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UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive" UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel 43 bd du 11 novembre 1918 69622 VILLEURBANNE cedex
- Thèmes de recherche
- +Thèmes de recherche -Thèmes de recherche
Mes recherches concernent l’étude du rôle fonctionnel des éléments transposables (ET) dans les génomes eucaryotes en utilisant des approches de génomiques comparatives et de bioinformatiques chez différents organismes. Depuis plusieurs années, j’ai développé une expertise dans l’identification des ET dans les génomes séquencés mais aussi dans l’analyse évolutive des séquences d’ET.
Projets
- détection des copies d’ET dans les séquences de génomes complets pour analyser leur dynamique et leur évolution. Pour cela, nous avons développé plusieurs programmes :
- une nouvelle méthode à l’échelle génomique pour détecter les séquences transférées horizontalement (Modolo et al. 2014) disponible ici : git ://dev.prabi.fr/modolo2013
- un outil pour "parser" les fichiers de sortie de RepeatMasker afin de récupérer des informations détaillées concernant le contenu en ET dans un génome au niveau de la famille (Bailly-Bechet et al. 2014) disponible ici One-code-to-find-them-all.
- étude du lien entre insertions d’ET, modifications épigénétiques et expression des gènes dans des conditions variées (par exemple : cellules en état normal vs tumoral) chez les mammifères et les drosophiles.
- participation à l’élaboration d’une référence pour l’annotation des ET dans les génomes avec plusieurs chercheurs internationaux qui ont participé au TEAM.
CV court
- 2005-présent : Chargé de recherche 1ère classe CNRS (CR1)
- 2010 : Habilitation à diriger des recherches (HDR)
- 2004-2005 : Post-doc au LBBE avec financement FRM
- 2002-2004 : Post-doc à l’Université d’Arizona (Tucson, USA)
- 2001-2002 : ATER à l’université Lyon 1
- 1998-2001 : Thèse à l’université Lyon 1
Collaborations
- Carène Rizzon (lab. Statistics and Genome, Université d’Evry, France)
- Anne Mey (CarMeN lab, France) et Jacques Samarut (IGFL, ENS Lyon, France)
- Eric Peyretaillade, Nicolas Parisot, et Pierre Peyret (EA CIDAM, Université d’Auvergne, France)
- Claudia Carareto (UNESP, Brazil)
- Antoine Perasso (Lab. « Chrono-environnement », Université de Franche-Comté, France)
- Christophe Guyeux (FEMTO-ST institute, Université de France-Comté, France)
Encadrements d’étudiants
- L3 : A. Mula (2005-2006), E. Ohanyan (2015-2016 ; co-supervision M Bailly-Béchet)
- M1 : F. Giordano (2005-2006), R. Kahoul (2006-2007), C. Déchaud (2015-2016)
- M2 : B. Cheaib (2006-2007), H. Mortada (2010-2011), L. Modolo (2010-2011), L. Grégoire (2012-2013 ; co-supervision A. Haudry), E. Saulnier (2012-2013 ; co-supervision C. Rizzon (lab. Statistics and Genome, Evry)), N. Bargues (2014-2015), R. Lannes (2015-2016), C. Déchaud (2016-2017), A. Le (2018-2019), M. Le Guet (2018-2019)
- Doctorat : M. Deloger (2006-2009 ; co-direction C. Vieira et MF Sagot), A. Granzotto (2007-2011 ; co-direction C. Vieira et C. Carrareto), H. Mortada (2008-2011 ; co-direction C. Vieira), L. Modolo (2011-2014), S. Sedghiani (2016)
Membre de Société et expertise
Membre de la "the Society for Molecular Biology and Evolution" (SMBE)
Membre de la "Société Française de Bioinformatique"" (SFBI)Editeur associé pour "Genome Biology and Evolution" (http://gbe.oxfordjournals.org/)
profile ResearchGate ici. - détection des copies d’ET dans les séquences de génomes complets pour analyser leur dynamique et leur évolution. Pour cela, nous avons développé plusieurs programmes :
+Publications -Publications
article :
Lerat E, Casacuberta J, Chaparro C, Vieira C (2019)
On the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses, Genes, vol. 10 pp.258-258.
Lerat E, Goubert C, Guirao-Rico S, Merenciano M, Dufour AB, Vieira C, Gonzalez J (2019)
Population-specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations, Molecular ecology, vol. 28 pp.1506-1522.
Bargues N, Lerat E (2017)
Evolutionary history of LTR-retrotransposons among 20 Drosophila species, Mobile DNA, vol. 8 pp.7-7.
Moulin S, Seux N, Chretien S, Guyeux C, Lerat E (2017)
Simulation-based estimation of branching models for LTR retrotransposons, Bioinformatics, vol. 33 pp.320-326.
