
UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive" UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel 43 bd du 11 novembre 1918 69622 VILLEURBANNE cedex
Je suis Ingénieure en Ingénierie Logicielle, agent de l’Université Claude Bernard Lyon 1. Je fais partie du Pôle Informatique du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive.
Je travaille à l’interface avec d’une part, les biologistes qui collectent de plus en plus de données aussi bien sur le terrain qu’en laboratoire, et d’autre part, les méthodologistes, mathématiciens et statisticiens qui développent des méthodes d’analyse de données. Mon activité consiste donc à mettre en ouvre des méthodes d’analyse pour les appliquer aux données récoltées au sein de mon laboratoire.
Je réalise cette mise en œuvre essentiellement avec le langage et logiciel R, produisant ainsi un certain nombre de packages (disponibles sur CRAN, GitHub, RForge et/ou sur des sites web spécifiques) et d’applications web (grâce à Shiny).
Dans certains projets particuliers, j’ai également mis en place des outils de modélisation avec le langage C++.
Je déploie également mon expertise en R en organisant des formations et en participant à des groupes de travail.
ORCID iD : 0000-0002-7638-8318
- Développement et maintenance d’outils avec R
- Ecologie Evolutive
ade4
Multivariate data analysis and graphical display
https://cran.r-project.org/web/packages/ade4/
https://github.com/sdray/ade4J. Thioulouse, S. Dray, A.-B. Dufour, A. Siberchicot, T. Jombart, S. Pavoine (2018). Multivariate Analysis of Ecological Data with ade4.
Springer Statistics Books. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8850-1adegraphics
Graphical functionalities for the representation of multivariate data
https://cran.r-project.org/web/packages/adegraphics/
https://github.com/sdray/adegraphicsA. Siberchicot, A. Julien-Laferrière, A.-B. Dufour, J. Thioulouse, S. Dray (2017). adegraphics : An S4 Lattice-Based Package for the Representation of Multivariate Data. The R Journal, 9(2) : 198-212. https://journal.r-project.org/archive/2017/RJ-2017-042/index.html
A. Siberchicot, A. Julien-Laferrière, J. Thioulouse, S. Dray (2013). adegraphics : un package pour la représentation et l’analyse de données multivariées. Rencontres R, Lyon (Conférence).
ade4TkGUI
A Tcl/Tk GUI for some basic functions in the ’ade4’ package
https://cran.r-project.org/web/packages/ade4TkGUI/
https://github.com/aursiber/ade4TkGUIOnAge
Implements a likelihood ratio test of differential senescence onset between two groups.
https://cran.r-project.org/web/packages/OnAge/
https://lbbe.univ-lyon1.fr/OnAge.htmlInteratrix
Compute Chi-Square Measures with Corrections
https://cran.r-project.org/web/packages/Interatrix/E. Hellard, D. Pontier, A. Siberchicot, F. Sauvage, D. Fouchet (2015). Unknown age in health disorders : A method to account for its cumulative effect and an application to feline viruses interactions. Epidemics, 11 : 48-55. https://doi.org/10.1016/j.epidem.2015.02.004
CINID
Package on the Curculionidae INstar IDentification
https://cran.r-project.org/web/packages/CINID/A. Merville, A. Vallier, S. Venner, A. Siberchicot, D. Fouchet, A. Heddi, M.-C. Bel-Venner (2014). Determining the instar of a weevil larva (Coleoptera : Curculionidae) using a parsimonious method. European Journal of Entomology, 111(4) : 567-573. https://doi.org/10.14411/eje.2014.056
- Ecotoxicologie
DRomics
Dose Response for Omics
https://cran.r-project.org/web/packages/DRomics/
http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr/DRomics-shiny/
https://lbbe.univ-lyon1.fr/-DRomics-.htmlF. Larras, E. Billoir, V. Baillard, A. Siberchicot, S. Scholz, T. Wubet, M. Tarkka, M. Schmitt-Jansen, M.-L. Delignette-Muller (2018). DRomics : a turnkey tool to support the use of the dose-response framework for omics data in ecological risk assessment. Environmental Science & Technology, 52 (24) : 14461-14468. https://doi.org/10.1021/acs.est.8b04752
GUTS
General Unified Threshold Model of Survival
http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr/guts-shinyapp/
- Génétique et génomique
MareyMap
Estimation of Meiotic Recombination Rates Using Marey Maps
https://cran.r-project.org/web/packages/MareyMap/
https://github.com/aursiber/MareyMap
https://lbbe.univ-lyon1.fr/-MareyMap-.html?lang=fr
http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr/MareyMapOnline/A. Siberchicot, A. Bessy, L. Guéguen, G. Marais (2017). MareyMap Online : une application shiny pour estimer les taux de recombinaison grâce à l’approche par carte de Marey. Sixièmes Rencontres R, Anglet (Poster).
