UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

• +Axe 3 - MEESIS - Composition -Axe 3 - MEESIS - Composition

  Les Méthodes d’Exploitation Epidémiologique des Systèmes d’Information en Santé (MEESIS) est la thématique correspondant à l’axe 3 des activités de recherche de l’équipe « épidémiologie et santé publique » (département Biomath-santé URL : http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Departement-Biomaths-Sante-.html ).

  Composition de l’axe 3

   Dr Marie-Hélène Metzger, MCU-PH, responsable de l’axe 3

   Dr Solweig Gerbier, doctorante en thèse de sciences (Ecole Doctorale : Évolution Écosystèmes Microbiologie Modélisation, UCBL1) – (2008 – 2010). http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Gerbier-Solweig-.html

   Quentin Gicquel, Ingénieur d’étude – 2009 - 2011. http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Gicquel-Quentin-.html

   Marie-Justine Cèbe, chargée d’étude, Projet ALADIN http://lbbe.univ-lyon1.fr/-Cebe-Marie-Justine-.html

• +Partenariats -Partenariats

  1) Université Lyon II – Laboratoire ERIC « Equipe de Recherche en Ingenierie des Connaissances EA 3083 » : http://recherche.univ-lyon2.fr/eric/

  2) Equipe CISMeF, appartenant au groupe GCSIS (Gestion de la Connaissance et Systèmes d’Information en Santé) de l’équipe TIBS du laboratoire LITIS EA 4108 : http://www.chu-rouen.fr/gcsis

  3) Xerox Research Center Europe (URL : http://www.xrce.xerox.com/ )

  4) Vidal, (URL : http://www.vidal.fr/ )

  5) SISRA, Système d’information de Santé, Rhône Alpes (URL : http://www.sante-ra.fr/ )

• +Thématiques de recherche -Thématiques de recherche

  Axe 3 : Méthodes d’Exploitation Epidémiologique des Systèmes d’Information en Santé (MEESIS)

  Les activités de recherche de cet axe repose sur des méthodes innovantes d’exploitation des systèmes d’information en santé à des fins de surveillance épidémiologique. Ces activités se focalisent plus spécifiquement sur les 2 versants nécessaires à l’exploitation épidémiologique de données médicales issues de systèmes d’information en santé : 1) méthodes d’organisation de l’information médicale à des fins d’exploitation épidémiologique 2) méthodes d’analyse en surveillance épidémiologique

  1) Méthodes innovantes d’organisation de l’information médicale issue des systèmes d’information en santé à des fins de exploitation épidémiologique L’exploitation épidémiologique des données nécessite l’organisation de l’information médicale sous forme de variables structurées. Cette structuration peut être organisée en amont ou en aval de la production de l’information.

   Expérimentations à l’échelle de l’établissement de santé

  Concernant les activités de structuration en amont de la production de l’information, l’équipe est impliquée dans des travaux de structuration du dossier médical informatisé patient dans le cadre de la surveillance de certains pathologies transmissibles ou événements indésirables graves aux Hospices Civils de Lyon. La structuration de l’information peut également être envisagée en aval, c’est-à-dire après production des données source dans le système d’information (dossier médical informatisé, base de prescriptions médicamenteuses, données d’imagerie…). Cette structuration nécessite alors la mise en place d’étapes préalables à l’exploitation des données. L’équipe est impliquée dans la mise en place de techniques innovantes de structuration a-posteriori des données médicales sources pour en permettre une exploitation épidémiologique. Ces techniques reposent notamment sur les techniques de text-mining. Cette exploitation nécessite un travail d’analyse sémantique, qui fait l’objet de nombreux travaux de recherche, notamment en termes d’interopérabilité sémantique. L’équipe est impliquée dans ces travaux par l’intermédiaire des projets de recherche en cours et des partenariats constitués (cf. rubriques correspondantes).

   Expérimentations à l’échelle régionale

  Dans le cadre de la conception d’une plate-forme régionale épidémiologique exploitant les données de la plate-forme régionale de gestion du dossier patient de la région Rhône-Alpes, l’équipe participe à une étude de faisabilité, initiée par le comité de pilotage de SISRA (URL SISRA). L’objectif principal de cette plate-forme épidémiologique est de produire des indicateurs de santé publique régionaux, utiles à la décision de santé publique régionale.

