanistes, à visée cognitive et prédictive et l’inférence statistique pour l’évaluation du risque environnemental. L’écotoxicologie est le domaine d’application prioritaire des développements méthodologiques de l’équipe. Je participe aux travaux de modélisation en écotoxicologie menés au sein de l’équipe, notamment en transférant une partie des méthodes développées initialement dans le domaine du risque alimentaire. L’écotoxicologie vise à inférer les effets des contaminants au niveau des populations à partir des résultats de bio-essais obtenus au niveau individuel. Des modèles d’effet mécanistes sont utilisés pour décrire la survie, la croissance et la reproduction comme des fonctions continues du temps et de la concentration d’exposition. Ces modèles complexes comportent de nombreux paramètres difficiles à estimer à partir des seules données expérimentales. Néanmoins ils ont tous une signification biologique, et il est possible pour la plupart d’entre eux de définir une loi a priori informative. Ainsi nous avons montré l’intérêt de l’inférence bayésienne comme méthode d’estimation des paramètres de ces modèles. Néanmoins l’approche que nous avons proposée reste lourde à mettre en œuvre, difficile à mettre à disposition des écotoxicologues. Nous travaillons actuellement à sa simplification (via la simplification des modèles et/ou l’utilisation de méthode d’inférence bayésienne approchée), à sa généralisation et à la création d’outils utilisables directement par les écotoxicologues. Par ailleurs l’extrapolation à l’échelle d’une communauté (écosystème comprenant diverses espèces) nécessite de prendre en compte la variabilité de réponse entre espèces ainsi que les interactions potentielles entre celles-ci. Les approches utilisées actuellement par les gestionnaires du risque ne prennent pas en compte les interactions biologiques et ne prennent en compte la variabilité inter-espèces que de façon très rudimentaire ne permettant pas d’estimer réellement un effet sur la communauté. Nous travaillons actuellement à l’amélioration de ces approches en vue de les rendre plus pertinentes d’un point de vue biologique, notamment par un meilleur couplage entre les modèles d’effet individuels et les modèles de distribution de sensibilités (SSD : Species Sensitivity Distributions). Nos partenaires principaux dans le cadre de ce champ d’application sont le CEMAGREF (Lyon), l’ENTPE (Vaulx en velin) et l’INRA (Rennes).

- +Modélisation des risques alimentaires -Modélisation des risques alimentaires
Mon domaine aujourd’hui secondaire d’application (qui fut le premier durant le début de ma carrière) est la modélisation des risques microbiologiques lié à l’alimentation humaine. Je me suis initialement beaucoup intéressée à la modélisation de l’exposition et notamment à la modélisation de l’effet des facteurs environnementaux (température, pH, …) sur les aptitudes de croissance des populations de micro-organismes pathogènes dans l’aliment (microbiologie prévisionnelle) et à la prise en compte, dans les AQR, des variabilités parfois importantes entre souches d’une même espèce microbienne. J’ai ensuite élargi mon champ d’investigation en abordant l’AQR en microbiologie alimentaire dans sa globalité, englobant la modélisation des effets (loi dose-réponse) et la caractérisation des risques. J’ai en particulier participé à des travaux collectifs d’appréciation des risques liés à Listeria monocytogenes dans les produits réfrigérés, aux Escherichia coli producteurs de shiga-toxines dans la viande de boeuf hachée, à Clostridium perfringens dans les plats en sauce à base de viande de boeuf. Dans le cadre de ce champ d’application, mes partenaires proches sont l’AFSSA (LERQAP Maisons Alfort) et l’INRA (MIA Jouy-en-Josas), et je participe à des projets impliquant de multiples partenaires académiques et industriels (en dernier le projet Quant’HACCP soutenu par l’ANR).

