UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

• C.V.
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    FORMATION

    2008-2009 : Première année de thèse. « Etude bioinformatique de l’influence des éléments transposables sur la dérégulation des gènes en condition tumorale chez l’homme. » (Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, CNRS UMR 5558,Villeurbanne, LYON)

    Présence aux congrès : Congrès National sur les éléments transposables (C.N.E.T)– 1er au 3 juillet 2009, Le Mans, France – Communication Orale.

    SMBE 2009 – 3 au 7 juin 2009, Iowa City, Etats-Unis – Poster. GDRE – RA « Comparative Genomics », Octobre 2008, Lyon, France.

    2007-2008 : Master 2 Recherche de "Santé et populations", spécialité "Biostatistique, Bioinformatique, Génomes (B2G)", à la Doua, Villeurbanne

    2006-2007 : Master 1 de "approches Mathématiques et Informatiques du vivant (aMIV )", à la Doua, Villeurbanne

    2003-2006 : Licence de Mathématiques et Informatiques du vivant (MIV), à la Doua, Villeurbanne

    2002-2003 : Premier Cycle d’Enseignement Médical 1 (PCEM1), Lyon Sud, Lyon

    2001-2002 : Baccalauréat scientifique, section "Sciences de la vie", Collège Oriental Basilique, Zahlé, Liban

• Sujet de Thèse
  • +Etude de l’influence des éléments transposables sur la régulation des gènes chez les vertébrés. -Etude de l’influence des éléments transposables sur la régulation des gènes chez les vertébrés.

    Les éléments transposables (ET) sont des séquences génomiques capables de se répliquer et de se déplacer dans les génomes. Leurs capacités à s’insérer dans les gènes et à produire des réarrangements chromosomiques par recombinaison entre copies, font des ET des agents mutagènes. Les ET sont de plus capables de modifier l’expression des gènes voisins grâce aux régions promotrices qu’ils possèdent. Les ET ont été trouvés dans la plupart des génomes dans lesquels ils ont été recherchés. Ils forment ainsi 45 % du génome de l’homme, 10 à 20 % de celui de la drosophile et peuvent représenter jusqu’à 90 % du génome de certaines plantes.

    Malgré le grand nombre d’ET présents dans le génome humain, il existe des régions qui en sont dépourvues (TFR, pour « Transposon Free Region »). Afin d’expliquer cette variation d’insertion des ET, plusieurs hypothèses ont été proposées. Ainsi, il pourrait s’agir de la conséquence d’un biais d’insertion des ET suivant la fonction des gènes avoisinants. Cette hypothèse suppose que les insertions d’ET sont contre-sélectionnées quand elles surviennent près de gènes qui assurent des fonctions relativement importantes pour l’organisme. Une analyse faite en 2004 sur les chromosomes humains 21 et 22 est en accord avec cette hypothèse.

    Dans la même optique, nous avons mené une analyse préliminaire au niveau du génome humain entier pour expliquer le biais d’insertion d’un type particulier des ET, les SINE (pour « Short Interspersed Nuclear Elements »). Cette étude a ensuite été généralisée à tous les ET et nous a permis de montrer que la fonction des gènes est l’un des facteurs qui contrôle la distribution des ET dans le génome humain et que ce biais d’insertion des ET est dû à une pression de sélection qui s’exerce au niveau des régions flanquantes des gènes. De plus, la comparaison du niveau d’expression entre les gènes riches en ET et les gènes sans ET nous a permis de constater un niveau d’expression plus élevé pour les gènes riches en ET au niveau des cellules immunitaires ainsi qu’au niveau des tissus tumoraux.

    Mon objectif pour les deux années restantes de ma thèse est d’étendre cette analyse à d’autres espèces, notamment le chimpanzé et la souris, ce qui me permettra d’avoir des conclusions plus générales d’un point de vue évolutif. Ensuite on s’intéressera aux ET qui ont été actifs récemment chez les primates. On réalisera cela grâce à une étude comparative des ET présents chez l’homme, le chimpanzé et le macaque.

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