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Groupe de travail "Statistique bayésienne"

Groupe de travail « Statistique bayésienne »

Objectifs
Le groupe de travail « Statistique bayésienne » créé par le LBBE se veut un lieu d’échange entre des scientifiques utilisant l’inférence bayésienne (ou s’y intéressant) dans le cadre de leurs activités, et souhaitant partager leurs expériences dans ce domaine. Il se réunit entre une fois par mois et une fois tous les deux mois. Lors de chaque réunion sont proposées deux présentations informelles d’environ une heure chacune (temps de discussion compris), une assez générale et didactique, et l’autre plus appliquée. Chaque réunion comporte aussi une demi-heure de forum aux questions.

Lieu des réunions
Les réunions ont lieu si possible dans la salle de formation du 2ème étage du bâtiment Mendel (étage du PRABI) du laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (entrée possible pour les membres extérieurs par l’entrée Nord du bâtiment, en composant le 044 à l’interphone pour contacter le secrétariat du laboratoire). En cas d’indisponibilité de cette salle, les réunions pourront avoir lieu dans la salle du département de biologie située dans le hall du bâtiment Mendel (entrée Est du bâtiment).

Réunions 2013-2014

  • Le 18 mars 2014, salle du département de biologie, 9h à 11h30 : "Petite introduction comparative des principes bayésiens, fréquentistes, et bayésiens empiriques" par Nicolas Lartillot et "Présentation d’un cas d’espèce sur lequel l’inférence bayésienne serait envisasageable/souhaitée" par Youenn Drouet.
  • Le 15 avril 2014, salle de formation du PRABI, 9h à 12h00 : "Approche bayésienne dans les essais thérapeutiques chez l’Homme" par Patrice Nony et "Méta-analyse et inférence bayésienne" par Fabien Subtil et Marie Laure Delignette-Muller.

Réunions 2014-2015

  • Le 23 octobre 2014, salle de formation du prabi, 14h à 16h : "une méthode ABC appliquée à l’évolution de résistance sur le virus de la grippe" par Matthieu Foll et un tour bibliographique sur les méthodes de type ABC par Marie Laure Delignette-Muller.
  • Le 12 décembre 2014, salle de formation du prabi, 10h à 12h : "une approche par calcul bayésien approché de la dynamique des paysages de recombinaison chez les humains archaïques et modernes" par Nicolas Lartillot.
  • Le 4 février 2015, salle de réunion du haut, 9h à 11h : " évolution des outils de type "BUGS" et découverte de STAN (outil développé par Andrew Gelman et son équipe)" : une vision « utilisateur » par Guillaume Kon Kam King et une vision « développeur » par Martyn Plummer.
  • Le 1er avril 2015, salle Guillermond du bâtiment l’Herbier (campus de la Doua), 9h à 11h : " RevBayes" présenté par Bastien Boussau et " réflexion dur la définition de langages probabilistes" présenté par Philipe Veber.
  • Le 21 mai 2015, salle de formation du prabi, 14h : une application de la statistique bayésienne aux essais cliniques présentée par Julia Gilhodes.
  • Le 2 juin 2015, salle de formation du prabi, 14h : un petit retour d’expériences sur l’impact du choix des distributions a priori "peu informatives" sur les résultats d’une inférence bayésienne par Fabien Subtil et Marie Laure Delignette-Muller et une application des méthodes ABC pour la reconstruction d’une cophylogénie par Blerina Sinaimeri.

Activités en 2015-2016

A la demande des membres du LBBE, nous avons centré cette année notre activité sur la création d’une offre de formation en statistique pour les chercheurs. La première session réservée aux membres du LBBE sur inscription préalable aura lieu aux dates suivantes de 14h à 17h en salle de formation du prabi :

  • le 4 février : introduction des concepts généraux.
  • le 11 février : introduction aux méthodes MCMC et initiation à JAGS.
  • le 3 mars : introduction aux modèle graphiques et à leur implémentation.
  • le 10 mars : questions relatives à la définition des lois a priori.
  • le 17 mars : parallèle entre l’approche fréquentiste et l’approche bayésienne.
  • le 7 avril : applications dans des domaines variés (2 séances en paralèle, une en phylogénie avec RevBayes et une en santé et en écologie).

Gestion du groupe :
Marie Laure Delignette-Muller et Nicolas Lartillot
Une liste de diffusion a été créée pour ce groupe : bayes@listes.univ-lyon1.fr dont voici le lien vers la page d’accueil pour s’abonner : http://listes.univ-lyon1.fr/sympa/info/bayes.
Un groupe Meetup a aussi été créé auquel vous pouvez vous inscrire à l’adresse suivante : http://www.meetup.com/LBBE-Stat-Bayesienne-Meetup.