A. Siberchicot, A. Bessy, L. Guéguen, G. Marais (2017). MareyMap Online : A User-Friendly Web Application and Database Service for Estimating Recombination Rates Using Physical and Genetic Maps. Genome Biology and Evolution, 9(10) : 2506-2509. https://doi.org/10.1093/gbe/evx178
Mondrian
A Simple Graphical Representation of the Relative Occurrence and Co-Occurrence of Events
https://cran.r-project.org/web/packages/Mondrian/
https://github.com/aursiber/Mondrian
http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr/MondrianShiny/kissDE
Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data
https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/kissDE.html
https://github.com/aursiber/kissDELDcorSV
Linkage Disequilibrium Corrected by the Structure and the Relatedness
https://cran.r-project.org/web/packages/LDcorSV/index.htmlB. Mangin, A. Siberchicot, S. Nicolas, A. Doligez, P. This, C. Cierco-Ayrolles (2012). Novel measures of linkage disequilibrium that correct the bias due to population structure and relatedness. Heredity, 108 : 285-291. https://doi.org/10.1038/hdy.2011.73
- Statistiques
fitdistrplus
Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data
https://cran.r-project.org/package=fitdistrplus
https://lbbe.univ-lyon1.fr/fitdistrplus.html
- Informatique
lbbe-shiny
http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr/A. Siberchicot, B. Spataro, S. Delmotte (2017). lbbe-shiny : un exemple de serveur shiny fait-maison, au service de la recherche locale. Sixièmes Rencontres R, Anglet (Conférence).
site web d’Enseignements de Statistique en Biologie
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/
- Ecologie Evolutive
- Animation scientifique
Comité d’organisation et de programme
"Preditox", janvier 2020, Lyon (comité scientifique)
"7èmes Rencontres R", juillet 2018, Rennes (comité de programme)
ANF "R pour le calcul", octobre 2015, Aussois (co-organisatrice)
"2èmes Rencontres R", juin 2013, Lyon (comité d’organisation).
A. Siberchicot, S. Dray (2013). Conference Report : Deuxièmes Rencontres R. The R Journal, vol. 5/2 pp.164-165. https://journal.r-project.org/archive/2013-2/siberchicot-dray.pdf
Groupes de travail
groupe RLyon
Formations
"Programmer avec R : du plus simple ou plus complexe", Groupe Lyon Calcul
"Construire votre propre package en R"
Jury
Concours externe INRA (2019) AI BAP E Assistant.e statisticien.ne
Concours externe INRA (2019) IE BAP E Administrateur.trice des systèmes d’information
Concours externe CNRS (2017) IE BAP E Développement et déploiement d’applications
Projets locaux et nationaux
Potenchêne (Gip ECOFOR, BGF)
E. Schermer, M.-C. Bel-Venner, D. Fouchet, A. Siberchicot, V. Boulanger, T. Caignard, M. Thibaudon, G. Oliver, M. Nicolas, J.-M. Gaillard, S. Delzon, S. Venner (2019). Pollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations. Ecology Letters, 22(1) : 98-107. https://doi.org/10.1111/ele.13171
AGEX (ANR-15-CE32-0002-01)
M. Tidière, X. Thevenot, A. Deligiannopoulou, G. Douay, M. Whipple, A. Siberchicot, J.-M. Gaillard, J.-F. Lemaître (2018). Maternal reproductive senescence shapes the fitness consequences of the parental age difference in ruffed lemurs. Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences, 285. https://doi.org/10.1098/rspb.2018.1479
CoCoReCo (ANR JC09-470585)
S. Venner, A. Siberchicot, P.-F. Pélisson, E. Schermer, M.-C. Bel-Venner, M. Nicolas, F. Débias, V. Miele, S. Sauzet, V. Boulanger, S. Delzon (2016). Fruiting Strategies of Perennial Plants : A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies. The American Naturalist, 188(1) : 66-75. https://doi.org/10.1086/686684
Encadrement
Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)