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VetAgro Sup Campus Vétérinaire de Lyon 1, avenue Bourgelat 69280 MARCY L'ÉTOILE +33 (0)4 78 87 27 40
- Thèmes de recherche
- +Thème général -Thème général
J’exerce mon activité de recherche dans le domaine de la biométrie. Mon objectif général est de développer des modèles et des méthodes d’inférence et de simulation dans le cadre de l’Appréciation Quantitative des Risques (AQR). Dans ce cadre, mes priorités sont la pertinence biologique des modèles développés, la prise en compte de toutes les sources de variabilité (hétérogénéité inter-individus ou inter-espèces au sein d’une population ou d’une communauté, variabilité temporelle, géographique ...). La quantification de l’incertitude fait aussi partie de mes priorités : mes travaux ont pour objectif ultime de définir des indicateurs de risque fournissant aux gestionnaires des risques toute l’information scientifique qui leur est nécessaire, assortie d’une appréciation du niveau d’ignorance du modélisateur.
Mes travaux se situent plus précisément dans les champs méthodologiques suivants :
Modèles hiérarchiques décrivant les différents niveaux de variabilité, notamment dan le procédé d’acquisition des données, et prenant en compte la nature exacte des données brutes (données continues, discrètes, binaires).
Méthodes d’inférence bayésienne ou fréquentistes permettant d’estimer les paramètres de ces modèles à partir de l’ensemble des connaissances existantes (intégralité des données observées y compris éventuellement les données censurées, dires d’expert, informations recueillies dans la littérature) et un calcul correct de leur incertitude, notamment via une inférence en une seule étape à partir des données brutes.
Méthodes de simulation à partir des modèles hiérarchiques pour l’AQR (notamment Monte Carlo à deux dimensions permettant de séparer variabilité et incertitude).
- +Domaine d’application : modélisation en écotoxicologie -Domaine d’application : modélisation en écotoxicologie
Après une quinzaine d’années de recherche dans le domaine du risque alimentaire, l’écotoxicologie est maintenant le principal domaine d’application de mes développements méthodologiques. L’écotoxicologie vise notamment à prédire les effets de contaminants au niveau d’un écosystème ou d’une communauté d’espèces. Pour ce faire on utilise les résultats de bio-essais obtenus au niveau individuel.
Je travaille en particulier sur les thèmes suivants en écotoxicologie :Modélisation de données de reproduction et de survie à l’échelle individuelle avec prise en compte en particulier de l’effet temps et de la variabilité inter-individus et/ou réplicats.
Modélisation de la distribution de sensibilité des espèces (SSD) en prenant en compte l’ensemble des données observées à l’échelle individuelle (réponse des individus en fonction de la concentration en contaminant et du temps) dans le but de pouvoir prédire la réponse d’une communauté d’espèces soumise à une exposition donnée éventuellement variable au cours du temps.
- Enseignement
- +Enseignements à VetAgro Sup ou dans le cadre de formations cohabilitées -Enseignements à VetAgro Sup ou dans le cadre de formations cohabilitées
Responsable de l’enseignement de Biostatistique du Campus vétérinaire de Lyon (Semestre 6)
Responsable de modules de formation initiale (5A) et continue en statistique de VetAgro Sup ouvert aussi aux doctorants de l’école doctorale E2M2 (programme de l’année en cours : http://www3.vetagro-sup.fr/ens/biostat/formcont.html)
Responsable du module « Statistique Bayésienne et Applications » de la 5ème année de l’INSA de Lyon, Spécialité « Bioinformatique et modélisation » (BIM), mutualisé avec les masters 2 bee@Lyon (biodiversité écologie évolution), B3S (santé publique parcours Biostatistique, Biomathématique, Bio-informatique et Santé) et bioinfo@lyon (bioinformatique moléculaire : méthodes et analyses).
Enseignement optionnel de méthodologie pour les travaux expérimentaux dans le cadre des thèses d’exercices vétérinaires (3A / 4A)
Enseignement de statistique du master RAPC (biologie intégrative et physiologie parcours Recherche Animale Préclinique et Clinique)
Formation en statistique bayésienne pour les doctorants et chercheurs (formation LBBE dans le cadre du groupe de statistique bayésienne : http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Groupe-de-travail-Statistique-.html).
