UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

• +CV -CV

  
   Septembre 2010 - ? Thèse au Laboratoire de Biologie et Biométrie Évolutive à l’Université Lyon 1, sous la direction de Manolo Gouy. Voir le sujet de thèse dans la section dédiée.
   Décembre 2011 Conférence lors du colloque national Archaea à l’institut Pasteur à Paris, sur sélection d’abstract (résumé d’article) à Lyon.
   Octobre 2011 Conférence lors du colloque international Deep Metazoan Phylogeny à Munich, sur sélection d’abstract (résumé d’article) à Lyon.
   Février 2011 Conférence lors du colloque national ALPHY, sur sélection d’abstract (résumé d’article) à Lyon.
   Juillet 2010 Conférence à SMBE (Society of Molecular Biology and Evolution), sur sélection d’abstract (résumé d’article) à Lyon.
   2008-2010 Master Biosciences à l’Ecole Normale Supérieure de Lyon, mention Très Bien (16.21/20) (1er/55)
   Janvier - Juin 2010 Stage de recherche au Laboratoire de Biologie et Biométrie Évolutive à l’Université Lyon 1, sous la direction de Manolo Gouy.
   Septembre - Décembre 2009 Stage de recherche au Department of Biology, University College of London, sous la direction de Ziheng Yang.
   Février - Juin 2009 Stage de recherche au Laboratoire de Biologie et Biométrie Évolutive à l’Université Lyon 1, sous la direction de Manolo Gouy.
   Juin - Juillet 2008 Stage de recherche au Laboratoire de Biologie Moléculaire du Gène chez les Extremophiles à l’Université Paris-Sud XI, sous la direction de Patrick Forterre.
   2007-2008 Licence Biologie Fondamentale à l’Ecole Normale Supérieure de Lyon, mention Bien (14.08/20)
   2004-2007 Classes Préparatoires aux Grandes Écoles BCPST (Biologie Chimie Physique et Sciences de la Terre) au lycée Chateaubriand, Rennes.
   2004 Bacchalauréat Scienctifique - Mention Sciences de la Vie et de la Terre, mention Bien.

• +Sujet de thèse -Sujet de thèse

  
   Il est communément accepté que le patron d’évolution des espèces prenne la forme d’un arbre, où les noeuds représentent des événements de spéciation ou de divergence d’une espèce mère en deux espèces filles et où la racine constitue l’ancêtre commun à toutes les espèces de l’arbre, permettant de donner une direction au processus évolutif. Une des méthodes qui a rencontré le plus de succès pour reconstruire des arbres phylogénétiques est le maximum de vraisemblance. Cette méthode calcule la probabilité d’obtenir un certain modèle d’évolution du processus évolutif associé à une certaine topologie d’arbre, sachant l’alignement de séquences analysé. Les plupart des méthodes et programmes actuels de reconstruction d’arbres phylogénétiques en maximum de vraisemblance sont basés sur des hypothèses simplificatrices, diminuant à la fois la complexité des algorithmes et les temps de calcul. L’hypothèse majeure est l’homogénéité du processus évolutif. Lorsqu’un modèle d’évolution est dit homogène, il est supposé que le processus d’évolution est le même à travers le temps et pour toutes les lignées, ce qui est très irréaliste. Il a été remarqué à de nombreuses reprises que l’utilisation de ces modèles homogènes pouvait entraîner l’inférence de fausses relations phylogénétiques, notamment dû aux hétérogénéités de compositions entre espèce, ce qui est très fréquemment rencontré. De plus, il a été observé qu’un modèle homogène n’était pas capable d’inférer de façon précise les séquences et compositions ancestrales à chaque noeud interne de l’arbre. Enfin, il n’est pas possible de déduire par maximum de vraisemblance la position de la racine de l’arbre estimé lorsqu’un modèle homogène est envisagé. C’est pourquoi des groupes externes sont utilisés, parfois avec grande difficulté, pour raciner indirectement la topologie de maximum de vraisemblance.