- Activités d’enseignement
- +Enseignements à VetAgro Sup ou dans le cadre de formations cohabilitées -Enseignements à VetAgro Sup ou dans le cadre de formations cohabilitées
Responsable de l’enseignement de Biostatistique du Campus vétérinaire de Lyon (Semestre 6)
Participation à l’enseignement de statistique en démarche expérimentale du Campus vétérinaire de Lyon (Semestre 8)
Participation à l’enseignement de qualité et sécurité des aliments du campus vétérinaire de Lyon : modélisation des risques alimentaires (Semestre 11 et 12)
Responsable de divers modules de formation continue en statistique de VetAgro Sup ouvert aussi aux doctorants de l’école doctorale E2M2 : « Rappel et approfondissement des méthodes statistiques de base et mise en pratique avec le logiciel R », « Réalisation de représentations graphiques et automatisation de l’analyse de données avec le logiciel R », « Modèle linéaire », « Méthode de planification et d’analyse d’une expérience biologique mettant en jeu plusieurs facteurs », « Régression non linéaire »
Responsable du module « Statistique Bayésienne » de la 5ème année de l’INSA de Lyon, Spécialité « Bioinformatique et modélisation » (BIM), mutualisé avec le Master 2 « Ecosciences et Microbiologie » (UCBL, INSA, VetAgro Sup) et avec le Master 2 « Santé Publique » (UCBL, ECL et INSA de Lyon)
Responsable de l’enseignement de statistique du master Bioexpérimentation Animale (UCBL – VetAgro Sup)
- +Enseignements hors VetAgro Sup -Enseignements hors VetAgro Sup
Participation à l’enseignement « Sécurité sanitaire des aliments et analyse des risques » de l’Institut Pasteur de Paris.
- Divers
- +Développement de packages R -Développement de packages R
Participation au développement de packages R tous téléchargeables en version stable sur le site du CRAN ainsi qu’en version beta sur Rforge ) :
Projet « Risk assessment with R »
fitdistrplus : “Help to fit of a parametric distribution to non-censored or censored data”
mc2d : “Tools for Two-Dimensional Monte-Carlo Simulations”Projet "R package nlstools"
nlstools : “Tools for nonlinear regression diagnostics”
- +Bref CV -Bref CV
Etat civil
Mariée, 2 enfants
Date de naissance : 18/08/1969
Titres universitaires
1992 : Ingénieur Ecole Centrale de Lyon, option informatique et automatique.
1992 : DEA de Génie Biologique et Médical, option traitement de l’information et automatisation (Université Lyon I)
1995 :Thèse de doctorat (UMR CNRS 5558 – Université Lyon 1) : « Méthodes de prédiction des aptitudes de croissance des populations de micro-organismes »
1996- 2007 : Maître de conférences en Biostatistique à l’Ecole Nationale vétérinaire de Lyon
2004 : Habilitation à diriger des recherches (Université Lyon I) : « Contribution à la microbiologie prévisionnelle et à son application en appréciation quantitative des risques ».
