UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

• Thèmes de recherche
  • +Développement de méthodes d’appréciation quantitative des risques -Développement de méthodes d’appréciation quantitative des risques

    Je développe des méthodes et outils d’Appréciation Quantitative des Risques (AQR) adaptés aux besoins exprimés par les gestionnaires des risques, et en particulier permettant l’estimation d’un risque pour une population ou une communauté donnée, intégrant toutes les sources de variabilité (hétérogénéité inter-individus ou inter-espèces, variabilité temporelle, géographique …) assortie d’une indication de l’incertitude sur cette estimation (reflet du niveau d’ignorance du modélisateur). Dans ce but j’utilise en particulier des modèles hiérarchiques qui permettent de séparer incertitude et variabilité. Je développe des approches bayésiennes permettant d’estimer les paramètres de modèles souvent complexes (modèles avec variables latentes, modèles hiérarchiques, modèles dynamiques, …) à partir de données disparates et parfois incertaines (dires d’experts, données expérimentales publiées dans des études variées et recueillies dans le cadre d’une méta-analyse, données extrapolées à partir d’observations imparfaites et données expérimentales ciblées), et des approches de simulation de Monte Carlo à deux dimensions permettant d’utiliser ces modèles en prévision dans le cadre de l’AQR.

    

    Schéma des simulations de Monte Carlo à deux dimensions

  • +Modélisation des risques en écotoxicologie -Modélisation des risques en écotoxicologie

    Je suis membre de l’équipe « Modélisation et Ecotoxicologie Prédictives (MEPS) » qui a vu le jour au sein du département « Ecologie Evolutive » du LBBE en janvier 2010. Les recherches de l’équipe s’articulent autour de la modélisation de systèmes dynamiques mécanistes, à visée cognitive et prédictive et l’inférence statistique pour l’évaluation du risque environnemental. L’écotoxicologie est le domaine d’application prioritaire des développements méthodologiques de l’équipe. Je participe aux travaux de modélisation en écotoxicologie menés au sein de l’équipe, notamment en transférant une partie des méthodes développées initialement dans le domaine du risque alimentaire. L’écotoxicologie vise à inférer les effets des contaminants au niveau des populations à partir des résultats de bio-essais obtenus au niveau individuel. Des modèles d’effet mécanistes sont utilisés pour décrire la survie, la croissance et la reproduction comme des fonctions continues du temps et de la concentration d’exposition. Ces modèles complexes comportent de nombreux paramètres difficiles à estimer à partir des seules données expérimentales. Néanmoins ils ont tous une signification biologique, et il est possible pour la plupart d’entre eux de définir une loi a priori informative. Ainsi nous avons montré l’intérêt de l’inférence bayésienne comme méthode d’estimation des paramètres de ces modèles. Néanmoins l’approche que nous avons proposée reste lourde à mettre en œuvre, difficile à mettre à disposition des écotoxicologues. Nous travaillons actuellement à sa simplification (via la simplification des modèles et/ou l’utilisation de méthode d’inférence bayésienne approchée), à sa généralisation et à la création d’outils utilisables directement par les écotoxicologues. Par ailleurs l’extrapolation à l’échelle d’une communauté (écosystème comprenant diverses espèces) nécessite de prendre en compte la variabilité de réponse entre espèces ainsi que les interactions potentielles entre celles-ci. Les approches utilisées actuellement par les gestionnaires du risque ne prennent pas en compte les interactions biologiques et ne prennent en compte la variabilité inter-espèces que de façon très rudimentaire ne permettant pas d’estimer réellement un effet sur la communauté. Nous travaillons actuellement à l’amélioration de ces approches en vue de les rendre plus pertinentes d’un point de vue biologique, notamment par un meilleur couplage entre les modèles d’effet individuels et les modèles de distribution de sensibilités (SSD : Species Sensitivity Distributions). Nos partenaires principaux dans le cadre de ce champ d’application sont le CEMAGREF (Lyon), l’ENTPE (Vaulx en velin) et l’INRA (Rennes).

    

  • +Modélisation des risques alimentaires -Modélisation des risques alimentaires

    Mon domaine aujourd’hui secondaire d’application (qui fut le premier durant le début de ma carrière) est la modélisation des risques microbiologiques lié à l’alimentation humaine. Je me suis initialement beaucoup intéressée à la modélisation de l’exposition et notamment à la modélisation de l’effet des facteurs environnementaux (température, pH, …) sur les aptitudes de croissance des populations de micro-organismes pathogènes dans l’aliment (microbiologie prévisionnelle) et à la prise en compte, dans les AQR, des variabilités parfois importantes entre souches d’une même espèce microbienne. J’ai ensuite élargi mon champ d’investigation en abordant l’AQR en microbiologie alimentaire dans sa globalité, englobant la modélisation des effets (loi dose-réponse) et la caractérisation des risques. J’ai en particulier participé à des travaux collectifs d’appréciation des risques liés à Listeria monocytogenes dans les produits réfrigérés, aux Escherichia coli producteurs de shiga-toxines dans la viande de boeuf hachée, à Clostridium perfringens dans les plats en sauce à base de viande de boeuf. Dans le cadre de ce champ d’application, mes partenaires proches sont l’AFSSA (LERQAP Maisons Alfort) et l’INRA (MIA Jouy-en-Josas), et je participe à des projets impliquant de multiples partenaires académiques et industriels (en dernier le projet Quant’HACCP soutenu par l’ANR).

