Penel Simon -UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

Simon Penel

Ingénieur d’étude - CNRS

courriel :

tél. : +33 (0)4 72 43 29 04

fax : +33 (0)4 72 43 13 88

UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1  - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Pôle informatique

Bâtiment : Mendel (711) - 2ème étage Bureau : 6

Activités
Différentes activités au laboratoire :
- Phylogénomique et évolution moléculaire
  - +Bases de données de familles de gènes homologues
    
    Orthologies et paralogies à differentes échelles phylogénique.
    Etude de l’organisation et l’evolution des génomes et des gènes.
    
    La comparaison de séquences (protéiques et nucléiques) homologues est une étape essentielle dans les recherches de biologie moléculaire et d’évolution : étude de l’évolution au niveau moléculaire,détermination de la phylogénie des espèces, prédiction de fonction des gènes,identification de régions d’intérêt dans les séquences génomiques,etc. A cet effet plusieurs bases on ete developee pour differentes distances taxonomiques : Hovergen pour la totalité des gènes de vertebrés, Homolens pour les génomes complets animaux de Ensembl, Hogenom pour tous les génomes complets( bactéries, archéées et eukaryotes)
  - +Hovergen -Hovergen
    
    Familles de gènes homologues de vertébrés
    
    Cette banque contient les familles de gènes homologues de vertébrés. Hovergen est constriote à partir de toutes les séquences de vertebrés de Uniprot et des séquences EMBL associées. Pour plus d’informations, voir la page sur Hovergen
  - +Homolens -Homolens
    
    Familles de gènes homologues dans les génomes complets animaux
    
    Cette banque contient les familles de gènes homologues chez tous les organismes dont le génome séquencé est proposé par Ensembl. Homolens comprend donc les génomes animaux connus (mammifères, poissons, insectes, etc.) Pour plus d’informations, voir la page sur Homolens
  - +Hogenom & Phyl-ARIANE -Hogenom & Phyl-ARIANE
    
    Familles de gènes homologues chez tous les génomes complets
    (bactéries, archées, eukaryotes)
    
    Cette banque contient les familles de gènes homologues chez tous les organismes dont le génome est entièrement séquencé. Hogenom comprend des génomes de bactéries, d’archées et de différents eukaryotes. Pour plus d’informations, sur HOGENOM voir la page sur Hogenom. Le dévelopement actuel de HOGENOM s’inscrit dans le cadre du projet ANR Phyl-ARIANE
  - +Évolution des interactions virus/hôte.
    
    Developement d’une base de données dédiée à l’évolution des virus:PhEVER.
    
    PhEVER (PHylogenetic Exploration of Viruses’ Evolutionary Relationships) s’intéresse a l’évolution des virus et de leurs hotes dans le cadre du projet Interaubio. Url : http://pbil.univ-lyon1.fr/databases...
- Biostatistiques
  Dévelopement et maintenance de packages R
  - +Développement et maintenance de SeqinR
    
    Seqinr R est un package R dédié à l’analyse de séquences biologiques
    
    SeqinR permet de retrouver des séquences dans différentes bases de données biologiques et de les analyser en profitant de la richesse des outils statistiques proposés par le logiciel R. Seqinr a été initialement developpé par Delphine Charif et Jean Lobry. Je m’occupe actuellement de la maintenance et du développement du package avec Jean Lobry. Visiter le site web de seqinr
  - +Site d’enseignements de statistiques en biologie
    
    Mise en place et maintenance du site d’enseignements de statistiques en biologie. Le contenu et la structure du site sont intégralement dynamiques et générés/modifiés à la demande par les enseignants via un dépot cvs et une interface web.
    
    Une maintenance automatique de tous les codes R contenus dans les fiches (traitement par Sweave de code mixte latex/R) est éffectuée sur une base journalière.
  - +Aide maintenance ADE4 -Aide maintenance ADE4
    
    ade4 est un package R destiné à la manipulation des données
    écologiques et environnementales
    
    ADE4 est un programe développé au laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive. Il contient des fonctions d’Analyse de Données destinée d’abord à la manipulation des données Écologiques et Environnementales avec des procédures Exploratoires d’essence Euclidienne, d’où la dénomination ade4. Depuis 2002, ade4 est un package du logiciel R. Je suis responsable de la maintenance du package et du site web de ADE4. Site web ade4
- Calcul intensif - Clusters- Grilles de calcul-Cloud
  - +Calculs parallèles au Centre de Calcul de l’IN2P3
    
    Je suis responsables (« czar ») des espaces de stockages et de l’administration des tâches pour le lLBBE au centre de calcul de l’Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules (CCIN2P3) dans le cadre de l’utilisation de calculs intensifs en bioinformatique. Je sers d’interlocuteur entre le CCIN2P3 et LBBE pour l’utilisation massivement parallèle des méthodes bioinformatiques.
  - +Grilles de Calcul TIDRA et GRISBI -Grilles de Calcul TIDRA et GRISBI
    
    Je participe en tant qu’utilisateur au dévelopement de l’infrastructure TIDRA (Traitement de données et Informatique Distribuée en Rhône-Alpes ) notament en utilisant pour la construction des bases de données de type HOGENOM une grille de 7000 coeurs et le systême de stockage distribué iRODS.
    
    J’utilise aussi pour ces calculs la grille nationale de l’infrastructure RENABI "GRISBI" dédiée à la bioinformatique et je participe régulièrement aux écoles GRISBI.