Grégoire L, Haudry A, Lerat E (2016)
The transposable element environment of human genes is associated with histone and expression changes in cancer, BMC Genomics, vol. 17 pp.588-588.
Lerat E, Fablet M, Modolo L, Lopez-Maestre H, Vieira C (2016)
TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes, Nucleic Acids Research, vol. 45 pp.e17-e17.
Belkorchia A, Gasc C, Polonais V, Parisot N, Gallois N, Ribiere C, Lerat E, Gaspin C, Pombert J F, Peyret P, Peyretaillade E (2015)
The Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes, PLoS One, vol. 10 pp.e0139075-e0139075.
Hoen D R, Hickey G, Bourque G, Casacuberta J, Cordaux R, Feschotte C, Fiston-Lavier A S, Hua-Van A, Hubley R, Kapusta A, Lerat E, Maumus F, Pollock D D, Quesneville H, Smit A, Wheeler T J, Bureau T E, Blanchette M (2015)
A call for benchmarking transposable element annotation methods, Mobile DNA, vol. 6 pp.13-13.
Modolo L, Lerat E (2015)
UrQt: an efficient software for the Unsupervised Quality trimming of NGS data, BMC Bioinformatics, vol. 16 pp.137-137.
Bailly-Bechet M, Haudry A, Lerat E (2014)
“One code to find them all”: a perl tool to conveniently parse RepeatMasker output files, Mobile DNA, vol. 5 pp.13-13.
Blanc S, Ruggiero F, Birot A M, Acloque H, Decimo D, Lerat E, Ohlmann T, Samarut J, Mey A (2014)
Subcellular Localization of ENS-1/ERNI in Chick Embryonic Stem Cells, PLoS one, vol. 9 pp.e92039-e92039.
Carnelossi E A, Lerat E, Henri H, Martinez S, Carareto C M, Vieira C (2014)
Specific activation of an I-like element in Drosophila interspecific hybrids, Genome Biology and Evolution, vol. 6 pp.1806-17.
Modolo L, Picard F, Lerat E (2014)
A new genome-wide method to track horizontally transferred sequences: application to Drosophila, Genome Biology and Evolution, vol. 6 pp.416-32.
Panek J, El Alaoui H, Mone A, Urbach S, Demettre E, Texier C, Brun C, Zanzoni A, Peyretaillade E, Parisot N, Lerat E, Peyret P, Delbac F, Biron D G (2014)
Hijacking of Host Cellular Functions by an Intracellular Parasite the Microsporidian Anncaliia algerae, PLoS one, vol. 9 pp.e100791-e100791.
Parisot N, Pelin A, Gasc C, Polonais V, Belkorchia A, Panek J, El Alaoui H, Biron D G, Brasset E, Vaury C, Peyret P, Corradi N, Peyretaillade E, Lerat E (2014)
Microsporidian Genomes Harbor a Diverse Array of Transposable Elements that Demonstrate an Ancestry of Horizontal Exchange with Metazoans, Genome Biology and Evolution, vol. 6 pp.2289-300.
Peyretaillade E, Boucher D, Parisot N, Gasc C, Butler R, Pombert J F, Lerat E, Peyret P (2014)
Exploiting the architecture and the features of the microsporidian genomes to investigate diversity and impact of these parasites on ecosystems, Heredity, vol. 114 pp.441-449.
Mey A, Acloque H, Lerat E, Gounel S, Tribollet V, Blanc S, Curton D, Birot A-M, Nieto A, Samarut J (2012)
The endogenous retrovirus ENS-1 provides active binding sites for transcription factors in embryonic stem cells that specify extra embryonic tissue, Retrovirology, vol. 9 pp.21-21.
Vieira C, Fablet M, Lerat E, Boulesteix M, Rebollo R, Burlet N, Akkouche A, Hubert B, Mortada H, Biemont C (2012)
A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans, Journal of Environmental Radioactivity, vol. 113 pp.83-86.
Lerat E, Burlet N, Biemont C, Vieira C (2011)
Comparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes, Gene, vol. 473 pp.100-109.
Mortada H, Vieira C, Lerat E (2010)
Genes Devoid of Full-Length Transposable Element Insertions are Involved in Development and in the Regulation of Transcription in Human and Closely Related Species, Journal of Molecular Evolution, vol. 71 pp.180-191.
Deloger M, Cavalli FMG, Lerat E, Biémont C, Sagot M-F, Vieira C (2009)
Identification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster, Gene, vol. 439 pp.55-62.
Fablet M, Lerat E, Rebollo R, Horard B, Burlet N, Martinez S, Brasset E, Gilson E, Vaury C, Vieira C (2009)
Genomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila, FASEB Journal, vol. 23 pp.855-865.