Site d’enseignement de biostatistique du campus vétérinaire de Lyon : http://www3.vetagro-sup.fr/ens/biostat/accueil.html
- Divers
- +Développement de packages R et d’outils en ligne -Développement de packages R et d’outils en ligne
Packages R :
fitdistrplus : “Help to fit of a parametric distribution to non-censored or censored data” (http://cran.r-project.org/web/packages/fitdistrplus/index.html)
MORSE : “MOdelling Tools for Reproduction and Survival Data in Ecotoxicology” (https://cran.r-project.org/web/packages/morse/index.html)
nlstools : “Tools for nonlinear regression diagnostics” http://cran.r-project.org/web/packages/nlstools/
Plateforme d’outils en ligne :
MOSAIC : MOdeling and StAtistical tools for ecotoxICology (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/mosaic/)
+Publications -Publications
article :
Lurier T, Delignette-Muller ML, Rannou B, Strube C, Arcangioli MA, Bourgoin G (2018)
Diagnosis of bovine dictyocaulosis by bronchoalveolar lavage technique: A comparative study using a Bayesian approach, Preventive veterinary medicine, vol. 154 pp.124-131.
Wigh A, Aït-Aïssa S, Creusot N, Terrisse H, Delignette-Muller ML, Bergé A, Vulliet E, Domenjoud B, Gonzalez-Ospina A, Brosselin V, Devaux A, Bony S (2018)
Assessment of Ozone or Not-Treated Wastewater Ecotoxicity Using Mechanism-Based and Zebrafish Embryo Bioassays, Journal of Environmental Protection, vol. 09 pp.325-346.
Charles S, Veber P, Delignette-Muller ML (2017)
MOSAIC: a web-interface for statistical analyses in ecotoxicology, Environmental science and pollution research, vol. pp.1-8.
Delignette-Muller ML, Ruiz P, Veber P (2017)
Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests, Environmental science & technology, vol. 51 pp.4038-4045.
Delignette-Muller ML, Veber P (2017)
Response to Comment on "Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests", Environmental science & technology, vol. 51 pp.8202-8203.
Boisseaux P, Delignette-Muller ML, Abbaci K, Thomas H, Garric J (2016)
Analysis of hemocytes in Lymnaea stagnalis: Characterization and effects of repeated hemolymph collections, Fish & shellfish immunology, vol. 57 pp.116-26.
Boisseaux P, Noury P, Delignette-Muller ML, Thomas H, Garric J (2016)
Recommendations for the analysis of hemocyte-related immunocompetent oxidative activity in the freshwater snail Lymnaea stagnalis, Journal of Xenobiotics, vol. 6 pp.25-27.
Baty F, Ritz C, Charles S, Brutsche M, Flandrois JP, Delignette-Muller ML (2015)
A Toolbox for Nonlinear Regression in R: The Package nistools, Journal of Statistical Software, vol. 66 pp.1-21.
Delignette-Muller ML, Dutang C (2015)
Fitdistrplus: An R Package for Fitting Distributions, Journal of Statistical Software, vol. 64 pp.1-34.
Kon Kam King G, Delignette-Muller ML, Kefford BJ, Piscart C, Charles S (2015)
Constructing Time-Resolved Species Sensitivity Distributions Using a Hierarchical Toxico-Dynamic Model, Environmental science & technology, vol. 49 pp.12465-73.
Kon Kam King G, Larras F, Charles S, Delignette-Muller ML (2015)
Hierarchical modelling of species sensitivity distribution: Development and application to the case of diatoms exposed to several herbicides, Ecotoxicology and environmental safety, vol. 114 pp.212-21.
Delignette-Muller ML, Lopes C, Veber P, Charles S (2014)
Statistical handling of reproduction data for exposure-response modeling, Environmental science & technology, vol. 48 pp.7544-51.
Ducrot V, Askem C, Azam D, Brettschneider D, Brown R, Charles S, Coke M, Collinet M, Delignette-Muller ML, Forfait-Dubuc C, Holbech H, Hutchinson T, Jach A, Kinnberg K L, Lacoste C, Le Page G, Matthiessen P, Oehlmann J, Rice L, Roberts E, Ruppert K, Davis J E, Veauvy C, Weltje L, Wortham R, Lagadic L (2014)
Development and validation of an OECD reproductive toxicity test guideline with the pond snail Lymnaea stagnalis (Mollusca Gastropoda), Regulatory toxicology and pharmacology, vol. 70 pp.605-14.
