Présentation
Les éléments transposables (ET) sont des fragments d’ADN capables de se déplacer et de se multiplier dans les génomes dans lesquels ils peuvent être présents en forte proportion. Ainsi le génome humain est composé d’environ 45% de telles séquences, et leur proportion dépasse les 80% chez certains génomes de plantes. La mobilité de ces ET, leur nombre parfois élevé de copies, leur confèrent un pouvoir mutagène important, suite à leur insertion dans des gènes, aux remaniements chromosomiques qu’ils entraînent, mais aussi grâce à leur capacité à intervenir dans les réseaux de régulation des gènes. Les ET ont ainsi eu une influence considérable au cours de l’évolution des organismes. Devant l’invasion de leur génome par les ET, les organismes ont développé diverses stratégies pour limiter leur activité, notamment par des processus épigénétiques, tels que la méthylation des ADN, les modifications des histones, les ARN interférants. Bien que ces mécanismes de contrôle soient de mieux en mieux étudiés, et malgré les approches de génomique comparative, nous ne comprenons pas très bien ce qui différencie les espèces. Ainsi les deux espèces Drosophila melanogaster et D. simulans, qui sont phylogénétiquement très proches, diffèrent pour leur quantité en ET dans leur génome : 15-20 % chez D. melanogaster, contre 5-6 % chez D. simulans. Comment peut-on expliquer cette différence ? Par des mécanismes moléculaires, ou bien par des considérations écologiques impliquant des différences de taille de populations ? Nous avons décidé de nous concentrer sur la méthylation des cytosines de l’ADN, qui est un mécanisme majeur impliqué dans la régulation des ET chez l’homme et les plantes. Chez la drosophile, le taux de méthylation des cytosines est faible, de l’ordre de 0.1% chez les adultes, et le rôle de cette méthylation est inconnue jusqu’à présent. Une hypothèse est que la méthylation des cytosines ne concernerait que les ET, voire même que la région régulatrice de leur séquence, ce qui rendrait compte du faible taux de méthylation globale du génome de l’espèce D. melanogaster. Comme nous possédons de nombreux échantillons de populations naturelles des deux espèces D melanogaster et D simulans, pour lesquelles les nombres de copies de divers ET, et la structure de ces copies, varient fortement, nous proposons d’analyser les profils de méthylation des séquences de divers ET dans ces populations. L’approche moléculaire associée à l’approche populationnelle, avec un point de vue comparatif, devrait nous fournir une vision de la dynamique des ET dans les génomes d’espèces proches, ainsi que de la manière dont les génomes luttent pour éviter d’être envahis.
