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UMR CNRS 5558 - LBBE "Biométrie et Biologie Évolutive" UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel 43 bd du 11 novembre 1918 69622 VILLEURBANNE cedex
Nous avons été récemment confrontés au fait que le génome humain ne possède que très peu de gènes, à peine plus que la mouche du vinaigre. Mais ce qui nous a encore davantage étonnés est que la majorité de notre matériel génomique peut être assimilé à une déchetterie. Comment peut-on concevoir autant d’énergie perdue dans le maintien de ce système? Peut-être que toute cette « poubelle génomique » contribue, par différents moyens, à l’évolution des génomes et donc des espèces et des populations? Parmi l’ADN non génique on trouve les éléments transposables, historiquement appelés gènes sauteurs. Ce sont des séquences d’ADN qui ont la capacité de se déplacer dans le génome et qui représentent une fraction importante des génomes de tous les organismes eucaryotes. Leur mise en évidence date des années 50, par Barbara McClintock (prix nobel en 83), mais nous avons mis plus de la moitié du siècle pour comprendre leurs effets. On sait maintenant qu’ils ont un rôle important, voire fondamental, dans la régulation des gènes et le maintien de la structure de la chromatine (ensemble ADN plus protéines). De plus, de par leur capacité de déplacement, ils peuvent induire des mutations qui auront un impact évolutif, contribuant à la diversité des génomes et donc à leur évolution. Les avancées dans la compréhension des mécanismes de régulation de ces éléments seront essentielles pour tester l’impact de l’environnement sur l’expression du génome des individus et donc sur leurs phénotypes particuliers. Mon travail de recherche se situe dans la recherche des effets des éléments transposables sur l’évolution du génome des espèces, en me focalisant sur les aspects de génétique des populations.
- Curriculum
- +Formation -Formation
Depuis octobre 2009 – Membre Junior de l’Institut Universitaire de France
Depuis septembre 2008 – Directeur de l’équipe Eléments Transposables, Evolution, Population
2003 – Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 28 mai 2003. Université Lyon1.
Depuis sept. 1999 – Maître de Conférences à l’Université Lyon1
UMR 55581999 – A.T.E.R. Université Lyon1 – UMR 5558
1998 - Stage post-doctoral dans l’UMR CNRS 5558, Université Lyon1
1997 - Stage post-doctoral au "Department of Genetics, University of Georgia", Georgia, USA et au "Department of Genetics, North Carolina State University", Raleigh, USA
1996 - Thèse de doctorat soutenue le 22 novembre 1996. Université Lyon1.
1992 – Maîtrise Biologie – Faculté des Sciences de l’Université de Libonne.
- +Programmes -Programmes
2014 - 2017- Programme FRM : Effets de l’environnement sur la stabilité des éléments transposables - Coordinateur – C. Vieira
2009-2013 – Programme ANR Blanc GeneMobile – Régulation des éléments transposables dans les populations naturelles - Coordinateur – C. Vieira
2009-2012 - Programme ANR ADAPTANTHROP – Coordinateur M. Harry
2008 – Projet CIBLE 2008 – Région Rhône Alpes - Epigénétique de populations – étude préliminaires de la régulation des ET par les rasiRNA. Allocation de Recherche (3 ans) - Coordinateur – C. Vieira
2008 – Projet FINOVI – RTRA - Endogenization of Drosophila retroviruses : a cellular and populational approach - Coordinateur – C. Terzian
2008 – Projet FAPESP-CNRS – L’élément helena chez la Drosophile (C. Vieira)
2007 – Projet MIRA – Aide à la mobilité de Région Rhône-Alpes pour le programme de thèse en cotutelle avec le Brésil.
- Projets en cours
- +Epigénétique et éléments transposables -Epigénétique et éléments transposables
Comment identifier de la variabilité au niveau du contrôle épigénétique des ET ? Quel système nous permet d’observer une différence dans le phénotype « charge en éléments transposables » ? Nous avons la chance d’avoir un système idéal : la drosophile. D’une part, le génome de D. melanogaster est entièrement séquencé et bien annoté, ce qui se rajoute à l’ensemble des connaissances acquises au cours de décennies en génétique de la drosophile. D’autre part, le travail réalisé depuis 10 ans a pu montrer une variabilité entre populations dans la charge en ET chez D. simulans. Par exemple, nous disposons de populations naturelles qui ne possèdent des copies d’ET que dans un contexte chromatinien fermé, donc théoriquement non transcrits, et d’autres qui vont avoir des copies du même élément situées dans un contexte chromatinien ouvert et accessible à la transcription. Est-ce que l’on peut identifier une variabilité du contrôle épigénétique dépendant de l’élément et de la population ? Peut-on associer l’épigénétique aux vagues d’invasions par des éléments transposables observées dans les génomes ? Est-ce que l’on a une compartimentalisation du génome orchestrée par les séquences répétées, l’épigenèse et les paramètres populationnels ? Ce domaine de recherche est nouveau et ne conduira peut-être pas aux réponses escomptées. Je pense qu’il faut aller plus loin dans l’étude de la variabilité des mécanismes épigénétiques, et que l’on pourra ainsi avancer dans la compréhension des interactions génotype et environnement.
+Publications -Publications
article :
Wallau GL, Vieira C, Loreto ELS (2018)
Genetic exchange in eukaryotes through horizontal transfer: connected by the mobilome, Mobile DNA, vol. 9 pp.6-6.
Goubert C, Henri H, Minard G, Valiente Moro C, Mavingui P, Vieira C, Boulesteix M (2017)
High-throughput sequencing of transposable element insertions suggests adaptive evolution of the invasive Asian tiger mosquito towards temperate environments, Molecular ecology, vol. 26 pp.3968-3981.
Lefebure T, Morvan C, Malard F, Francois C, Konecny-Dupre L, Gueguen L, Weiss-Gayet M, Seguin-Orlando A, Ermini L, Sarkissian C, Charrier N P, Eme D, Mermillod-Blondin F, Duret L, Vieira C, Orlando L, Douady CJ (2017)
Less effective selection leads to larger genomes, Genome research, vol. 27 pp.1016-1028.
Lopez-Maestre H, Carnelossi EA, Lacroix V, Burlet N, Mugat B, Chambeyron S, Carareto CM, Vieira C (2017)
Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species, Scientific reports, vol. 7 pp.40618-40618.
Romero-Soriano V, Modolo L, Lopez-Maestre H, Mugat B, Pessia E, Chambeyron S, Vieira C, Garcia Guerreiro MP (2017)
Transposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids, Genome biology and evolution, vol. 9 pp.1450-1470.
Calatayud P A, Petit C, Burlet N, Dupas S, Glaser N, Capdevielle-Dulac C, Le Ru B, Jacquin-Joly E, Kaiser-Arnauld L, Harry M, Vieira C (2016)
Is genome size of Lepidoptera linked to host plant range?, Entomologia Experimentalis et Applicata, vol. 159 pp.354-361.
Goubert C, Minard G, Vieira C, Boulesteix M (2016)
Population genetics of the Asian tiger mosquito Aedes albopictus an invasive vector of human diseases, Heredity, vol. 117 pp.125-34.
Lerat E, Fablet M, Modolo L, Lopez-Maestre H, Vieira C (2016)
TEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes, Nucleic Acids Research, vol. 45 pp.e17-e17.
Lopez-Maestre H, Brinza L, Marchet C, Kielbassa J, Bastien S, Boutigny M, Monnin D, El Filali A, Carareto CM, