Groupe de Travail en Génomique Comparative





Deuxième réunion : GTGC, à Nantes, les 12 et 13 octobre 2006
Appel à communications GTGC
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Programme
Supports des Présentations des contributeurs
Plus d'informations sur le groupe

Appel à communications GTGC

Appel à communications pour la 2e réunion du Groupe de Travail en Génomique Comparative (GTGC) qui se tiendra les 12 et 13 octobre 2006 au LINA (Faculté des Sciences et Techniques de l'Université de Nantes).

Le groupe de travail GTGC a été formé récemment. Il a pour but de créer un espace de rencontre pour les chercheurs francophones s'intéressant à la génomique comparative. La première réunion a eu lieu en janvier 2006 à Lyon, couplée à la réunion annuelle du groupe Alphy.

Nous voudrions pour cette seconde édition, et afin que le public, biologistes, informaticiens, bioinformaticiens, et autres, soit le plus large possible, donner un caractère pédagogique à la plupart des exposés. Nous voudrions que tous les exposés soient intégralement compréhensibles par la communauté réunie, et nous encouragerons donc les approches didactiques.

Nous proposons une liste non exhaustive de thèmes pour les présentations :

* Evolution des génomes
* Recherche de pathogénicité
* Réarrangements génomiques
* Cartographie
* ...

La date limite de soumission est fixée au 15 septembre 2006. Pour soumettre, envoyer un titre et un résumé par email à gtgc@biomserv.univ-lyon1.fr

Nous envisageons quelques exposés invités de 45 minutes environ, les auteurs des soumissions acceptées bénéficieront d'une plage de 20 minutes pour présenter leurs travaux.

En espérant vous voir nombre à cette deuxième édition,

Les organisateurs.
Guillaume Fertin
Éric Tannier
Sèverine Bérard

Lieu de la réunion

Les Journées GTGC auront lieu dans la salle 3 du LINA (RdC), (Faculté des Sciences et Techniques de l'Université de Nantes)

Accès au LINA depuis la Gare SNCF:
Sortir de la gare côté Nord, prendre la ligne de tramway numéro 1 en direction de "Francois Mitterrand" jusqu'à Commerce (3 stations), puis changer pour la ligne de tramway numéro 2 en direction de "Orvault-Grand Val" et descendre à la station Michelet, Faculté des Sciences (~10 mn).

Site de la TAN (Transports de l'Agglomération Nantaise)
http://www.tan.fr/

Plan du campus
http://lina.atlanstic.net/fr/lina/acces/unantes/index.html

Pour vous faciliter le logement sur place, voici une liste d'h&circo;tels publiée sur le site d'une conférence récente :

http://www.sciences.univ-nantes.fr/lina/cal2006/index.php?goto=9

Et le site de l'office du tourisme, egalement utile pour trouver des logements :

http://www.nantes-tourisme.com/48839141/0/fiche___pagelibre/&RH=&RF=HEB

Programme

Jeudi 12 octobre
10h00 - 10h10 Mot d'accueil et détails pratiques
10h10 - 10h35 Thomas Derrien AutoGRAPH, un serveur pour automatiser et visualiser la comparaison de génomes : application à l'identification de nouveaux gènes chez le chien.
10h35 - 11h00 Claire Guillet Détection exhaustive de gènes orthologues entre deux génomes complets de mammifères
11h00 - 11h30 PAUSE
11h30 - 11h55 Anne-Laure Abraham Etude intégrative des répétitions aux niveaux des séquences nucléiques, des séquences protéiques et des structures tridimensionnelles des protéines
11h55 - 12h20 Sophie Schbath Comment tester qu'un motif est significativement plus exceptionnel dans une séquence que dans une autre ?
12h20 - 12h55 Matthieu Muffato Evolution des génomes de vertébrés depuis leur ancêtre craniate commun
REPAS
14h30 - 15h30 Exposé invité : Gilles Fischer Réarrangements chromosomiques et évolution des génomes de levures
15h30-16h00 PAUSE
16h00 - 16h25 Cécile Fairhead Etude comparée des régions subtélomériques des hémiascomycètes
16h25 - 16h50 Héloïse Muller Etude comparée des cassettes sexuelles chez les hémiascomycètes

Vendredi 13 octobre
9h15 - 9h40 Jennifer Becq Rôle des transferts horizontaux dans l'émergence du complexe Mycobacterium tuberculosis
9h40 - 10h05 Marie Touchon Les causes de l'abondance des séquences d'insertion? Un problème de taille
10h05 - 10h30 Hélène Chiapello Comparaison de génomes bactériens : questions méthodologiques autour de la définition du squelette et des boucles.
10h30 - 11h00 PAUSE
11h00 - 11h25 Claude Rispe Reconstitution partielle du génome codant d'un puceron (Acyrthosiphon pisum, Hémiptères) : analyse de patrons globaux (composition et biais d'utilisation des codons) et évolution d'une famille fortement multigénique (protéases)
11h25 - 11h50 Linda Sperling Une vision somatique du génome germinal de Paramecium tetraurelia
11h50 - 12h35 Laurent Duret The impact of whole genome duplications: insights from Paramecium tetraurelia
12h35 - 13h00 Jean-Francois Gout Translational control of splicing in eukaryotes : Lessons from the Paramecium genome
REPAS
14h30 - 15h25 Exposé invité : Jean-Stéphane Varré Application des méthodes de réarrangements génomiques à la comparaison génomes de tumeur/génomes sains : présentation des travaux de P. Pevzner
15h25 - 15h50 Sebastien Angibaud Approche pseudo-booléenne pour le calcul de distances intergénomiques
15h50 - 16h00 Mot de clôture

Supports des présentations des contributeurs

GTGC_AnneLaureAbraham.pdf
GTGC_CecileFairhead.ppt
GTGC_ClaireGuillet.pdf
GTGC_ClaudeRispe.ppt
GTGC_GillesFischer.ppt
GTGC_HeleneChiapello.ppt
GTGC_HeloiseMuller.ppt
GTGC_JeanStephaneVarre.pdf
GTGC_JenniferBecq.ppt
GTGC_LaurentDuret.ppt
GTGC_MarieTouchon.ppt
GTGC_MatthieuMuffato.ppt
GTGC_SebastienAngibaud.pdf
GTGC_SophieSchbath.pdf
GTGC_ThomasDerrien.pdf

Pour plus d'informations sur le groupe GTGC, vous pouvez consulter le compte-rendu de Alphy/GTGC 2006, et abonnez-vous à la liste de diffusion du groupe : cliquez ici