Depuis 2008 : Professeur en Biostatistique à l’Ecole Nationale vétérinaire de Lyon qui a fusionné en janvier 2010 avec l’École nationale d’ingénieurs des travaux agricoles de Clermont-Ferrand et l’École nationale des services vétérinaires pour former l’institut d’enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de environnement VetAgro SupRécompenses
2011 : Best paper award from the SOT (Society of Toxicology) : Best Published Paper Demonstrating an Application of Risk Assessment (http://www.toxicology.org/ISOT/SS/RiskAssess/winners.asp), in collaboration with Régis Pouillot for the paper Pouillot R, Delignette-Muller ML. 2010. Evaluating variability and uncertainty separately in microbial quantitative risk assessment using two R packages. International Journal of Food Microbiology 142(3):330–40.Encadrement et co-encadrement de thèses de science
Florent Baty (2003), Brigitte Lamy (2004), Antoine Vimont (2007), Janice Kielbassa (2010), Séverine Jaloustre (prévue en 2011), Carole Forfait (prévue en 2013), Laurent Mariani (prévu en 2014)
+Publications -Publications
article :
Billoir E, Delhaye H, Forfait C, Clément B, Triffault-Bouchet G, Charles S, Delignette-Muller M-L (2012)
Comparison of bioassays with different exposure time patterns : The added value of dynamic modelling in predictive ecotoxicology, Ecotoxicology and Environmental Safety, vol. 75 pp.80-86
Commeau N, Parent E, Delignette-Muller M-L, Cornu C (2012)
Fitting a lognormal distribution to enumeration and absence/presence data, International Journal of Food Microbiology, vol. 155 pp.146-152
Forfait C, Charles S, Billoir E, Delignette-Muller M-L (2012)
Survival data analyses in ecotoxicology: critical effect concentrations methods and models. What should we use?, Ecotoxicology, vol. pp.532-540
Jaloustre S, Guillier L, Morelli E, Noël V, Delignette-Muller M-L (2012)
Modeling of Clostridium perfringens vegetative cell inactivation in beef-in-sauce products: A meta-analysis using mixed linear models, International Journal of Food Microbiology, vol. 154 pp.44-51
Billoir E, Delhaye H, Clément B, Delignette-Muller M-L, Charles S (2011)
Bayesian modelling of daphnid responses to time-varying cadmium exposure in laboratory aquatic microcosms, Ecotoxicology and Environmental Safety, vol. 74 pp.380-388
Ciliberti A, Berny P, Delignette-Muller M-L, de Buffrénil V (2011)
The Nile monitor (Varanus niloticus; Squamata: Varanidae) as a sentinel species for lead and cadmium contamination in sub-Saharan wetlands, Science of the Total Environment, vol. 409 pp.4735-4745
Delignette-Muller M-L, Forfait C, Billoir E, Charles S (2011)
A NEW PERSPECTIVE ON THE DUNNETT PROCEDURE : FILLING THE GAP BETWEEN NOEC/LOEC AND ECx CONCEPTS, Environmental Toxicology and Chemistry, vol. 30 pp.2888-2891
Jaloustre S, Cornu M, Morelli E, Noël C, Delignette-Muller M-L (2011)
Bayesian modeling of Clostridium perfringens growth in beef-in-sauce products, Food Microbiology, vol. 28 pp.311-320
Kielbassa J, Charles S, Delignette-Muller M-L (2011)
The importance of incorporating age and sex when backcalculating length in bullhead Cottus gobio, Journal of Fish Biology, vol. 78 pp.1492-1507
Ducrot V, Teixeira-Alves M, Lopes C, Delignette-Muller M-L, Charles S, Lagadic L (2010)
Development of partial life-cycle experiments to assess the effects of endocrine disruptors on the freshwater gastropod Lymnaea stagnalis: a case-study with vinclozolin, Ecotoxicology, vol. 19(7) pp.1312-1321
Kielbassa J, Delignette-Muller M-L, Pont D, Charles S (2010)
Application of a temperature-dependent von Bertalanffy growth model to bullhead Cottus gobio, Ecological Modelling, vol. 221 pp.2475-2481
Pouillot R, Delignette-Muller M-L (2010)
Evaluating variability and uncertainty separately in microbial quantitative risk assessment using two R packages, International Journal of Food Microbiology, vol. 142 pp.330-340
Billoir E, da Silva Ferrão-Filho A, Delignette-Muller M-L, Charles S (2009)
