UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive

Le Pôle Informatique (PI) s’organise autour de 3 axes principaux :
 une activité d’ "exploitation" qui concerne le parc micro-informatique, les serveurs, le stockage, la sauvegarde, le support utilisateurs, etc...
 une activité autour du "développement" au sens large du terme et qui regroupe le développement web, les bases de données ainsi que le développement de package R et de logiciels autour des différentes thématiques du laboratoire (génomique, écologie, statistiques...)
 une activité autour de l’analyse et de l’expertise bio-informatique, en particulier autour des nouvelles techniques de séquençage.

Les 8 agents qui composent actuellement le PI partagent leurs activités entre ces 3 axes dans des proportions variables.

Le Pôle Informatique en 2014

• +Parc micro-informatique -Parc micro-informatique

  La gestion du parc micro-informatique représente une part importante des activités du PI.
  L’utilisation de machines personnelles est très fortement déconseillée au laboratoire.
  Le PI peut intervenir à plusieurs niveau dans la gestion du parc micro-informatique :
   achat (Stéphane Delmotte) : même si les commandes in fine partent du secrétariat, les membre du PI sont là pour vous conseiller et vous guider dans vos achats. Les achats de micro-informatique, aussi bien matériels (ordinateurs, écran, périphériques) que logiciels (systèmes d’exploitation, bureautiques, applications métier) sont soumis aux règles des marchés publiques. Les marchés sont différents au CNRS et à l’université. Il est donc indispensable de savoir sur quel type de crédit seront fait les achats avant de venir nous voir. Il est impératif de prendre en compte le coût des licences logicielles pour tout achat ;
   installation (Lionel Humblot, Stéphane Delmotte) : vous pouvez installer votre machine vous-même ou bien laisser le PI le faire à votre place. Vous devrez dans tous les cas faire passer votre ordinateur par le PI pour l’installation de l’agent d’inventaire, la vérification del’installation (OS à jour, antivirus, pare-feux..) et la mise sur le réseau ;
   maintenance (Stéphane Delmotte) : en règle générale les machines sont fournies avec une garantie de 3 ans sur site. En cas de problème vous pouvez contacter vous même le service après-vente du constructeur ou venir nous voir (avec la machine si possible). Dans les 2 cas penser à relever le numéro de série (ou "Service Tag") de la machine ;

  L’ensemble du parc est inventorié via un agent OCSInventory qui remonte les informations matérielles et logicielles au PI ;

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• +Serveurs/calcul/stockage -Serveurs/calcul/stockage

  Le laboratoire héberge un certain nombre de serveurs ainsi qu’un cluster de calcul et de volumes de stockage associés.
  Ces serveurs ont des vocations différentes :
   machine de "service" (annuaire, web, messagerie) ;
   serveur de bases de données ;
   cluster de calcul ;
  Les ressources disponibles sont décrite dans la partie "Ressources".

  Le PI a en charge l’organisation et le fonctionnement du système d’information du laboratoire :
   en collaboration avec les utilisateurs il fait évoluer l’architecture du Système d’Information ;
   il gère les procédure d’achat de matériel informatique "lourds" ;
   il installe et gère l’ensemble des serveurs et met à disposition des utilisateurs les outils dont ils ont besoin ;

  Dans un souci de cohérence et de mutualisation de certains équipements, il est indispensable de consulter le PI avant tout projet impliquant l’utilisation ou l’acquisition de matériel informatique "lourd" (serveurs, calcul, stockage).

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• +Sauvegarde -Sauvegarde

  Compte tenu de la taille des disques durs actuellement disponibles sur les postes de travail il n’est pas possible de proposer une sauvegarde centralisée et automatique de l’ensemble de ces postes.
  Le PI intervient à 2 niveaux dans la sauvegarde des données de l’unité :
   à travers la sauvegarde automatique sur bandes magnétiques des homes directories des serveurs et de certains volumes communs ;
   par la mise à disposition d’une baie de sauvegarde (14 To utiles) à disposition des équipes pour la sauvegarde des données des postes de travail.

  Le PI rappelle l’importance de faire des sauvegardes régulières (baie de sauvegarde, disque externe, CD/DVD...) des données les plus critiques.

