UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

Nous avons été récemment confrontés au fait que le génome humain ne possède que très peu de gènes, à peine plus que la mouche du vinaigre. Mais ce qui nous a encore davantage étonnés est que la majorité de notre matériel génomique peut être assimilé à une déchetterie. Comment peut-on concevoir autant d’énergie perdue dans le maintien de ce système ? Peut-être que toute cette « poubelle génomique » contribue, par différents moyens, à l’évolution des génomes et donc des espèces et des populations ? Parmi l’ADN non génique on trouve les éléments transposables, historiquement appelés gènes sauteurs. Ce sont des séquences d’ADN qui ont la capacité de se déplacer dans le génome et qui représentent une fraction importante des génomes de tous les organismes eucaryotes. Leur mise en évidence date des années 50, par Barbara McClintock (prix nobel en 83), mais nous avons mis plus de la moitié du siècle pour comprendre leurs effets. On sait maintenant qu’ils ont un rôle important, voire fondamental, dans la régulation des gènes et le maintien de la structure de la chromatine (ensemble ADN plus protéines). De plus, de par leur capacité de déplacement, ils peuvent induire des mutations qui auront un impact évolutif, contribuant à la diversité des génomes et donc à leur évolution. Les avancées dans la compréhension des mécanismes de régulation de ces éléments seront essentielles pour tester l’impact de l’environnement sur l’expression du génome des individus et donc sur leurs phénotypes particuliers. Mon travail de recherche se situe dans la recherche des effets des éléments transposables sur l’évolution du génome des espèces, en me focalisant sur les aspects de génétique des populations.

• Curriculum
  • +Formation -Formation

    Depuis octobre 2009 – Membre Junior de l’Institut Universitaire de France

    Depuis septembre 2008 – Directeur de l’équipe Eléments Transposables, Evolution, Population

    2003 – Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 28 mai 2003. Université Lyon1.

    Depuis sept. 1999 – Maître de Conférences à l’Université Lyon1 UMR 5558

    1999 – A.T.E.R. Université Lyon1 – UMR 5558

    1998 - Stage post-doctoral dans l’UMR CNRS 5558, Université Lyon1

    1997 - Stage post-doctoral au "Department of Genetics, University of Georgia", Georgia, USA et au "Department of Genetics, North Carolina State University", Raleigh, USA

    1996 - Thèse de doctorat soutenue le 22 novembre 1996. Université Lyon1.

    1992 – Maîtrise Biologie – Faculté des Sciences de l’Université de Libonne.

  • +Programmes -Programmes

    2009-2013 – Programme ANR Blanc GeneMobile – Régulation des éléments transposables dans les populations naturelles - Coordinateur – C. Vieira

    2009-2012 - Programme ANR ADAPTANTHROP – Coordinateur M. Harry

    2008 – Projet CIBLE 2008 – Région Rhône Alpes - Epigénétique de populations – étude préliminaires de la régulation des ET par les rasiRNA. Allocation de Recherche (3 ans) - Coordinateur – C. Vieira

    2008 – Projet FINOVI – RTRA - Endogenization of Drosophila retroviruses : a cellular and populational approach - Coordinateur – C. Terzian

    2008 – Projet FAPESP-CNRS – L’élément helena chez la Drosophile (C. Vieira)

    2007 – Projet MIRA – Aide à la mobilité de Région Rhône-Alpes pour le programme de thèse en cotutelle avec le Brésil.

• Projets en cours
  • +Epigénétique et éléments transposables -Epigénétique et éléments transposables

    Comment identifier de la variabilité au niveau du contrôle épigénétique des ET ? Quel système nous permet d’observer une différence dans le phénotype « charge en éléments transposables » ? Nous avons la chance d’avoir un système idéal : la drosophile. D’une part, le génome de D. melanogaster est entièrement séquencé et bien annoté, ce qui se rajoute à l’ensemble des connaissances acquises au cours de décennies en génétique de la drosophile. D’autre part, le travail réalisé depuis 10 ans a pu montrer une variabilité entre populations dans la charge en ET chez D. simulans. Par exemple, nous disposons de populations naturelles qui ne possèdent des copies d’ET que dans un contexte chromatinien fermé, donc théoriquement non transcrits, et d’autres qui vont avoir des copies du même élément situées dans un contexte chromatinien ouvert et accessible à la transcription. Est-ce que l’on peut identifier une variabilité du contrôle épigénétique dépendant de l’élément et de la population ? Peut-on associer l’épigénétique aux vagues d’invasions par des éléments transposables observées dans les génomes ? Est-ce que l’on a une compartimentalisation du génome orchestrée par les séquences répétées, l’épigenèse et les paramètres populationnels ? Ce domaine de recherche est nouveau et ne conduira peut-être pas aux réponses escomptées. Je pense qu’il faut aller plus loin dans l’étude de la variabilité des mécanismes épigénétiques, et que l’on pourra ainsi avancer dans la compréhension des interactions génotype et environnement.

  • +Mobilisation d’éléments transposables chez les hybrides -Mobilisation d’éléments transposables chez les hybrides

  • +Eléments transposable et le génome des espèces invasives -Eléments transposable et le génome des espèces invasives

+Publications -Publications