DEBtox theory and matrix population models as helpful tools in understanding the interaction between toxic cyanobacteria and zooplankton, Journal of Theoretical Biology, vol. 258 pp.380-388
Montet M-P, Christieans S, Thevenot D, Coppet V, Ganet S, Delignette-Muller M-L, Dunière L, Miszczycha S, Vernozy-Rozand C (2009)
Fate of acid-resistant and non-acid resistant Shiga toxin-producing Escherichia coli strains in experimentally contaminated French fermented raw meat sausages, International Journal of Food Microbiology, vol. 129(3) pp.264-270
Pouillot R, Goulet V, Delignette-Muller M-L, Mahé A, Cornu M (2009)
Quantitative Risk Assessment of Listeria monocytogenes in French Cold-Smoked Salmon: II. Risk Characterization, Risk Analysis, vol. 29(6) pp.806-819
Billoir E, Delignette-Muller M-L, Péry A-RR, Charles S (2008)
A Bayesian Approach to Analyzing Ecotoxicological Data, Environmental Science & Technology, vol. 42(23) pp.8978-8984
Billoir E, Delignette-Muller M-L, Péry A-RR, Geffard O, Charles S (2008)
Statistical cautions when estimating DEBtox parameters, Journal of Theoretical Biology, vol. 254 pp.55-64
Delignette-Muller M-L, Cornu M (2008)
Quantitative risk assessment for Escherichia coli O157:H7 in frozen ground beef patties consumed by young children in French households, International Journal of Food Microbiology, vol. 128(1) pp.77-84
Fremaux B, Prigent-Combaret C, Delignette-Muller M-L, Mallen B, Dothal M, Gleizal A, Vernozy-Rozand C (2008)
Persistence of Shiga toxin-producing Escherichia coli O26 in various manure-amended soil types, Journal of Applied Microbiology, vol. 104 pp.296-304
Fremaux B, Prigent-Combaret C, Delignette-Muller M-L, Dothal M, Vernozy-Rozand C (2007)
Persistence of Shiga toxin-producing Escherichia coli O26 in cow slurry, Letters in applied microbiology, vol. 45 pp.55-61
Pouillot R, Miconnet N, Afchain A-L, Delignette-Muller M-L, Beaufort A, Rosso L, Denis J-B, Cornu M (2007)
Quantitative Risk Assessment of Listeria monocytogenes in French Cold-Smoked Salmon: I. Quantitative Exposure Assessment, Risk Analysis, vol. 27 pp.806-819
Vimont A, Delignette-Muller M-L, Vernozy-Rozand C (2007)
Supplementation of enrichment broths by novobiocin for detecting Shiga toxin-producing Escherichia coli from food: a controversial use, Letters in applied microbiology, vol. 44 pp.326-331
Vimont A, Vernozy-Rozand C, Montet M-P, Bavai C, Fremaux B, Delignette-Muller M-L (2007)
Growth of Shiga-Toxin producing Escherichia coli (STEC) and bovine feces background microflora in various enrichment protocols, Veterinary Microbiology, vol. 123 pp.274-281
Cornu M, Beaufort A, Rudelle S, Laloux L, Bergis H, Miconnet N, Serot T, Delignette-Muller M-L (2006)
Effect of temperature water-phase salt and phenolic contents on Listeria monocytogenes growth rates on cold-smoked salmon and evaluation of secondary models, International Journal of Food Microbiology, vol. 106 pp.159-168
Delignette-Muller M-L, Cornu M, Pouillot R, Denis J-B (2006)
Use of Bayesian modelling in risk assessment: Application to growth of Listeria monocytogenes and food flora in cold-smoked salmon, International journal of food microbiology, vol. 106 pp.195-208
Fremaux B, Delignette-Muller M-L, Prigent-Combaret C, Gleizal A, Vernozy-Rozand C (2006)
Growth and survival of non-O157:H7 Shiga-toxin-producing Escherichia coli in cow manure, Journal of Applied Microbiology, vol. 102 pp.89-99
Thévenot D, Delignette-Muller M-L, Christieans S, Leroy S, Kodjo A, Vernozy-Rozand C (2006)
Serological and molecular ecology of Listeria monocytogenes isolates collected from 13 French pork meat salting–curing plants and their products, International Journal of Food Microbiology, vol. 112 pp.341-342
Vimont A, Vernozy-Rozand C, Delignette-Muller M-L (2006)
Isolation of E. coli O157:H7 and non-O157 STEC in different matrices: review of the most commonly used enrichment protocols, Letters in Applied Microbiology, vol. 42 pp.102-108