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• +Réseau -Réseau

  Le laboratoire profite des services réseau du CISR (Centre Inter-Etabissement pour les Services et le Réseau) du campus de la DOUA. Le CISR fournit le serveur DHCP ainsi que le DNS et le garde-barrière.
  Toutes les prises murales sont connectées au réseau. Les adresses "dynamiques" ditribuées par le serveur DHCP permettent de se connecter au réseau et d’accéder à l’internet via le proxy (proxy.univ-lyon1.fr sur le port 3128).
  Les protocoles réseaux autre que le http (ssh, ftp, pop...) ne sont pas propagés par le proxy. Pour y avoir accès il faut impérativement avoir une adresse IP "fixe".
  La demande d’IP fixe est faite par le PI et aucune demande ne sera faite pour des machines personnelles.

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• +Devéloppement/algorithmique -Devéloppement/algorithmique

  Le développement est un des axes du Pôle Informatique. Il concerne :
   la modélisation et l’implémentation de bases de données relationnelle ou de banques de séquences génomique sous ACNU (Hogenom, Homolens...) ;
   le développement de sites web dynamiques et de webiciels en ralation avec ces bases de données (php, cgi) ;
   le développement de progiciel dans les domaines de recherche du laboratoire (génomique, écologie, dynamique des population) ;
   l’optimisation ou la parallélisation de code ou d’algorithmes existants.

  Le travail d’optimisation et de développement "intelligent" est plus facile et efficace lorsqu’il intervient dès l’initialisation d’un projet suppposant du développement et/ou du calcul intensif. Les méthodes à utiliser sont également fonction du matériel disponible. Les membres du PI sont là pour vous aider et vous conseiller sur ces points.

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• +Infographie -Infographie

  Les membres du PI sont suscpetibles de vous aider ou de vous conseiller dans l’élaboration de vos sites web et/ou de vos posters. Un "traceur" permet d’imprimer les posters des personnes de l’unité sur papier "photo" jusqu’au A0.

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• +Sécurité -Sécurité

  Le Pôle Informatique est en charge des questions liées à la sécurité informatique.

  En ce qui concerne les poste de travail, l’utilisateur est responsable de la sécurisation de sa machine et de ses données. Ceci passe notamment par :
   le choix de mots de passe ’solide’ :
   l’installation et la mise à jour d’une solution antivirus adaptée à son système d’exploitation ;
   le maintien à jour du système d’exploitation et application des patches de sécurité ;
   le respect des conditions d’utilisation et de confidentialité décrites dans les chartes informatiques du laboratoire et de RENATER ;
   la sauvegarde régulière des données sensibles.

  Les membres du Pôle Informatique doivent être informés des éventuels incidents ou suspicion d’incident.

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• +Support utilisateurs -Support utilisateurs

  Le support aux utilisateurs est une part importante du travail des membres du PI. Ce support peut se faire à plusieurs niveaux :
   choix de matériel ;
   utilisation des ressources (notamment de calcul) ;
   construction de réponses techniques à des problématiques scientifiques (en terme de matériel, de logiciels, de stockage, d’architecture...) ;
   conception de posters ou de sites web ;
   développement, optimisation de code ;
   ...

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• +Veille technologique -Veille technologique

  Dans un domaine en constante évolution il est capital de se tenir informer des nouvelles technologies disponibles.

  Les membres du PI assurent une veille technologique au quotidien et participent ponctuellement à des formations, colloques ou séminaires sur les thèmes des nouvellles technologies de l’information ou sur l’évolution du matériel, des outils et des méthodes utilisés dans leur domaine.

  Ils s’impliquent également au sein de groupes de discussion et de réflexions tels que les groupes calculs du CNRS ou les groupe de travail autour des infrastructures de grille.

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• +Le parc micro-informatique -Le parc micro-informatique

• +Les imprimantes -Les imprimantes

• +Les serveurs -Les serveurs

• +Le cluster de calcul -Le cluster de calcul

  En collaboration avec le PRABI, le laboratoire opère un cluster de calcul hébergé dans une salle dédiée du bâtiment Omega.
  
  
  
  

  Le cluster en chiffres :
   27 nœuds de calcul (dont 2 avec 1 To de RAM) ;
   104 processeurs ;
   1032 cœurs ;
    6,7 To de mémoire vive ;
   215 To de stockage haute performance.

