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Glossaire

par Etienne Rajon - 5 mars 2014

Architecture génétique : ensemble des structures génétiques qui contribuent à un trait phénotypique et à ses propriétés variationnelles. Ses composants incluent le nombre de loci contribuant au trait, les patrons de recombinaison entre ces loci et les patrons de pléiotropie, de dominance et d’épistasie.
Référence utile :
- T.F. Hansen (2006) The evolution of genetic architecture. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst., 37:123–157

Architecture génomique : ensemble des structures caractéristiques du génome (distincte en ce sens de l’architecture génétique, caractéristique d’un trait particulier).

Epistasie : Interaction entre loci. En l’absence d’épistasie, une mutation à un locus conserve son effet quelle que soit la séquence à un autre locus – cet effet peut être additif ou multiplicatif, concerner un trait ou la fitness, etc. L’épistasie est détectée comme une déviation par rapport à ce modèle ; une épistasie positive (négative) correspond à une augmentation (diminution) de la fitness ou du phénotype par rapport à l’indépendance. On distingue les trois types d’épistasie suivants : fonctionnelle, visible et cachée.
Référence utile :
- P. C. Phillips (2008) Epistasis — the essential role of gene interactions in the structure and evolution of genetic systems. Nat. Rev. Genet., 9(11):855–867

  • Epistasie fonctionnelle : interdépendance fonctionnelle entre deux loci. Elle peut être directe — e.g. lorsque deux protéines interagissent — ou indirecte e.g. lorsque deux gènes font partie d’un même réseau de régulation, sans interagir directement.
  • Epistasie visible : interactions entre des loci dont plusieurs allèles sont présents dans une population. Ces interactions sont donc observables directement parmi les individus de cette population.
  • Epistasie cachée : Interaction entre des loci dont au moins un est à l’état monoallélique. Ces interaction ne sont donc pas détectables sans l’occurrence de nouvelles mutations.

Pléiotropie : propriété d’un locus (ou d’une mutation) affectant plusieurs traits i.e. plusieurs dimensions dans l’espace des phénotypes. On parle de pléiotropie restreinte lorsque peu de traits sont affectés par un même déterminant génétique, la pléiotropie universelle désignant l’idée qu’un locus donné peut affecter l’ensemble des traits d’un organisme.

Trait polygénique : décrit un trait affecté par plusieurs (de nombreux) loci. C’est la réciproque de la relation précédente, la pléiotropie désignant le nombre de traits par locus et la polygénie (polygénicité ?) le nombre de loci par trait.

Module : partie d’un réseau dans laquelle les noeuds ont plus de connections entre eux qu’avec les autres noeuds du réseau. Dans le cadre du groupe de travail, les noeuds sont le plus souvent des gènes et/ou des traits, et les connections des mutations ou des relations de dépendance.

Modularité : propriété d’un réseau structuré en modules. C’est une propriété quantitative qui décrit l’indépendance entre les modules.
Dans la transition génotype-phénotype, on peut construire des réseaux décrivant les relations entre gènes et traits. Dans ces réseaux, la modularité décrit l’organisation en modules plus ou moins indépendants, chacun formé d’un groupe de loci contribuant préférentiellement à un groupe de traits.
Références utiles :
- G. Schlosser and G. P. Wagner, eds (2004) Modularity in development and evolution. University of Chicago Press
- G. P. Wagner and J. Zhang (2011) The pleiotropic structure of the genotype-phenotype map : the evolvability of complex organisms. Nat. Rev. Genet., 12(3):204–13

Robustesse : un système biologique est robuste s’il continue de fonctionner après avoir été perturbé. Ces perturbations peuvent être génétiques (mutations, recombinaison) ou environnementales.
Références utiles :
- D. C. Krakauer and J. B. Plotkin (2002) Redundancy, antiredundancy, and the robustness of genomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99(3):1405–1409
- A. Wagner. Robustness and evolvability in living systems (2005) Princeton University Press Princeton, NJ
- J. Masel and M. Siegal (2009) Robustness : mechanisms and consequences. Trends in Genetics, 25(9):395–403

Canalisation : processus assurant la stabilité du phénotype, au cours du développement, face à des variations internes ou externes. Canalisation et robustesse sont souvent considérés comme synonymes (cf. Wagner, 2005, p. 1), bien que le terme "canalisation" décrive le processus conduisant à la robustesse.

Evolvabilité : capacité d’un organisme à générer des variants héritables qui auraient un potentiel adaptatif si l’environnement venait à changer.
Références utiles :
- G. P. Wagner and L. Altenberg (1996) Complex adaptations and the evolution of evolvability. Evolution, 50:967–976
- M. Pigliucci (2008) Is evolvability evolvable ? Nat. Rev. Genet., 9:75–82

Héritabilité : part de la ressemblance phénotypique due à l’apparentement. La variation héritable peut être :
- silencieuse : sans conséquences sur le phénotype ni sur la fitness
- neutre : sans conséquences sur la fitness, mais pas nécessairement silencieuse
- sous sélection : avec des conséquences sur le phénotype et sur la fitness
Références utiles :
- R. Bonduriansky and T. Day (2009) Nongenetic inheritance and its evolutionary implications. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst., 40:103–125
- E. Danchin (2013) Avatars of information : towards an inclusive evolutionary synthesis. Trends Ecol. Evol., 28(6):351–358

  • Héritabilité génétique : part de la variation phénotypique expliquée par la variation génétique
  • Héritabilité non génétique : part de la variation phénotypique due à l’apparentement mais non expliquée par la variation génétique

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