[2006-10-01 --> 2009-10-30]
Marc Deloger
doctorant moniteur - UCBL
courriel : 
tél. : +33 (0)4 72 43 29 17
fax : +33 (0)4 72 43 13 88
UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
Bâtiment : Mendel (741) - 1er étage Bureau : 26
- Thèse
+Colloques
-Colloques
- 29/11/2006 - 01/12/2006 : IPG 2006 (Integrative Post-Genomics) à Lyon
- 07/12/2006 - 08/12/2006 : GDRE Comparative Genomics (Groupe De Recherche Européen) à Lyon
- 14/05/2007 - 16/05/2007 : AlgoBio (Algorithmique et Biologie) à Lyon
- 03/07/2007 - 05/07/2007 : 15ème congrès éléments transposables à Rennes
- 09/07/2007 - 12/07/2007 : JOBIM 2007 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques) à Marseille
- 21/07/2007 - 25/07/2007 : ISMB / ECCB (Intelligent Systems for Molecular Biology / European Conference on Computational Biology) à Vienne en Autriche
- 28/11/2007 - 30/11/2007 : IPG 2007 (Integrative Post-Genomics) à Lyon
- 20/04/2008 - 24/04/2008 : ICTE 2008 (International Congress on transposable Elements) à Saint-Malo
- 30/06/2008 - 03/07/2008 : JOBIM 2008 (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques) à Lille
- 04/07/2008 : Groupe de Travail en Génomique Comparative (GTGC) "Organisation des génomes, contraintes et aléatoire"
- 30/08/2008 - 14/09/2008 : Sao Jose Do Rio Preto au Brésil
+Posters
-Posters
- 03/07/2007 : 15ème congrès éléments transposables à Rennes
- CNET2007
- 28/11/2007 : IPG 2007 à Lyon
- 20/04/2008 : ICTE (International Congress on Transposable Elements) 2008 à St-Malo
- ICTE2008
+Sujet thèse
-Sujet thèse
Etude de l’expression des éléments trnaposables chez Drosophila melanogaster.
Année 2008-2009 : Troisième année de thèse
Résumé
Les éléments transposables sont des composants majeurs de la plupart des génomes, et leur impact sur l’évolution des génomes est maintenant bien documenté. Cependant, la manière par laquelle ils participent au transcriptome n’est pas encore clairement établie. En utilisant le génome séquencé de Drosophila melanogaster et les bibliothèques d’EST, nous avons déterminé les insertions d’éléments transposables qui sont transcrites sans équivoque, ainsi que leur localisation dans le génome séquencé. Nous montrons que la plupart des familles d’éléments transposables sont transcrites, et nous identifions spécifiquement 69 insertions d’éléments transposables exprimés, dont la moitié réside dans des gènes, la plupart dans des introns et des régions régulatrices 5’UTR.
- Monitorat
+Matières enseignées
-Matières enseignées
- Mathématiques appliquées aux Sciences du Vivant (MathSV) niveau L1
- Biostatistiques et Bioinformatique niveau L2
- Bioinformatique niveau L3
- Recherche Documentaire niveau L1
- Initiation aux bases de données ENS Lyon
- Initiation à la bioinformatique à l’Université d’Etat de Sao Paulo au Brésil
+Stages CIES
-Stages CIES
- 11/2006 : Journée d’accueil 1ère année
- 23/11/2006 : Stage central
- 15/01/2007 - 17/01/2007 : Relations interpersonnelles
- 01/03/2007 : Colloque lyonnais
- 03/03/2008 - 04/03/2008 : Découverte de Linux
- 20/03/2008 - 03/04/2008 : Création de sites web avancés
- Personnel
+CV
-CV
FORMATION :
- Troisième année de doctorat au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE UMR CNRS 5558) à l’Université Claude Bernard Lyon1
- Deuxième année de doctorat à l’UCBL
- Première année de doctorat à l’UCBL
- Deuxième année de Master Recherche Bioinformatique et Genomique à l’Université de Versailles Saint-Quentin en Yvelines (U.V.S.Q 78), mention Très Bien.
- Première année de Master Recherche Biologie Sante, mention Bien.
- Licence Biologie Cellulaire et Physiologie, avec option génétique moléculaire et cellulaire et génétique des populations, mention Assez Bien.
- Deuxième année de DEUG mention Assez Bien.
- Première année de DEUG SV mention Assez Bien.
- Etudiant en deuxième année à l’ Ecole Supérieure d’Ingénieurs en Electronique et Electrotechnique ( E.S.I.E.E ) : établissement en partenariat avec la Chambre de Commerce et d’Industrie de Paris.
- Première année d’E.S.I.E.E.
- Baccalauréat scientifique spécialité mathématiques, avec option Technologie des Systèmes Automatisés ( T.S.A ) en 1999.
Mention Assez Bien.
STAGES :
- Stage à l’INRA de Jouy en Josas (78) dans l’unité Mathématique Informatique et Génome (MIG) pour la mise au point d’un indice global de dissimilarité entre génomes bactériens proches (Janvier à Juillet 2006).
- Stage au Centre National de Génotypage à Evry (91) au Département de Statistiques Génétiques pour du calcul statistique de liaisons génétiques (de Juillet 2005 à Septembre 2005).
- Stage de première année de Master au Laboratoire de Génétique et Biologie Cellulaire (LGBC) de Versailles (FRE 2445 CNRS) pour la mise en place d’un programme de prédiction de sévérité à partir d’un génotype pour la maladie de Marfan (de Décembre 2004 à Avril 2005).
- Etudiant intérimaire chez AVENTIS à Marcy L’Etoile pendant 9 semaines dans le département Recherche pour la mise en place de la souchothèque informatisée (de Juillet 2003 à Septembre 2003).
- Stage ouvrier d’un mois, en fin de première année d’école d’ingénieur, chez IVECO (filiale camion du groupe FIAT) pour le contrôle qualité, à la chaine, des culasses après usinage.
LANGUES ETRANGERES :
- Niveau d’anglais correct ( depuis 1990 ). Score de 563 au TOEFL en 2000.
- Langue italienne lue, écrite et parlée couramment ( j’ai vécu 7 ans en Italie ).
DIVERS :
- Utilisation des logiciels de bureautique ainsi que de très nombreux autres programmes d’usage courant.
- Connaissances de base sur différents langages de programmation : C/C++, Visual Basic, HTML, CGI, PERL, SQL, Java, Python.
- Gestion de systèmes d’exploitations Windows (Toutes versions) et Linux (Mandrake, RedHat et Ubuntu essentiellement), mise en place et gestion de réseaux ethernet et co-administrateur de chat IRC italien.
- Ecole doctorale E2M2
+Modules suivis
-Modules suivis
- 10/11/2006 , 11/01/2007 et 26/01/2007 : "Epistemologie"
- 04/04/2007 , 25/04/2007 et 02/05/2007 : "Les techniques d’extraction et d’analyse appliquées à la biologie, à l’écologie et à la géologie"
- 05/06/2007 - 07/06/2007 : "Le message des fossiles"
- Insertion professionnelle
article :
Deloger M, Cavalli FMG, Lerat E, Biémont C, Sagot M-F, Vieira C (2009)
Identification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster, Gene, vol. 439 pp.55-62
Deloger M, El Karoui M, Petit M-A (2008)
A Genomic Distance Based on MUMIndicates Discontinuity Between Most Bacterial Species and Genera, Journal of Bacteriology, vol. 191(1) pp.91-99
phdthesis :
Deloger M (2009)
Etude de l`expression des éléments transposables chez Drosophila melanogaster par approche bioinformatique