Kon Kam King G, Veber P, Charles S, Delignette-Muller ML (2014)
MOSAIC_SSD: a new web tool for species sensitivity distribution to include censored data by maximum likelihood, Environmental toxicology and chemistry, vol. 33 pp.2133-9.
Guillier L, Danan C, Bergis H, Delignette-Muller ML, Granier S, Rudelle S, Beaufort A, Brisabois A (2013)
Use of quantitative microbial risk assessment when investigating foodborne illness outbreaks: the example of a monophasic Salmonella Typhimurium 4 5 12:i:- outbreak implicating beef burgers, International journal of food microbiology, vol. 166 pp.471-8.
Jaloustre S, Guillier L, Poumeyrol G, Morelli E, Delignette-Muller ML (2013)
Efficiency of a reheating step to inactivate Clostridium perfringens vegetative cells: How to measure it?, Food Control, vol. 29 pp.422-428.
Billoir E, Delhaye H, Forfait C, Clément B, Triffault-Bouchet G, Charles S, Delignette-Muller M-L (2012)
Comparison of bioassays with different exposure time patterns : The added value of dynamic modelling in predictive ecotoxicology, Ecotoxicology and Environmental Safety, vol. 75 pp.80-86.
Commeau N, Parent E, Delignette-Muller ML, Cornu M (2012)
Fitting a lognormal distribution to enumeration and absence/presence data, International Journal of Food Microbiology, vol. 155 pp.146-152.
Forfait C, Charles S, Billoir E, Delignette-Muller M-L (2012)
Survival data analyses in ecotoxicology: critical effect concentrations methods and models. What should we use?, Ecotoxicology, vol. 21 pp.1072-1083.
Fox DR, Billoir E, Charles S, Delignette-Muller M-L, Lopes C (2012)
What to do with NOECS/NOELS - prohibition or innovation?, Integr Environ Assess Manag, vol. 8 pp.764-766.
Jaloustre S, Guillier L, Morelli E, Noël V, Delignette-Muller M-L (2012)
Modeling of Clostridium perfringens vegetative cell inactivation in beef-in-sauce products: A meta-analysis using mixed linear models, International Journal of Food Microbiology, vol. 154 pp.44-51.
Billoir E, Delhaye H, Clément B, Delignette-Muller M-L, Charles S (2011)
Bayesian modelling of daphnid responses to time-varying cadmium exposure in laboratory aquatic microcosms, Ecotoxicology and Environmental Safety, vol. 74 pp.693-702.
Ciliberti A, Berny P, Delignette-Muller M-L, de Buffrénil V (2011)
The Nile monitor (Varanus niloticus; Squamata: Varanidae) as a sentinel species for lead and cadmium contamination in sub-Saharan wetlands, Science of the Total Environment, vol. 409 pp.4735-4745.
Delignette-Muller M-L, Forfait C, Billoir E, Charles S (2011)
A NEW PERSPECTIVE ON THE DUNNETT PROCEDURE : FILLING THE GAP BETWEEN NOEC/LOEC AND ECx CONCEPTS, Environmental Toxicology and Chemistry, vol. 30 pp.2888-2891.
Jaloustre S, Cornu M, Morelli E, Noël C, Delignette-Muller M-L (2011)
Bayesian modeling of Clostridium perfringens growth in beef-in-sauce products, Food Microbiology, vol. 28 pp.311-320.
Kielbassa J, Charles S, Delignette-Muller M-L (2011)
The importance of incorporating age and sex when backcalculating length in bullhead Cottus gobio, Journal of Fish Biology, vol. 78 pp.1492-1507.
Ducrot V, Teixeira-Alves M, Lopes C, Delignette-Muller M-L, Charles S, Lagadic L (2010)
Development of partial life-cycle experiments to assess the effects of endocrine disruptors on the freshwater gastropod Lymnaea stagnalis: a case-study with vinclozolin, Ecotoxicology, vol. 19(7) pp.1312-1321.
Kielbassa J, Delignette-Muller M-L, Pont D, Charles S (2010)
Application of a temperature-dependent von Bertalanffy growth model to bullhead Cottus gobio, Ecological Modelling, vol. 221 pp.2475-2481.
Pouillot R, Delignette-Muller M-L (2010)
Evaluating variability and uncertainty separately in microbial quantitative risk assessment using two R packages, International Journal of Food Microbiology, vol. 142 pp.330-340.