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  Dans le détail :

  Système
   Système de soumission et d’ordonnancement Torque/Maui ;
   Serveur d’ordonnancement (machine virtuelle ; 3 proc Intel 5430 ; 8 Go de RAM) ;
   Serveur de soumission (Dell PowerEdge R630 ; 2 Intel Xeon E5-2650 v3 (10 coeurs/20 threads) ; 96 Go de RAM) ;
   six queues de soumission : q1ter/q1hour/q1day/q1week/q1month/q1tera.

  Calcul

  les ressource de calcul du cluster

  Type de machine	nb de machines	processeur	nb de proc	nb de cœurs(threads)/proc	mémoire vive	disque dur
  Sun Fire X4600 M2	2	AMD Opteron 8220 (2800MHz)	8	2	64 Go	3*146 Go SAS
  Sun Fire X4600 M2	3	AMD Opteron 8356 (2293MHz)	8	4	64 Go	3*146 Go SAS
  Dell R815	8	AMD Opteron 6174 (2200MHz)	4	12	256 Go	6*146Go SAS 6Gbit/s 15000tr/min
  HP Proliant DL580G7	1	Intel E7-4830 (2100MHz)	4	8	1024 Go	8*300Go SAS 6Gbit/s 15000tr/min
  Dell PowerEdge C6220	4	Intel E5-2660 (2200MHz)	2	8(16)	128 Go	1*300Go + 1*600Go SAS 6Gbit/s 15000tr/min
  Dell PowerEdge R720	1	Intel Xeon E5-2670 v2 (2500 MHz)	2	10(20)	192 Go	3*300Go SAS 6Gbit/s 15000tr/min
  Dell PowerEdge R630	7	Intel Xeon E5-2650 v3 (2300 MHz)	2	10(20)	256 Go	1*300Go SAS 6Gbit/s 15000tr/min + 1*1,2To SAS 6Gbit/s 10000tr/min
  Dell PowerEdge R920	1	Intel Xeon E7-4850 v2 (2300 MHz)	4	12	1024 Go	1*300Go SAS 6Gbit/s 15000tr/min + 2*1,2To SAS 6Gbit/s 10000tr/min
  total	27	-	104	784(1032)	6912 Go	30498 Go

  
  

  Stockage

  Les volumes de stockage associés au cluster de calcul sont orientés vers la performance.
   Solution de stockage en cluster Panasas ;
   3 étagère PAS11 (1 Director Blade + 10 Storage Blades) sur ports 10 Gb ethernet

  60 To de stockage brut sur chaque étagère (10 fois 2 disques de 3 To) ;
   1 étagère PAS11 (11 Storage Blades) sur ports 10 Gb ethernet

  66 To de staockage brut (11 fois 2 disques de 3 To) ;
   alimentation électrique redondante et protégée par un onduleur ;
   Utilisation du client Direct Flow (parallel NFS) sur les nœuds de calcul.

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• +La sauvegarde -La sauvegarde

  La perte de données est un phénomène souvent traumatisant pour l’utilisateur. C’est pourquoi il est important de sauvegarder les données les plus sensibles. Plusieurs outils et niveau de sauvegarde sont proposés par le Pôle Info.

  Ce dernier prend en charge la sauvegarde des données stockées sur les serveurs et une partie des données stockées sur le cluster de stockage Panasas.

  Ainsi, la résilience des homes directories (/panhome) des utilisateurs du cluster est assurée par :
   un snapshot quotidien, avec la conservation de 8 snapshots en ligne ;
   une sauvegarde incrémentielle quotidienne sur bande magnétique ;
   une sauvegarde complète mensuelle sur bande magnétique ;
   une sauvegarde hebdomadaire sur un serveur de disques délocalisé.

  Les dépôts svn, les banques de données SQL, les sites web (pbil et lbbe) ainsi que les machines virtuelles sont sauvegardées de façon hebdomadaire soit sur bandes soit sur le serveur de disques.

  En ce qui concerne les postes de travail, le Pôle Informatique met à disposition des espaces de sauvegarde centralisés (limité à 100 Go par machine) et des outils de sauvegarde permettant la mise en place de sauvegarde incrémentielles et planifiées. Ces outils sont :
   l’utilitaire de sauvegarde "deja-dup" sous Ubuntu ;
   le logiciel "Handy Backup Pro" sous Windows ;
   l’application "Mathusalem" sous Mac OS.

  L’utilisateur est responsable des sauvegardes de son ou de ses poste(s) de travail.

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