Tannier Eric -UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

Eric Tannier

Chargé de recherche - INRIA

courriel :

tél. : +33 (0)4 26 23 44 74

fax : +33 (0)4 72 43 13 88

UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1  - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Equipe Bioinformatique et Génomique Evolutive

Bâtiment : Mendel (711) - 2ème étage Bureau : 7

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Modèles d’évolution structurale des génomes

Un remaniement ou réarrangement est une mutation d’un génome qui modifie son organisation, sa structure : par exemple, un segment d’ADN peut être dupliqué, inversé, supprimé, déplacé. Bien que ces mutations aient été les premières à être observées sur des chromosomes, leur origine, leurs conséquences sur l’évolution restent mal connues. Un modèle d’évolution de l’organisation des génomes reste à construire.

Paléogénomique : reconstruction de génomes ancestraux

Étant donnée l’organisation de génomes séquencés et assemblés actuels, il s’agit de repérer les remaniements qui les ont séparés au cours de l’évolution, et ainsi de proposer des reconstitutions des génomes des ancêtres communs aux espèces actuelles. Aucune molécule d’ADN n’étant conservée au-delà de quelques centaines de milliers d’années, ces chromosomes du passé ne sont accessibles que par des prédictions calculatoires, et leur qualité dépend de la méthodologie.

Génomique Comparée et Phylogénie

Intégrer les mutations de la structure des génomes aux modèles d’évolution moléculaire. Contruire des mod&eagrave;les pour la phylogénie en tenant compte des informations diverses (séquence, gains et pertes de gènes, tranferts, duplications, remaniements), depuis les mutations d’un nucléotide jusqu’aux événements affectant des génomes complets,

Combinatoire des réarrangements génomiques

La combinatoire de l’évolution chromosomique a donné naissance à un champ nouveau et prolifique de l’optimisation combinatoire, souvent devenu indépendant des contraintes de l’évolution moléculaire, qui reste cependant son principal champ d’application. Il s’agit de transformer une permutation (ou d’autres objets selon les variantes) en une autre, selon certaines contraintes.