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Guy Perrière
Directeur de recherche - CNRS
courriel :
tél : +33 (0)4 72 44 62 96
UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1  - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
Bâtiment : Mendel 2ème étage Bureau : 213

Ma thématique de recherche consiste en l’étude de la structure et de l’évolution des génomes procaryotes (bactéries et archées). Plus précisément, je me suis orienté depuis 1999 vers la détection et l’analyse des transferts horizontaux de gènes chez ces organismes. Afin de pouvoir étudier ces phénomènes, j’ai effectué un certain nombre de développements informatiques. Ces développements ont consisté en la construction de bases de données et en la mise en place de logiciels et de méthodes statistiques dont la portée dépasse le cadre de cette seule problématique. En effet, ces outils – par le biais de collaborations avec de nombreux groupes, aussi bien français qu’étrangers – ont permis d’obtenir des résultats dans des domaines aussi divers que l’identification d’espèces bactériennes, la prédiction de la localisation subcellulaire des protéines ou l’étude de données d’expression de cancers.

Les résultats biologiques les plus marquants que j’ai obtenus au cours de ces deux dernières années sont tous relatifs aux transferts de gènes observés dans différents groupes taxonomiques bactériens :

- Les bactéries hyperthermophiles.
- Les bactéries fixatrices d’azote atmosphérique.
- Une bactérie pathogène des plantes : Ralstonia solanacearum.

Dans tous les cas, l’approche choisie pour étudier ces transferts était celle de la phylogénie moléculaire. Cette approche a été préférée à celle, plus communément utilisée, des mesures intrinsèques d’usage du code ou des oligonucléotides. Une des conséquences de l’utilisation d’une approche phylogénétique a été la nécessité de disposer de moyens de calculs importants, d’ou le recours systématique à l’utilisation de la ferme du Centre de Calcul de l’IN2P3 (CC-IN2P3) à Lyon, ferme comprenant plusieurs milliers de processeurs.

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