Groupe de Travail en Génomique Comparative





Réunion fondatrice : ALPHY/GTGC, à Lyon, les 23 et 24 janvier 2006
Appel à communications GTGC
Appel à communications joint ALPHY/GTGC
Information sur le lieu de la réunion
Programme
Supports des Présentations des contributeurs
Plus d'informations sur le groupe

Appel à communications GTGC

Le nombre croissant d'organismes complètement séquencés (incluant des mammifères et autres vertébrés, des invertébrés, des plantes, des bactéries et des virus) ouvre de nouvelles perspectives pour les approches de génomique comparative. Cette thématique prometteuse reste néanmoins limitée par la capacité des méthodes à traiter un tel volume de données.
Le groupe de travail GTGC a été formé très récemment. Il a pour but de créer un espace de rencontre pour les chercheurs francophones s'intéressant à la génomique comparative. En espérant que cette première réunion soit l'occasion de réunir une large communauté, nous proposons une liste non exhaustive de thèmes pour les présentations :

* Étude de l'évolution des génomes
* Recherche de pathogénicité
* Réarrangements génomiques
* Cartographie
* Comparaison de génomes
* ...


Appel à communications ALPHY/GTGC

Voici un appel à communication pour la réunion conjointe de 2 groupes de travail : ALPHY et GTGC.

Comme tous les ans, une réunion nationale sur les thèmes Bioinformatique, Alignement et Phylogénie (ALPHY) aura lieu en 2006. Cela se passera les 23 et 24 janvier à Lyon. Cette réunion a notamment pour objectif de faire s'exprimer les doctorants, post-doctorants et jeunes chercheurs de notre communauté.

Une nouveauté cette année: la réunion se couplera avec celle du groupe de travail "Génomique comparative", animé par Éric Tannier et Sèverine Bérard, qui co-organisent la réunion. L'objectif est de revitaliser ALPHY en l'ouvrant sur des équipes exploitant les données de la génomique à grande échelle, tout en favorisant la mise en place du groupe GTGC naissant (voir ci-dessous l'appel à proposition spécifique). Nous partons sur l'idée d'une journée ALPHY et une journée GTGC, à ajuster selon le volume des soumissions.

La date limite de soumission est le 20 décembre 2005. Nous sommes désolés de l'étroitesse du délai, en partie due aux complications de l'organisation bipartite. Ceci dit, un titre et un résumé très courts sont suffisants. Priorité sera donnée, en cas d'un nombre excessif de soumissions, aux jeunes chercheurs et aux personnes qui ne se sont pas exprimées en 2005. Pour soumettre, envoyez titre et résumé par e-mail à agc06@toulouse.inra.fr.

Enfin, dernier détail: ALPHY ne pourra malheureusement pas financer les missions des participants en 2006.

Venez nombreux malgré tout!

Les organisateurs:
Nicolas Galtier
Guy Perrière
Éric Tannier
Sèverine Bérard


Lieu de la réunion

La réunion aura lieu dans l'amphithéâtre du CNRS, sur le campus de la Doua, Villeurbanne.

Voici la situation du campus de la Doua

Et sur le campus, l'amphithéâtre du CNRS est en bas droite sur ce plan.

Pour y accéder:
par l'avion ou par le train
- Arrivée à l'aéroport Lyon Saint-Exupéry.
Prendre le bus qui assure la navette entre l'aéroport et la gare de la Part-Dieu (toutes les 20 mn)

- Arrivée gare de Lyon Part-Dieu
Prendre le tramway (T1) direction IUT-Feyssine.
Descendre à l'arrêt : "Doua Gaston Berger"

- Arrivée gare de Lyon Perrache
Prendre le tramway (T1) direction IUT-Feyssine.
Descendre à l'arrêt : "Doua Gaston Berger"

Plus d'infos sur le site de l'université Lyon 1


Programme provisoire

Lundi 23 janvier 2006

09h30 - 10h15 Accueil - café
10h15 - 10h30 Présentation des journées
10h30 - 11h15 Exposé invité : Laurent DURET" Homology-dependent methylation of repetitive DNA in mammals: what can we learn from comparative genomics? "
11h15 - 11h35 Loic PONGER" Réparation de l'ADN: les réponses à la méthylation des génomes!! "
11h35 - 12h00 Pause
12h00 - 12h20 Patrick DURAND" Pygram : une nouvelle méthode de visualisation des séquences répétées dans les génomes "
12h20 - 12h40 Meriem EL KAROUI" Détermination de la structure squelette/boucles des génomes bacteriens et application à la prédiction de motifs impliqués dans la réparation de l'ADN "
12h40 - 13h00 Frédéric LEMOINE" Analyse du contexte génétique chez les procaryotes "
13h00 - 14h30 Repas
14h30 - 14h50 Anthony LABARRE" Nouveaux résultats sur le tri par transpositions "
14h50 - 15h10 Guillaume FERTIN" Comparer deux Génomes contenant des Gènes Dupliqués est Algorithmiquement Difficile "
15h10 - 15h40 Pause
15h40 - 16h00 Virginie LOPEZ RASCOL" Devenir des régions chromosomiques après duplication "
16h00 - 16h20 Simona GRUSEA" Recherche de synténies conservées. Modèle mathématique et test statistique "
16h20 - 16h30 Pause
16h30 - 17h30 Discussion GTGC et Infobiogen

Mardi 24 janvier 2006

9h15 - 10h00 Exposé invité : Céline BROCHIER
10h00 - 10h20 Pause
10h20 - 10h40 Marc ROBINSON-RECHAVI" Genomique structurale comparative et evolution des proteines "
10h40 - 11h00Olivier BASTIEN" Le théorème TULIP et l'espace de configuration des protéines homologues "
11h00 - 11h20Julein DUTHEIL" Détecter la coévolution au niveau des sites: le cas des protéines "
11h20 - 11h40 Pause
11h40 - 12h00Vincent BERRY" Construction de superarbre tenant compte de taxa aux noeuds internes (noms de groupes, de genres, etc) "
12h00 - 12h20Sylvain GUILLEMOT"Quelques résultats sur le minimum d'évolution"
12h20 - 12h40Laure VESCOVO" Calcul de la structure de guidage : une étape critique pour la précision des algorithmes d'alignement multiple progressif de séquences "
12h45 - 14h15 Repas
14h15 - 14h35Nicolas LARTILLOT" Modèles d'évolution des protéines prenant en compte la structure tri-dimensionnelle "
14h35 - 14h55Samuel BLANQUART" Reconstruction phylogénétique par analyse Bayésienne d'un modèle non-stationnaire d'évolution des séquences biologiques "
14h55 - 15h15Richard CHRISTEN" Une "nouvelle loi" pour la génomique ? "
15h15 - 15h30 Pause
15h30 - 16h15 Exposé invité : Patrick FORTERRE

Supports des présentations des contributeurs

AnthonyLabarre.pdf
CelineBrochier.ppt
FredericLemoine.pdf
GuillaumeFertin.pdf
IntroductionGuy.ppt
IntroductionSeverine.pdf
JulienDutheil.pdf
LaureVescovo.ppt
LaurentDuret.ppt
LoicPonger.pdf
MarcRobinson.ppt
MeriemElKaroui.pdf
NicolasLartillot.pdf
OlivierBastien.pdf
PatrickDurand.pdf
RichardChristen.ppt
SamuelBlanquart.pdf
SimonaGrusea.pdf
SylvainGuillemot.pdf
VincentBerry.pdf
VirginieLopez.ppt

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