   Ma thèse s’inscrit pleinement dans le développement bioinformatique de nouveaux modèles d’évolution plus complexe, dits non‐homogènes, qui permettent de prendre en compte les variations des processus évolutifs à travers le temps et entre les espèces. De cette façon, il devient théoriquement possible d’améliorer les relations phylogénétiques inférées en s’affranchissant du problème des hétérogénéités de composition, d’estimer les séquences ancestrales avec plus de précision et d’inférer, de façon directe et par maximum de vraisemblance la racine d’un arbre phylogénétique. Une fois ces modèles développés, il est envisagé d’implémenter un programme rapide et facile d’utilisation utilisant les dernières améliorations afin de le rendre accessible à l’ensemble de la communauté des biologistes. Enfin, ces nouveaux modèles pourront être appliqués pour comprendre plus précisément les premières étapes de la vie, comme la position de la racine de l’arbre universel, les relations phylogénétiques des grands domaines du vivant, l’évolution des paramètres environnementaux de la vie microbienne pré‐cambrienne et l’étude biochimique des séquences protéiques ancestrales inférées.

• +Conférences/Séminaires -Conférences/Séminaires

  
   Conférence à Lyon (Juillet 2010) dans le cadre du congrès international SMBE (Society for Molecular Biology and Evolution). Environmental Temperature is a Major Factor that drives evolutionary rates in Archaea. Sélection après soumission d’abstract. http://smbe2010.univ-lyon1.fr/en
   Séminaire à Genève (Janvier 2010) sur le thème de l’analyse Bayesienne des temps de divergence par horloge moléculaire relachée et ses implications pour le timing de spéciation chez les Foraminifères. Invité par Jan Pawlowski, Université de Genève, Département de Zoologie et Biologie Animale, laboratoire de phylogénie moléculaire des protistes et des invertébrés.
   Conférence à Lyon (Février 2011) lors du colloque national ALPHY. Environmental Temperature is a Major Factor that drives evolutionary rates in Archaea. Sélection après soumission d’abstract. http://lbbe.univ-lyon1.fr/alphy/
   Conférence à Munich (Octobre 2011) lors du congrès international DMP (Deep Metazoan Phylogeny). The COaLA model : a Time Non-Homogeneous Model of Evolution Based on a Correspondence Analysis. Sélection après soumission d’abstract. http://www.en.palaeontologie.geowissenschaften.uni-muenchen.de/dmp2011/index.html
   Conférence à l’institut Pasteur de Paris lors du premier congrès français Archaea. Sélection après soumission d’abstract. From Extant Molecules To Ancestral Conditions of Life : How the Adaptation to Temperature Drives the Evolution of Archaea.

• +Projets en cours -Projets en cours

  
   Développement de modèles d’évolution moléculaire non-homogènes en temps et en sites au sein des librairies Bio++.
   Analyse de l’adaptation à la température de vie au niveau moléculaire chez les Méthanococcales, phylum archéen.
   Inférence de séquences ancestrales du gène de la malate déshydrogénase au sein des archées halophiles strictes et tolérantes dans le but de faire de la résurrection de protéines ancestrales afin de comprendre l’adaptation aux environnements salin.

• +Enseignements -Enseignements

  - Licence 3ème année (L3) :

  Université :

   UE ASBIV (Approches Statistiques et BioInformatiques du Vivant). 18h de TP. Initiation à l’annotation de gènes, de recherche d’informations biologiques dans les banques de données, introduction à l’alignement et à la phylogénie moléculaire. 1h30 de CM. Introduction à la phylogénie moléculaire.
   UE MIV (Mathématiques et Informatique du Vivant) 2h de CM. Introduction à la phylogénie moléculaire.

  École Normale Supérieure de Lyon :

   UE Évolution, Licence Biologie Fondamentale. 4h de TP. Introduction à la phylogénie moléculaire. 2h de TD. Datation moléculaire, dérive génétique. 2x2h de TD. Influence de la température de vie sur les compositions moléculaires et inférence de compositions et températures de vie ancestrales.

  - Master 1ère année (M1) :

  Université :

   UE CBB (Conservation Biologique et Biométrie), master Ecosciences. 9h de TP. Phylogénie moléculaire. Introduction aux puces à ADN.

  - Master 2ème année (M2) :

  Université :

   UE BioInformatique/Biostatistiques. 24h de TP. Initiation à l’annotation de gènes, de recherche d’informations biologiques dans les banques de données, introduction à l’alignement et à la phylogénie moléculaire.

+Publications -Publications