Billoir E, da Silva Ferrão-Filho A, Delignette-Muller M-L, Charles S (2009)
DEBtox theory and matrix population models as helpful tools in understanding the interaction between toxic cyanobacteria and zooplankton, Journal of Theoretical Biology, vol. 258 pp.380-388.
Montet M-P, Christieans S, Thevenot D, Coppet V, Ganet S, Delignette-Muller M-L, Dunière L, Miszczycha S, Vernozy-Rozand C (2009)
Fate of acid-resistant and non-acid resistant Shiga toxin-producing Escherichia coli strains in experimentally contaminated French fermented raw meat sausages, International Journal of Food Microbiology, vol. 129(3) pp.264-270.
Pouillot R, Goulet V, Delignette-Muller M-L, Mahé A, Cornu M (2009)
Quantitative Risk Assessment of Listeria monocytogenes in French Cold-Smoked Salmon: II. Risk Characterization, Risk Analysis, vol. 29(6) pp.806-819.
Billoir E, Delignette-Muller M-L, Péry A-RR, Charles S (2008)
A Bayesian Approach to Analyzing Ecotoxicological Data, Environmental Science & Technology, vol. 42(23) pp.8978-8984.
Billoir E, Delignette-Muller M-L, Péry A-RR, Geffard O, Charles S (2008)
Statistical cautions when estimating DEBtox parameters, Journal of Theoretical Biology, vol. 254 pp.55-64.
Delignette-Muller M-L, Cornu M (2008)
Quantitative risk assessment for Escherichia coli O157:H7 in frozen ground beef patties consumed by young children in French households, International Journal of Food Microbiology, vol. 128(1) pp.77-84 .
Fremaux B, Prigent-Combaret C, Delignette-Muller M-L, Mallen B, Dothal M, Gleizal A, Vernozy-Rozand C (2008)
Persistence of Shiga toxin-producing Escherichia coli O26 in various manure-amended soil types, Journal of Applied Microbiology, vol. 104 pp.296-304.
Fremaux B, Prigent-Combaret C, Delignette-Muller M-L, Dothal M, Vernozy-Rozand C (2007)
Persistence of Shiga toxin-producing Escherichia coli O26 in cow slurry, Letters in applied microbiology, vol. 45 pp.55-61.
Pouillot R, Miconnet N, Afchain A-L, Delignette-Muller M-L, Beaufort A, Rosso L, Denis J-B, Cornu M (2007)
Quantitative Risk Assessment of Listeria monocytogenes in French Cold-Smoked Salmon: I. Quantitative Exposure Assessment, Risk Analysis, vol. 27 pp.806-819.
Vimont A, Delignette-Muller M-L, Vernozy-Rozand C (2007)
Supplementation of enrichment broths by novobiocin for detecting Shiga toxin-producing Escherichia coli from food: a controversial use, Letters in applied microbiology, vol. 44 pp.326-331 .
Vimont A, Vernozy-Rozand C, Montet M-P, Bavai C, Fremaux B, Delignette-Muller M-L (2007)
Growth of Shiga-Toxin producing Escherichia coli (STEC) and bovine feces background microflora in various enrichment protocols, Veterinary Microbiology, vol. 123 pp.274-281.
Cornu M, Beaufort A, Rudelle S, Laloux L, Bergis H, Miconnet N, Serot T, Delignette-Muller M-L (2006)
Effect of temperature water-phase salt and phenolic contents on Listeria monocytogenes growth rates on cold-smoked salmon and evaluation of secondary models, International Journal of Food Microbiology, vol. 106 pp.159-168.
Delignette-Muller M-L, Cornu M, Pouillot R, Denis J-B (2006)
Use of Bayesian modelling in risk assessment: Application to growth of Listeria monocytogenes and food flora in cold-smoked salmon, International journal of food microbiology, vol. 106 pp.195-208.
Fremaux B, Delignette-Muller M-L, Prigent-Combaret C, Gleizal A, Vernozy-Rozand C (2006)
Growth and survival of non-O157:H7 Shiga-toxin-producing Escherichia coli in cow manure, Journal of Applied Microbiology, vol. 102 pp.89-99.
Thévenot D, Delignette-Muller M-L, Christieans S, Leroy S, Kodjo A, Vernozy-Rozand C (2006)
Serological and molecular ecology of Listeria monocytogenes isolates collected from 13 French pork meat salting–curing plants and their products, International Journal of Food Microbiology, vol. 112 pp.341-342.