  2) Méthodes innovantes d’analyse de données médicales issues de systèmes d’information en santé à des fins d’exploitation épidémiologique a) Développement de modèles mathématiques de détection de cas groupés d’infections à risque épidémique et de seuil d’alerte épidémique à partir des données de systèmes d’information en santé

  b) Exploitation épidémiologique des données de surveillance des maladies transmissibles, notamment étude des variations temporo-spatiales des infections à risque épidémique (infections nosocomiales, BMR..) dans le cadre des réseaux de surveillance régionaux et nationaux

  c) Techniques de data-mining ou fouille de données : les systèmes d’information en santé et notamment le système d’information hospitalier contiennent une mine considérable de données sous-exploitées qui pourraient compléter les dispositifs de surveillance épidémiologique spécifiques. Le volume de données disponible nécessite toutefois d’appliquer des techniques statistiques innovantes pour pouvoir les exploiter, les techniques de data mining ou fouille de données, techniques encore peu utilisées dans le champ médical. L’un des axes de recherche de l’équipe est d’exploiter selon ces techniques d’analyse des données médicales issues de systèmes d’information en santé pour en étudier la pertinence à des fins de surveillance épidémiologique.

• +Projets de recherche en cours -Projets de recherche en cours

  Projet ANR TECSAN 2008 – ALADIN DTH (2009 – 2011) Assistant de lutte automatisé et de détection des infections nosocomiales à partir de documents textuels hospitaliers (URL : http://www.aladin-project.eu/ )

• +Encadrement de travaux -Encadrement de travaux

  Mastères

  2007-2008 Master 2, Université Lyon 2, extraction des connaissances à partir des données Q Gicquel : co-encadrement Dr MH Metzger, Pr S Lallich Détection des facteurs de risque des infections nosocomiales en réanimation par des méthodes de data-mining

  2008 - 2009 Master 2, Université Lyon 1, « santé-populations », option : Biostatistique, Bioinformatique, Génome A Lamarre : co-encadrement Dr MH Metzger – Pr R Ecochard) : Analyse des variations temporelles des taux d’infection du site opératoire après cholécystectomies entre 1996 et 2006

  Master 2, Université Lyon 1, « santé-populations », option : Epidémiologie et Risques sanitaires S Bouzbib : encadrement Dr MH Metzger : Détection par méthode indirecte des infections nosocomiales en réanimation

  2009 - 2010 Master 1, Université Lyon 1, « santé-populations » : Olga Yarovaya : encadrement Dr MH Metzger : organisation et gestion d’une base de données épidémiologique dans le cadre du projet ALADIN

  Master 2, Université Lyon 1, « santé-population », option : Biostatistique, Bioinformatique, Génome : co-encadrement Dr MH Metzger – Dr M Rabilloud) : Analyse des variations géographiques de la prévalence des infections nosocomiales (enquête nationale de prévalence des infections nosocomiales 2006).

  Thèses de 3ème cycle

  Soutenance 2008 Thèse d’état en médecine, S Gerbier (encadrement Dr MH Metzger) Evaluation de différentes méthodes de repérage des infections nosocomiales dans un service de chirurgie et un service d’obstétrique des Hospices Civils de Lyon (déc 2008)

  En cours : 2009-2011

  1) Thèse de sciences à l’école doctorale « Évolution Écosystèmes Microbiologie Modélisation » (Dr S Gerbier) : Evaluation de la surveillance syndromique par traitement automatisé des données du dossier médical informatisé des urgences Encadrement Dr MH Metzger

• +Enseignement -Enseignement

  Enseignement de santé publique et épidémiologie

  1) 1er cycle des études médicales à la Faculté de médecine Lyon Sud- Charles Mérieux

  2) 2ème cycle des études médicales à la Faculté de médecine Lyon Sud- Charles Mérieux

  3) 3ème cycle universitaire à l’Université Claude Bernard Lyon 1 dans le cadre du Master « santé-populations » : http://master-sante-pop.univ-lyon1.fr

  4) 3ème cycle universitaire à l’Université Lyon 2 dans le cadre du Master « SISE » : http://eco.univ-lyon2.fr/377-Master-2-Statistique-et-Informatique-Socio-economique-SISE.html

+Publications -Publications