Annotations des génomes et génomique comparée

Vendredi 10 septembre

Avec l'avancée des techniques de séquençage et la réduction de leur coût, nous assistons à une explosion de génomes séquencés. Mais le séquençage en lui-même n'est qu'une première étape, l'annotation et la comparaison de ces génomes sont nécessaires pour une exploitation optimale de ces données.

Le but de cette journée satellite GTGC est de présenter des techniques utilisées pour l'annotation et la comparaison de génomes.

Programme :

  • 9h00-9h20 Accueil (Hall d'honneur, SupAgro)
  • 9h20-9h30 Introduction à la journée.
  • 9h30-10h TriAnnot: un pipeline pour l'annotation du génome du blé tendre dans le cadre de l'International Wheat Genomic (Philippe Leroy, INRA, UMR GDEC) voir la présentation
  • 10h-10h30 Projet GNPAnnot: système d'annotation communautaire de génomes de plantes, d'insectes et  dechampignons (Stéphanie Sidibé--Bocs, Cirad, UMR DAP)
  • 10h30-11h Annotation de génomes d'insectes à VectorBase (Karyn Mégy, EBI, VectorBase/EnsemblGenomes) voir la présentation
  • 11h-11h15 Pause café
  • 11h15-11h45 Résolutions des problèmes d'annotations incomplètes de gènes et des reconstructions phylogénétiques fausses dans la reconstruction de l'ordre des gènes ancestraux (Mathieu Muffato, CNRS, UMR REG) voir la présentation
  • 11h45-12h15 Annotation et génomique comparée bactérienne (Magali Lescot, CNRS, UPR IGS) voir la présentation
  • 12h15-12h45 QOD: une nouvelle approche pour la génomique comparée et le transfert d'annotation (Alban Mancheron, CNRS, UMR LIRMM) voir la présentation
  • 12h45-13h15 Méthodes de reconstruction de réseaux métaboliques et de contexte génomique: application à la recherche de gènes candidats pour les activités enzymatiques orphelines de séquence (A. Alexander T. SMITH, CEA, UMR GM) voir la présentation
  • 13h15-14h30 Déjeuner
  • 14h30-15h00 Détection de régions homologues au niveau génique et de duplications en tandem au niveau ADN par un algorithme de flot avec coût (Eric Audemard, INRA, UR875) voir la présentation
  • 15h00-15h30 GreenPhylDB: génomique fonctionnelle et comparée chez les plantes (Mathieu Rouard, Bioversity, CfL) voir la présentation
  • 15h30-16h30 Génomique comparative chez les plantes (Jérome Salse, INRA, UMR GDEC) voir la présentation
  • 16h30 Clôture de la journée

Chairmen: Sèverine Bérard, Karyn Megy, Eric Tannier.

 

Liste des participants

Audemard Eric
Barloy-Hubler Frederique
BAURENS Franc-Christophe
Bellahcene Fatena
Bérard Sèverine
BERNARD Aurélien
Berry Vincent
Bigey Frederic
Blanchet Christophe
Bouchet Jean-Paul
BOUREUX Anthony
Brygoo Yves
Calderon Virginie
Carreel Françoise
Cenci Alberto
CHAPARRO Cristian
CHARRON Carine
CHENNEN Kirsley
COMMES Thérèse
COURCELLE Emmanuel
Da Rocha Martine
DEHOUX Pierre
DESCORPS-DECLERE Stephanie
Desmarais Erick
Devauchelle Claudine
Djelouadji Zorée
Doyon Jean-Philippe
Droc Gaetan
Durrens Pascal
ESTELLON Johan
Ferreira de Carvalho Julie
FOLCH Géraldine
Fournier Elisabeth
FRANCOIS Philippe
Frangeul Lionel
Friedrich Anne
Frigerio Jean-Marc
Gallina Sophie
GARSMEUR Olivier
Gautier Marie-Françoise
Goudenege David
GOULIELMAKIS Aurelie
Gourbeyre Edith
GUÉRIN Cyprien
Guigon Ghislaine
GUILHOT Nicolas
GUYOT Romain
Iltis Agnes
JULES-CLEMENT Gerome
Langendijk-Genevaux Petra
Laporte Marie-Angelique
Larmande Pierre
Le Roy Christophe
LECLERE Valérie
Lefort Vincent
Legrand Ludovic
Lengellé Juliette
LEONARD Sylvain
Leroy Philippe
Lescot Magali
Lucchetti Celine
Mancheron Alban
MATHIEU-DAUDE Francoise
Mazoyer Clément
Mégy Karyn
Michaloud Joumana
Mougenot Isabelle
Muffato Mathieu
Muller Cédric
Nicolas Aurelie
Outrebon Philippe
Pellet Johann
Piquema David
Poirot Olivier
Poncet Valerie
RAMIREZ-BAHENA Martha Helena
Riou Pierre
Rivals Eric
Rouard Mathieu
Ruiz Manuel
Sabot Francois
Salse Jérome
Santini Sebastien
Sidibé--bocs Stéphanie
Smith Alexander
Snirc Alodie
Soler Lucile
Tannier Eric
TERRAPON Nicolas
Tierant Arnaud
Tranchant-dubreuil Christine
Uricaru Raluca