Granzotto A, Lopes FR, Lerat E, Vieira C, Carareto CMA (2009)
The evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes, BMC Evolutionary Biology, vol. 9(174) pp.95-148.
Lerat E (2009)
Identifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how to find your way through the dense forest of programs, Heredity, vol. 104 pp.520-533.
Vieira C, Fablet M, Lerat E (2009)
Infra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements, Genome Dynamics and Stability, vol. pp.115-123.
Rebollo R, Lerat E, Lopez Kleine L, Biémont C, Vieira C (2008)
Losing helena: The extinction of a drosophila line-like element, BMC Genomics, vol. 9 pp.149-149.
Lerat E, Birot AM, Samarut J, Mey A (2007)
Maintenance in the Chicken Genome of the Retroviral-like cENS Gene Family Specifically Expressed in Early Embryos, Journal of Molecular Evolution, vol. 65 pp.215-227.
Lerat E, Sémon M (2007)
Influence of the transposable element neighborhood on human gene expression in normal and tumor tissues, Gene, vol. 396 pp.303-311.
Lerat E, Daubin V, Ochman H, Moran NA (2005)
Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria, PLoS Biology, vol. 3 pp.0807-0814.
Lerat E, Ochman H (2005)
Recognizing the pseudogenes in bacterial genomes, Nucleic Acids Research, vol. 33 pp.3125-3132.
Ochman H, Daubin V, Lerat E (2005)
A bunch of fun-guys: the whole-genome view of yeast evolution, Trends in Genetics, vol. 21 pp.1-3.
Ochman H, Lerat E, Daubin V (2005)
Examining bacterial species under the specter of gene transfer and exchange, Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America, vol. 102 pp.6595-6599.
Edvardsen R, Lerat E, Maeland AD, Flat M, Tewari R, Jensen MF, Lehrach H, Reinhardt R, Seo H-C, Chourrout D (2004)
Hypervariable and highly divergent intron/exon organizations in the chordate Oikopleura dioica, Journal of Molecular Biology, vol. 59 pp.448-457.
Lerat E, Moran NA (2004)
The evolutionary history of quorum-sensing in bacteria, Molecular Biology and Evolution, vol. 21 pp.903-913.
Lerat E, Ochman H (2004)
$Psi$-$Phi$: Exploring the outer limits of bacterial pseudogenes, Genome Research, vol. 14 pp.2273-2278.
Daubin V, Lerat E, Perrière G (2003)
The source of laterally transferred genes in bacterial genomes, Genome Biology, vol. 4 pp.R57.1-R57.12.
Lerat E, Daubin V, Moran NA (2003)
From gene trees to organismal phylogeny in prokaryotes: the case of the gamma-Proteobacteria, PLoS Biology, vol. 1 pp.101-109.
Lerat E, Rizzon C, Biémont C (2003)
Sequence divergence within transposable element families in the Drosophila melanogaster genome, Genome Research, vol. 13 pp.1889-1896.
Lerat E, Capy P, Biémont C (2002)
Codon usage by transposable elements and their host genes in five species, Journal of Molecular Evolution, vol. 54 pp.625-637.
Lerat E, Capy P, Biémont C (2002)
The relative abundance of dinucleotides in transposable elements in five species, Molecular Biology and Evolution, vol. 19 pp.964-967.
Lerat E, Biémont C, Capy P (2000)
Codon usage and the origin of P elements, Molecular Biology and Evolution, vol. 17 pp.467-468.
Lerat E, Brunet F, Bazin C, Capy P (1999)
Is the evolution of transposable elements modular?, Genetica, vol. 107 pp.15-25.
Lerat E, Capy P (1999)
Retrotransposons and retroviruses: analysis of the envelope gene, Molecular Biology and Evolution, vol. 16 pp.1198-1207.
inbook :
Lerat E (2019)
Repeat in Genomes: How and Why You Should Consider Them in Genome Analyses?
in: Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, Elsevier, pp.210-220.
Modolo L, Lerat E (2013)
Identification and Analysis of Transposable Elements in Genomic Sequences
in: Genome analysis current procedures and applications, Caister Academic Press, pp.813-819.
Earnest-DeYoung JV, Lerat E, Moret BME (2004)
Reversing gene erosion: Reconstructing ancestral bacterial genomes from gene-content and order data
in: Proc. 4th Int`l Workshop on Algorithms in Bioinformatics WABI`04 in Lecture Notes in Computer Science, Springer Verlag, pp.1-13.
phdthesis :
Lerat E (2010)
HDR - Evolution of eukaryotic genomes and the impact of transposable elements .
Lerat E (2001)
Comparaison de séquences d`éléments transposables et de gènes d`hôtes chez cinq espèces : A. Thaliana C. Elegans D. Melanogaster H. Sapiens S. Cerevisiae .
