[2005-02-01 --> 2009-05-30]
Emmanuel Prestat
doctorant - UCBL
courriel : 
tél. : +33 (0)4 72 43 12 84
fax : +33 (0)4 72 43 13 88
UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
Bâtiment : Mendel (711) - 1er étage Bureau : 55
Je suis actuellement en thèse dans l’équipe baobab, sous la direction de
Christian Gautier.
- Projet de thèse
+Modélisation par réseaux stochastiques de l’expression des gènes : application à la pharmacogénomique
-Modélisation par réseaux stochastiques de l’expression des gènes : application à la pharmacogénomique
Résumé
Dans les différents journaux de bioinformatique, le nombre de publications consacrées à l’analyse des données issues des puces à ADN est de l’ordre d’un article par semaine. Cette profusion marque clairement la difficulté du problème et l’absence actuelle de solution « canonique ». Il est question dans cette thèse de travailler sur la modélisation de ce type de données, tout en intégrant des données d’autres origines pour répondre à des questions biologiques précises, par exemple dans le champ de la pharmacogénomique. Ce domaine récent de la pharmacologie a pour but de proposer le meilleur traitement pharmaceutique possible, en fonction d’informations sur le génome de l’individu (indirectement par le transcriptome pour l’instant, pour des raisons de méthodes expérimentales). Quant aux modèles, seront privilégiés ceux de nature stochastique qui permettront d’introduire dans l’analyse des connaissances souvent incomplètes concernant les traitements, voire le métabolisme cellulaire. Il s’agit plus globalement dans ce projet d’aborder les problèmes des relations entre génotype des individus et efficacité des traitements. Il se trouve donc à l’interface entre une recherche appliquée en pharmacogénomique, une recherche fondamentale dans le cadre général des interactions entre génome, phénotype et environnement et enfin une recherche méthodologique concernant l’apport des méthodes probabilistes à l’analyse de l’expression des gènes. La thèse requiert dans un premier temps un effort conséquent sur la représentation des connaissances pour construire un environnement informatique permettant de gérer efficacement des données complexes. Suite à cela, le travail sera focalisé sur un développement méthodologique, dans le but de créer de nouveaux modèles qui s’appuieront sur les réseaux stochastiques.
- Communications
+Séminaire
-Séminaire
19 avril 2005 Système
d’informations pour l’exploitation de données de biopuces
(Lyon, France).
- Organisation de conférences
- Enseignements
+2008
-2008
Introduction à la bioinformatique et à l’analyse du transcriptome : INSA-Lyon 5ème année (22 h).
+2007
-2007
- biostatistiques,
Licence 2 (TD) ;
- bioinformatique,
Licence 2 (TP) ;
- xHTML et CSS,
Licence 2 (CM).
+2006
-2006
- un panorama
des puces à ADN et exemples d’utilisation,
Master 2 pro (CM) ;
- biostatistiques,
Licence 2 (TD) ;
- bioinformatique,
Licence 2 (TP).
+CV
-CV
Pour télécharger mon CV, en Français :
- CV EP 2008
