Réunion fondatrice : ALPHY/GTGC, à Lyon, les 23 et 24 janvier 2006
Le nombre croissant d'organismes complètement séquencés (incluant
des mammifères et autres vertébrés, des invertébrés, des plantes,
des bactéries et des virus) ouvre de nouvelles perspectives pour
les approches de génomique comparative. Cette thématique prometteuse
reste néanmoins limitée par la capacité des méthodes à traiter un
tel volume de données.
Le groupe de travail GTGC a été formé très récemment. Il a pour but
de créer un espace de rencontre pour les chercheurs francophones
s'intéressant à la génomique comparative. En espérant que cette première
réunion soit l'occasion de réunir une large communauté, nous proposons
une liste non exhaustive de thèmes pour les présentations :
* Étude de l'évolution des génomes
* Recherche de pathogénicité
* Réarrangements génomiques
* Cartographie
* Comparaison de génomes
* ...
Appel à communications ALPHY/GTGC
Voici un appel à communication pour la réunion conjointe de 2 groupes de travail : ALPHY et GTGC.
Comme tous les ans, une réunion nationale sur les thèmes Bioinformatique, Alignement et Phylogénie (ALPHY) aura lieu en 2006. Cela se passera les 23 et 24 janvier à Lyon. Cette réunion a notamment pour objectif de faire s'exprimer les doctorants, post-doctorants et jeunes chercheurs de notre communauté.
Une nouveauté cette année: la réunion se couplera avec celle du groupe de travail "Génomique comparative", animé par Éric Tannier et Sèverine Bérard, qui co-organisent la réunion. L'objectif est de revitaliser ALPHY en l'ouvrant sur des équipes exploitant les données de la génomique à grande échelle, tout en favorisant la mise en place du groupe GTGC naissant (voir ci-dessous l'appel à proposition spécifique). Nous partons sur l'idée d'une journée ALPHY et une journée GTGC, à ajuster selon le volume des soumissions.
La date limite de soumission est le 20 décembre 2005. Nous sommes désolés de l'étroitesse du délai, en partie due aux complications de l'organisation bipartite. Ceci dit, un titre et un résumé très courts sont suffisants. Priorité sera donnée, en cas d'un nombre excessif de soumissions, aux jeunes chercheurs et aux personnes qui ne se sont pas exprimées en 2005. Pour soumettre, envoyez titre et résumé par e-mail à agc06@toulouse.inra.fr.
Enfin, dernier détail: ALPHY ne pourra malheureusement pas financer les missions des participants en 2006.
Venez nombreux malgré tout!
Les organisateurs:
Nicolas Galtier
Guy Perrière
Éric Tannier
Sèverine Bérard
La réunion aura lieu dans l'amphithéâtre du CNRS, sur le campus de la Doua, Villeurbanne.
Voici la situation du campus de la Doua
Et sur le campus, l'amphithéâtre du CNRS est en bas droite sur ce plan.
Pour y accéder:
par l'avion ou par le train
- Arrivée à l'aéroport Lyon Saint-Exupéry.
Prendre le bus qui assure la navette entre l'aéroport et la gare de la Part-Dieu (toutes les 20 mn)
- Arrivée gare de Lyon Part-Dieu
Prendre le tramway (T1) direction IUT-Feyssine.
Descendre à l'arrêt : "Doua Gaston Berger"
- Arrivée gare de Lyon Perrache
Prendre le tramway (T1) direction IUT-Feyssine.
Descendre à l'arrêt : "Doua Gaston Berger"
Plus d'infos sur le site de l'université Lyon 1
| 09h30 - 10h15 | Accueil - café | |
| 10h15 - 10h30 | Présentation des journées | |
| 10h30 - 11h15 | Exposé invité : Laurent DURET | " Homology-dependent methylation of repetitive DNA in mammals: what can we learn from comparative genomics? " |
| 11h15 - 11h35 | Loic PONGER | " Réparation de l'ADN: les réponses à la méthylation des génomes!! " |
| 11h35 - 12h00 | Pause | |
| 12h00 - 12h20 | Patrick DURAND | " Pygram : une nouvelle méthode de visualisation des séquences répétées dans les génomes " |
| 12h20 - 12h40 | Meriem EL KAROUI | " Détermination de la structure squelette/boucles des génomes bacteriens et application à la prédiction de motifs impliqués dans la réparation de l'ADN " |
| 12h40 - 13h00 | Frédéric LEMOINE | " Analyse du contexte génétique chez les procaryotes " |
| 13h00 - 14h30 | Repas | |
| 14h30 - 14h50 | Anthony LABARRE | " Nouveaux résultats sur le tri par transpositions " |
| 14h50 - 15h10 | Guillaume FERTIN | " Comparer deux Génomes contenant des Gènes Dupliqués est Algorithmiquement Difficile " |
| 15h10 - 15h40 | Pause | |
| 15h40 - 16h00 | Virginie LOPEZ RASCOL | " Devenir des régions chromosomiques après duplication " |
| 16h00 - 16h20 | Simona GRUSEA | " Recherche de synténies conservées. Modèle mathématique et test statistique " |
| 16h20 - 16h30 | Pause | |
| 16h30 - 17h30 | Discussion GTGC et Infobiogen | |
| 9h15 - 10h00 | Exposé invité : Céline BROCHIER | |
| 10h00 - 10h20 | Pause | |
| 10h20 - 10h40 | Marc ROBINSON-RECHAVI | " Genomique structurale comparative et evolution des proteines " |
| 10h40 - 11h00 | Olivier BASTIEN | " Le théorème TULIP et l'espace de configuration des protéines homologues " |
| 11h00 - 11h20 | Julein DUTHEIL | " Détecter la coévolution au niveau des sites: le cas des protéines " |
| 11h20 - 11h40 | Pause | |
| 11h40 - 12h00 | Vincent BERRY | " Construction de superarbre tenant compte de taxa aux noeuds internes (noms de groupes, de genres, etc) " |
| 12h00 - 12h20 | Sylvain GUILLEMOT | "Quelques résultats sur le minimum d'évolution" |
| 12h20 - 12h40 | Laure VESCOVO | " Calcul de la structure de guidage : une étape critique pour la précision des algorithmes d'alignement multiple progressif de séquences " |
| 12h45 - 14h15 | Repas | |
| 14h15 - 14h35 | Nicolas LARTILLOT | " Modèles d'évolution des protéines prenant en compte la structure tri-dimensionnelle " |
| 14h35 - 14h55 | Samuel BLANQUART | " Reconstruction phylogénétique par analyse Bayésienne d'un modèle non-stationnaire d'évolution des séquences biologiques " |
| 14h55 - 15h15 | Richard CHRISTEN | " Une "nouvelle loi" pour la génomique ? " |
| 15h15 - 15h30 | Pause | |
| 15h30 - 16h15 | Exposé invité : Patrick FORTERRE | |
Supports des présentations des contributeurs
AnthonyLabarre.pdfPour plus d'informations sur le groupe GTGC, ou vous abonner à la liste de diffusion du groupe : cliquez ici
