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Aurélie Siberchicot
Ingénieur d'étude - UCBL
courriel :
tél : +33(0)4 72 44 85 98
UMR CNRS 5558 - LBBE
"Biométrie et Biologie Évolutive"
UCB Lyon 1  - Bât. Grégor Mendel
43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
Pôle informatique
Bâtiment : Mendel 1er étage Bureau : 140

Je suis Ingénieure en Ingénierie Logicielle, agent de l’Université Claude Bernard Lyon 1. Je fais partie du Pôle Informatique du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive.

Je travaille à l’interface avec d’une part, les biologistes qui collectent de plus en plus de données aussi bien sur le terrain qu’en laboratoire, et d’autre part, les méthodologistes, mathématiciens et statisticiens qui développent des méthodes d’analyse de données. Mon activité consiste donc à mettre en ouvre des méthodes d’analyse pour les appliquer aux données récoltées au sein de mon laboratoire.

Je réalise cette mise en œuvre essentiellement avec le langage et logiciel R, produisant ainsi un certain nombre de packages (disponibles sur CRAN, GitHub, RForge et/ou sur des sites web spécifiques) et d’applications web (grâce à Shiny).
Dans certains projets particuliers, j’ai également mis en place des outils de modélisation avec le langage C++.

Je déploie également mon expertise en R en organisant des formations et en participant à des groupes de travail.

ORCID iD : 0000-0002-7638-8318

  • Animation scientifique

    Comité d’organisation et de programme
    - "Preditox", janvier 2020, Lyon (comité scientifique)
    - "7èmes Rencontres R", juillet 2018, Rennes (comité de programme)
    - ANF "R pour le calcul", octobre 2015, Aussois (co-organisatrice)
    - "2èmes Rencontres R", juin 2013, Lyon (comité d’organisation).

    A. Siberchicot, S. Dray (2013). Conference Report : Deuxièmes Rencontres R. The R Journal, vol. 5/2 pp.164-165. https://journal.r-project.org/archive/2013-2/siberchicot-dray.pdf

    Groupes de travail
    - groupe RLyon

    Formations
    - "Programmer avec R : du plus simple ou plus complexe", Groupe Lyon Calcul
    - "Construire votre propre package en R"

    Jury
    - Concours externe INRA (2019) AI BAP E Assistant.e statisticien.ne
    - Concours externe INRA (2019) IE BAP E Administrateur.trice des systèmes d’information
    - Concours externe CNRS (2017) IE BAP E Développement et déploiement d’applications

    Projets locaux et nationaux
    - Potenchêne (Gip ECOFOR, BGF)

    E. Schermer, M.-C. Bel-Venner, D. Fouchet, A. Siberchicot, V. Boulanger, T. Caignard, M. Thibaudon, G. Oliver, M. Nicolas, J.-M. Gaillard, S. Delzon, S. Venner (2019). Pollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations. Ecology Letters, 22(1) : 98-107. https://doi.org/10.1111/ele.13171

    - AGEX (ANR-15-CE32-0002-01)

    M. Tidière, X. Thevenot, A. Deligiannopoulou, G. Douay, M. Whipple, A. Siberchicot, J.-M. Gaillard, J.-F. Lemaître (2018). Maternal reproductive senescence shapes the fitness consequences of the parental age difference in ruffed lemurs. Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences, 285. https://doi.org/10.1098/rspb.2018.1479

    - CoCoReCo (ANR JC09-470585)

    S. Venner, A. Siberchicot, P.-F. Pélisson, E. Schermer, M.-C. Bel-Venner, M. Nicolas, F. Débias, V. Miele, S. Sauzet, V. Boulanger, S. Delzon (2016). Fruiting Strategies of Perennial Plants : A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies. The American Naturalist, 188(1) : 66-75. https://doi.org/10.1086/686684

    Encadrement
    - Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
    - Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
    - Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)

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