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Groupe de travail NGS

Objectifs :

Le groupe de travail NGS est organisé par le LBBE et rassemble des analystes (chercheurs, ingénieurs, étudiants) de la région lyonnaise (LBBE, CGpMC, LHENA, ...) qui s’intéressent aux données provenant des nouvelles technologies de séquencage (NGS). Il se réunit une fois par mois pour discuter des projets de chacun, de la bibliographie en cours, et des animations proposées (congrès, workshops, formations). Les thèmes abordés sont centrés autour de l’analyse de ces données (informatique, algorithmique, statistique, biologique).

Une liste de diffusion est mise en place : ngs@listes.univ-lyon1.fr

Lieu des réunions :

Depuis l’arrêt de tramway (La Doua), marcher jusqu’à l’entrée nord du bâtiment "Gregoire Mendel" (suivre les points rouges sur l’image ci-dessous). Le Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (UMR CNRS 5558) se trouve aux 1er et 2ème étage. Il y a un interphone à l’entrée du laboratoire. Composer le 044 pour contacter le secrétariat. Les réunions ont lieu habituellement dans la salle de réunion du 2ème étage

Prochaines réunions 2016-2017 :

Précédentes réunions 2016-2017 :

- 16 mai, 15h, salle de formation, Olivier Lucas, "Too good to be true ? DNA sequencing by Oxford Nanopore. Now".
- 16 mars, 10h30, salle du département de biologie, Marie Cariou, "Species tree, frequent HGT and gene conversions in Bdelloid Rotifers".
- 16 février, 14h30, salle du département de biologie, Camille Marchet, "Rconnector : a resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics and transcriptomics" et Antoine Limasset, "A new take on heterozygous genome assembly".
- 4 novembre, 10h, salle de formation, Rayan Chikhi, "Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory" et Claire Lemaitre, "Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting".
- 17 octobre, 15h, salle de formation, Nelly Burlet et Cécile Fruchard, "MinION".

Précédentes réunions 2015-2016 :

- 20 juin, 14h, salle de réunion du haut, Mickael Ploquin, "10X Genomics - Changing the definition of sequencing™".
- 9 juin, 14h, salle de formation, Franck Rapaport, "Analyzing the genomic landscape of liquid tumors".
- 31 mai, 14h30, salle de formation, Julien Fouret, "De novo assembling the genome of Pteropus giganteus using closely related genomes".
- 21 mars, 10h, salle de formation, Murray Patterson, "Haplotype assembly".
- 18 février, 15h, salle de réunion du haut, Nelle Varoquaux, "Inferring the 3D structure of the genome from Hi-C data".
- 23 novembre, 14h30, salle de formation, Clara Benoit, "Analysis of Alternative Splicing from RNA-seq data : mapping-first or assembly-first ?".
- 23 octobre, 15h, salle de réunion du haut, Xiaole Xu, project coordinator au Beijing Genomics Institute,"NGS service collaboration opportunities".
- 2 septembre, 14h, salle de formation, Felix Bemm et Jonas Muller, "From individual genomes to genome graphs".

Précédentes réunions 2014-2015 :
- 17 juin, 15h, salle de réunion du haut, Annabelle Haudry, "DynET, an evolutionary perspective of genome size variations in Drosophila".
- 28 avril, 10h, salle de réunion du haut, Clothilde Deschamps, "Amélioration d’un assemblage de novo. Exemple chez Silene latifolia".
- 16 mars, 10h, salle de formation, Ghislain Durif "Hi-C"
- 11 février, 15h30, salle de formation, Sylvain Charlat "Séquençage d’amplicons, capture de gènes, et de l’intérêt de l’assemblage pour ce type de projet".
- 3 décembre, 9h30, salle de réunion du Haut, Olivier Lucas "TruSeq Synthetic Long Reads Library Prep".
- 5 novembre, 15h, salle de formation, Julien Varaldi "Assemblage de génome viral et eucaryote et transferts de gènes".
- 1er octobre, 10h, salle de réunion du haut, Camille Marchet "Why not assemble your RNA-seq data even if you have a reference genome" et Blérina Sinaimeri "Navigating in a sea of repeats in RNA-seq without drowning".

Précedentes réunions 2013-2014 :
- 23 mai, 10h, salle de formation, Alexandre Méjat, "The muscle tissue as a model of 3D dynamic during cellular differentiation".
- 9 avril, 14h, salle de formation, Marie Sémon et Bastien Boussau, "projet rongeur" et Laurent Modolo "UrQt : unsupervised quality trimming for NGS data ".
- 12 mars, 14h, salle de réunion du haut, Jean-Luc Berland, "M.Tuberculosis epidemiology in genomic era".
- 18 février, 9h30, salle de formation, Florence Roucher et Amandine Fournier "présentation de la plateforme CHU".
- 29 janvier, 9h30, salle de réunion du haut, Emilie Chautard "Etude de l’épissage alternatif à partir de données RNA-Seq".
- 18 décembre, 9:30, salle de formation, Jean-Francois Gout "Detecting transcription errors in RNAseq data".
- 26 novembre, 9:30, salle de réunion du haut François Bartolo, "Métatranscriptomique".
- 24 octobre 14:30, salle de formation. Annabelle Haudry, "projet Droso-séquençage-phylogénie-trait".
- 24 Septembre 9:15 salle de réunion du haut, "présentation du groupe et planning de l’année".

Précedentes réunions 2012-2013 :

- 14 Mars 9:15 salle de formation : Annabelle Haudry Genetique des populations
- 4 Fevrier 9:30 salle de reunion du haut : Aline Myule & Gabriel Marais Transcriptome
- 22 Fevrier 9:30 salle de reunion du haut : Annabelle Haudry sur la génétique des populations
- 11 Janvier 9:30 salle de reunion du haut : Guy Perriere Métagénomique, F. Mifsud Transcriptome et etude de l’obesite chez des souris
- 18 Décembre 9:30 salle de reunion du haut : Tristan Lefebure & Vincent Lacroix : transcriptomique des populations
- 29 Novembre 9:30 salle de reunion du haut : Vincent Navratil : développement de workflows & Galaxy
- 10 Octobre 9h30 salle de reunion du haut : Emmanuelle Lerat sur ChipSeq, Aurélie Laugraud sur Méthylome
- 26 Septembre 9h30 salle de reunion du haut : Franck Picard, Modèles linéaires généralisés et analyse différentielle pour le RNASeq

Contact : laurent(dot)jacob(at)univ-lyon1.fr