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Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste

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Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques). Elle réunit des chercheurs ayant des compétences en dynamique des populations, en écologie évolutive, en éco-épidémiologie, en modélisation mathématique et en analyse statistique.

Permanents : David Fouchet (MdC), Dominique Pontier (PRCE)
Post-doc : Stéphanie Jacquet
Doctorants : Marie-Pauline Beugin (co-direction Guillaume Queney, thèse CIFRE avec ANTAGENE), Brice Jegado (co-direction Renaud Mahieux, CIRI Lyon), Barthélémy Ngoubangoye (co-direction François Renaud, CNRS Montpellier), Orianne Tournayre (co-direction Nathalie Charbonnel, Inra Montpellier)
M2 : Chaabane Lemared (co-direction JM Gaillard, JF Lemaître)
Volontaire civil : Clément Brunet (archipel des Kerguelen)
Collaboration technique : Jean-Baptiste Pons (LabEx Ecofect), Jeanne Duhayer (UMR CNRS 5558), Benjamin Rey (UMR CNRS 5558)

CO-DIRECTION du LabEx ECOFECT

LabEx ECOFECT : “Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases” http://ecofect.universite-lyon.fr/ – co-directeurs : FL Cosset et D Pontier (11 unités de recherche, 190 membres permanents issus de 11 institutions scientifiques (Université Lyon 1, ENS Lyon, CNRS, Inria), médicales (Inserm, Institut Pasteur, Hospices Civils de Lyon, Fondation Mérieux), vétérinaire (VetAgroSup), agronomique (Inra).

Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherché médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.

ENSEIGNEMENT

Co-direction du DU « Biologie de l’Évolution et Médecine » avec Luc Perino ; http://bem-univ.fr/.

La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés de façon très concrète pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.

Anciens membres :
Éléonore Hellard (doctorante), Marion Roussel (doctorante), Élodie Portanier (M2), Marie-Lou Forat (M2), Arthur Bailly (M2), Johan Chervaux (VCAT), Fabien Egal (VCAT), Arnaud Lec’hvien (VCAT), Thibaud van Rijswijk (VCAT)

Dernières publications :

  • Beugin M.P., Leblanc G., Queney G., Natoli E., Pontier D. (2016). Female in the inside, male in the outside : insights into the spatial organization of a European wildcat population. Cons. Genetics 17:1405-1415. doi:10.1007/s10592-016-0871-0.
  • Beugin M.P., Letty J., Kaerle C., Guitton J.S., Muselet L., Queney G., Pontier D. A single multiplex of twelve microsatellite markers for the simultaneous study of the brown hare (Lepus europaeus) and the mountain hare (Lepus timidus). Ecology & Evolution (in revision).
  • Blanchard P., Lauzeral C., Chamaillé-Jammes S., Yoccoz N.G., Pontier D. (2016). Analyzing the proximity to cover in a landscape of fear : a new approach applied to fine-scale habitat use by rabbits facing feral cat predation on Kerguelen archipelago. PeerJ 4 : e1769.
  • Fouchet D., Santin-Janin H., Sauvage F., Yoccoz N.G., Pontier D. (2016). An R package for analyzing survival using continuous-time open capture-recapture models. Methods in Ecology and Evolution 7 : 518-528.
  • Ngoubangoye B., Boundenga L., Arnathau C., Mombo I.M., Durand P., Tsoumbou T.A., Otoro B.V., Sana R., Okouga A.P., Moukodoum N., Willaume E., Herbert A., Fouchet D., Rougeron V., Bâ C.T., Ollomo B., Paupy C., Leroy E.M., Renaud F.*, Pontier D.*, Prugnolle F.* (2016). The host specificity of ape malaria parasites can be broken in confined environments. Int. J. Parasitol. 46 : 737-744. doi:10.1016/j.ijpara.2016.06.004. *senior authors, equal contribution
  • Perino L., Lemaître J.F., Pontier D. (2016). Le raisonnement évolutionniste en médecine. Médecine mars 2016 : 122-127. doi:10.1684/med.2016.35. (http://lucperino.com/img/textes/Raisonnement evolmed.pdf).
  • Roussel M., Pontier D., Cohen J.M., Lina B., Fouchet D. (2016). Quantifying the role of weather on seasonal influenza. BMC Public Health 16 : 441-441.
  • De Thoisy B., Bourhy H., Delaval M., Pontier D., Dacheux L., Darcissac E., Donato D., Guidez A., Larrous F., Lavenir R., Salmier A., Lacoste V., Lavergne A. (2016). Bioecological drivers of rabies virus circulation in a neotropical bat community. PLoS Negl. Trop. Dis. 10 : e0004378.
  • Venner S, Miele V., Terzian C., Biémont C., Daubin V., Feschotte C., Pontier D. (2017). Ecological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers. PLoS Biol. 15(2) : e2001536. doi:10.1371/journal.pbio.2001536.
  • +Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles
  • +Le Chat errant comme modèle historique d’étude

Membres


Responsable : Pontier Dominique PU UCBL

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