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le jeudi 15 novembre à 11:00

Catherine Matias (labo statistique et genome de l’universite d’Evry)

Salle du 5ème étage, Bâtiment Mendel

par Vincent Daubin - 15 novembre 2012

Alignement statistique de séquences et évolution dépendant du contexte.

(travail en collaboration avec A. Arribas-Gil, Univ. Carlos III, Madrid)
Dans cet exposé, je parlerai tout d’abord de l’alignement
statistique de 2 séquences, qui permet d’aligner ces séquences sans
choisir a priori les paramètres de l’alignement. Ces paramètres sont
en fait déterminés par maximum de vraisemblance, dans un modèle
d’évolution de ces deux séquences. Dans un second temps, je montrerai
commen on peut modifier l’algorithme d’alignement statistique pour
prendre en compte la non indépendance dans l’évolution des sites de la
séquence. J’illustre ces résultats sur une paire de séquences "jouet"
(alpha-globine humaine HBA1 et pseudo-gène HBPA1).