    

• Activités d’enseignement
  • +Enseignements à VetAgro Sup ou dans le cadre de formations cohabilitées -Enseignements à VetAgro Sup ou dans le cadre de formations cohabilitées

    
     Responsable de l’enseignement de Biostatistique du Campus vétérinaire de Lyon (Semestre 6)
     Participation à l’enseignement de statistique en démarche expérimentale du Campus vétérinaire de Lyon (Semestre 8)
     Participation à l’enseignement de qualité et sécurité des aliments du campus vétérinaire de Lyon : modélisation des risques alimentaires (Semestre 11 et 12)
     Responsable de divers modules de formation continue en statistique de VetAgro Sup ouvert aussi aux doctorants de l’école doctorale E2M2 : « Rappel et approfondissement des méthodes statistiques de base et mise en pratique avec le logiciel R », « Réalisation de représentations graphiques et automatisation de l’analyse de données avec le logiciel R », « Modèle linéaire », « Méthode de planification et d’analyse d’une expérience biologique mettant en jeu plusieurs facteurs », « Régression non linéaire »
     Responsable du module « Statistique Bayésienne » de la 5ème année de l’INSA de Lyon, Spécialité « Bioinformatique et modélisation » (BIM), mutualisé avec le Master 2 « Ecosciences et Microbiologie » (UCBL, INSA, VetAgro Sup) et avec le Master 2 « Santé Publique » (UCBL, ECL et INSA de Lyon)
     Responsable de l’enseignement de statistique du master Bioexpérimentation Animale (UCBL – VetAgro Sup)

    Site d’enseignement des biostatistiques l’ENVL

  • +Enseignements hors VetAgro Sup -Enseignements hors VetAgro Sup

    
     Participation à l’enseignement « Sécurité sanitaire des aliments et analyse des risques » de l’Institut Pasteur de Paris.

• Divers
  • +Développement de packages R -Développement de packages R

    Participation au développement de packages R tous téléchargeables en version stable sur le site du CRAN ainsi qu’en version beta sur Rforge ) :

    Projet « Risk assessment with R »

     fitdistrplus : “Help to fit of a parametric distribution to non-censored or censored data”
     mc2d : “Tools for Two-Dimensional Monte-Carlo Simulations”

    Projet "R package nlstools"

     nlstools : “Tools for nonlinear regression diagnostics”

  • +Bref CV -Bref CV

    Etat civil

    Mariée, 2 enfants

    Date de naissance : 18/08/1969

    Titres universitaires

     1992 : Ingénieur Ecole Centrale de Lyon, option informatique et automatique. 1992 : DEA de Génie Biologique et Médical, option traitement de l’information et automatisation (Université Lyon I)

     1995 :Thèse de doctorat (UMR CNRS 5558 – Université Lyon 1) : « Méthodes de prédiction des aptitudes de croissance des populations de micro-organismes »

     1996- 2007 : Maître de conférences en Biostatistique à l’Ecole Nationale vétérinaire de Lyon

     2004 : Habilitation à diriger des recherches (Université Lyon I) : « Contribution à la microbiologie prévisionnelle et à son application en appréciation quantitative des risques ».

     Depuis 2008 : Professeur en Biostatistique à l’Ecole Nationale vétérinaire de Lyon qui a fusionné en janvier 2010 avec l’École nationale d’ingénieurs des travaux agricoles de Clermont-Ferrand et l’École nationale des services vétérinaires pour former l’institut d’enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de environnement VetAgro Sup

    Récompenses

     2011 : Best paper award from the SOT (Society of Toxicology) : Best Published Paper Demonstrating an Application of Risk Assessment (http://www.toxicology.org/ISOT/SS/RiskAssess/winners.asp), in collaboration with Régis Pouillot for the paper Pouillot R, Delignette-Muller ML. 2010. Evaluating variability and uncertainty separately in microbial quantitative risk assessment using two R packages. International Journal of Food Microbiology 142(3):330–40.

    Encadrement et co-encadrement de thèses de science

    Florent Baty (2003), Brigitte Lamy (2004), Antoine Vimont (2007), Janice Kielbassa (2010), Séverine Jaloustre (prévue en 2011), Carole Forfait (prévue en 2013), Laurent Mariani (prévu en 2014)

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