Vimont A, Vernozy-Rozand C, Delignette-Muller M-L (2006)
Isolation of E. coli O157:H7 and non-O157 STEC in different matrices: review of the most commonly used enrichment protocols, Letters in Applied Microbiology, vol. 42 pp.102-108.
Vimont A, Vernozy-Rozand C, Montet M-P, Lazizzera C, Bavai C, Delignette-Muller M-L (2006)
Modeling and Predicting the Simultaneous Growth of Escherichia coli O157:H7 and Ground Beef Background Microflora for Various Enrichment Protocols, Applied and environmental microbiology, vol. 72 pp.261-268.
Delignette-Muller M-L, Baty F, Cornu M, Bergis H (2005)
Modelling the effect of a temperature shift on the lag phase duration of Listeria monocytogenes, International Journal of Food Microbiology, vol. 100 pp.77-84 .
Lamy B, Carret G, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2005)
De la prévalence aux valeurs prédictives: L`antibiogramme face à l`évolution de la résistance aux antibiotiques, Annales de Biologie Clinique (Paris), vol. 63 pp.493-502.
Thévenot D, Delignette-Muller M-L, Christieans S, Vernozy-Rozand C (2005)
Prevalence of Listeria monocytogenes in 13 dried sausage processing plants and their products, International Journal of Food Microbiology, vol. 102 pp.85-94.
Thévenot D, Delignette-Muller M-L, Christieansa S, Vernozy-Rozand C (2005)
Fate of Listeria monocytogenes in experimentally contaminated French sausages, International Journal of Food Microbiology, vol. 101 pp.189-200.
Batya F, Delignette-Muller M-L (2004)
Estimating the bacterial lag time: which model which precision ?, International Journal of Food Microbiology, vol. 91 pp.261-277.
Lamy B, Carret G, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2004)
How does susceptibility prevalence impact on the performance of disk diffusion susceptibility testing?, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, vol. 49 pp.131-139.
Lamy B, Delignette-Muller M-L, Baty F, Carret G (2004)
Simple table for estimating confidence interval of discrepancy frequencies in microbiological safety evaluation, Journal of Microbiological Methods, vol. 56 pp.137-139.
Baty F, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2002)
Modeling the Lag Time of Listeria monocytogenes from Viable Count Enumeration and Optical Density Data, Applied and environmental microbiology, vol. 68 pp.5816-5825.
Lamy B, Roy P, Carret G, Flandrois J-P, Delignette-Muller M-L (2002)
What is the relevance of obtaining multiple blood samples for culture? A comprehensive model to optimize the strategy for diagnosing bacteremia, Clinical Infectious Diseases, vol. 35 pp.842-850.
Gonthier A, Guérin-Faublée V, Tilly B, Delignette-Muller M-L (2001)
Optimal growth temperature of O157 and non-O157 Escherichia coli strains, Letters in Applied Microbiology, vol. 33 pp.352-356 .
Acot P, Charles S, Delignette-Muller M-L (2000)
Artificial intelligence and meaning--some philosophical aspects of decision-making, Acta Biotheoretica, vol. 48 pp.173-179.
Cirio A, Méot F, Delignette-Muller M-L, Boivin R (2000)
Determination of parotid urea secretion in sheep by means of ultrasonic flow probes and a multifactorial regression analysis, American Society of Animal Science, vol. 78 pp.471-476.
Delignette-Muller M-L, Rosso L (2000)
Biological variability and exposure assessment, International Journal of Food Microbiology, vol. 58 pp.203-212.
Cornu M, Delignette-Muller M-L, Flandrois J-P (1999)
Characterization of Unexpected Growth of Escherichia coli O157:H7 by Modeling, Applied and environmental microbiology, vol. 65 pp.5322-5327.
Delignette-Muller M-L (1998)
Relation between the generation time and the lag time of bacterial growth kinetics, International Journal of Food Microbiology, vol. 43 pp.97-104.
Guérin-Faublée V, Delignette-Muller M-L, Vigneulle M, Flandrois J-P (1996)
Application of a modified disc diffusion technique to antimicrobial susceptibility testing of Vibrio anguillarum and Aeromonas salmonicida clinical isolates, Veterinary Microbiology, vol. 51 pp.137-149.
phdthesis :
Delignette-Muller M-L (1995)
Méthodes de prédiction des aptitudes de croissance des populations de micro-organismes .