Vimont A, Vernozy-Rozand C, Montet M-P, Lazizzera C, Bavai C, Delignette-Muller M-L (2006)
Modeling and Predicting the Simultaneous Growth of Escherichia coli O157:H7 and Ground Beef Background Microflora for Various Enrichment Protocols, Applied and environmental microbiology, vol. 72 pp.261-268
Delignette-Muller M-L, Baty F, Cornu M, Bergis H (2005)
Modelling the effect of a temperature shift on the lag phase duration of Listeria monocytogenes, International Journal of Food Microbiology, vol. 100 pp.77-84
Lamy B, Carret G, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2005)
De la prévalence aux valeurs prédictives: L`antibiogramme face à l`évolution de la résistance aux antibiotiques, Annales de Biologie Clinique (Paris), vol. 63 pp.493-502
Thévenot D, Delignette-Muller M-L, Christieans S, Vernozy-Rozand C (2005)
Prevalence of Listeria monocytogenes in 13 dried sausage processing plants and their products, International Journal of Food Microbiology, vol. 102 pp.85-94
Thévenot D, Delignette-Muller M-L, Christieansa S, Vernozy-Rozand C (2005)
Fate of Listeria monocytogenes in experimentally contaminated French sausages, International Journal of Food Microbiology, vol. 101 pp.189-200
Batya F, Delignette-Muller M-L (2004)
Estimating the bacterial lag time: which model which precision ?, International Journal of Food Microbiology, vol. 91 pp.261-277
Lamy B, Carret G, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2004)
How does susceptibility prevalence impact on the performance of disk diffusion susceptibility testing?, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, vol. 49 pp.131-139
Lamy B, Delignette-Muller M-L, Baty F, Carret G (2004)
Simple table for estimating confidence interval of discrepancy frequencies in microbiological safety evaluation, Journal of Microbiological Methods, vol. 56 pp.137-139
Baty F, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2002)
Modeling the Lag Time of Listeria monocytogenes from Viable Count Enumeration and Optical Density Data, Applied and environmental microbiology, vol. 68 pp.5816-5825
Lamy B, Roy P, Carret G, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2002)
What is the relevance of obtaining multiple blood samples for culture? A comprehensive model to optimize the strategy for diagnosing bacteremia, Clinical Infectious Diseases, vol. 35 pp.842-850
Gonthier A, Guérin-Faublée V, Tilly B, Delignette-Muller M-L (2001)
Optimal growth temperature of O157 and non-O157 Escherichia coli strains, Letters in Applied Microbiology, vol. 33 pp.352-356
Acot P, Charles S, Delignette-Muller M-L (2000)
Artificial intelligence and meaning--some philosophical aspects of decision-making, Acta Biotheoretica, vol. 48 pp.173-179
Cirio A, Méot F, Delignette-Muller M-L, Boivin R (2000)
Determination of parotid urea secretion in sheep by means of ultrasonic flow probes and a multifactorial regression analysis, American Society of Animal Science, vol. 78 pp.471-476
Delignette-Muller M-L, Rosso L (2000)
Biological variability and exposure assessment, International Journal of Food Microbiology, vol. 58 pp.203-212
Cornu M, Delignette-Muller M-L, Flandrois J-P (1999)
Characterization of Unexpected Growth of Escherichia coli O157:H7 by Modeling, Applied and environmental microbiology, vol. 65 pp.5322-5327
Delignette-Muller M-L (1998)
Relation between the generation time and the lag time of bacterial growth kinetics, International Journal of Food Microbiology, vol. 43 pp.97-104
Guérin-Faublée V, Delignette-Muller M-L, Vigneulle M, Flandrois J-P (1996)
Application of a modified disc diffusion technique to antimicrobial susceptibility testing of Vibrio anguillarum and Aeromonas salmonicida clinical isolates, Veterinary Microbiology, vol. 51 pp.137-149
phdthesis :
Delignette-Muller M-L (1995)
Méthodes de prédiction des aptitudes de croissance des populations de micro-organismes



