Vendredi 10 septembre
Avec l'avancée des techniques de séquençage et la réduction de leur coût, nous assistons à une explosion de génomes séquencés. Mais le séquençage en lui-même n'est qu'une première étape, l'annotation et la comparaison de ces génomes sont nécessaires pour une exploitation optimale de ces données.
Le but de cette journée satellite GTGC est de présenter des techniques utilisées pour l'annotation et la comparaison de génomes.
Programme :
- 9h00-9h20 Accueil (Hall d'honneur, SupAgro)
- 9h20-9h30 Introduction à la journée.
- 9h30-10h TriAnnot: un pipeline pour l'annotation du génome du blé tendre dans le cadre de l'International Wheat Genomic (Philippe Leroy, INRA, UMR GDEC) voir la présentation
- 10h-10h30 Projet GNPAnnot: système d'annotation communautaire de génomes de plantes, d'insectes et dechampignons (Stéphanie Sidibé--Bocs, Cirad, UMR DAP)
- 10h30-11h Annotation de génomes d'insectes à VectorBase (Karyn Mégy, EBI, VectorBase/EnsemblGenomes) voir la présentation
- 11h-11h15 Pause café
- 11h15-11h45 Résolutions des problèmes d'annotations incomplètes de gènes et des reconstructions phylogénétiques fausses dans la reconstruction de l'ordre des gènes ancestraux (Mathieu Muffato, CNRS, UMR REG) voir la présentation
- 11h45-12h15 Annotation et génomique comparée bactérienne (Magali Lescot, CNRS, UPR IGS) voir la présentation
- 12h15-12h45 QOD: une nouvelle approche pour la génomique comparée et le transfert d'annotation (Alban Mancheron, CNRS, UMR LIRMM) voir la présentation
- 12h45-13h15 Méthodes de reconstruction de réseaux métaboliques et de contexte génomique: application à la recherche de gènes candidats pour les activités enzymatiques orphelines de séquence (A. Alexander T. SMITH, CEA, UMR GM) voir la présentation
- 13h15-14h30 Déjeuner
- 14h30-15h00 Détection de régions homologues au niveau génique et de duplications en tandem au niveau ADN par un algorithme de flot avec coût (Eric Audemard, INRA, UR875) voir la présentation
- 15h00-15h30 GreenPhylDB: génomique fonctionnelle et comparée chez les plantes (Mathieu Rouard, Bioversity, CfL) voir la présentation
- 15h30-16h30 Génomique comparative chez les plantes (Jérome Salse, INRA, UMR GDEC) voir la présentation
- 16h30 Clôture de la journée
Chairmen: Sèverine Bérard, Karyn Megy, Eric Tannier.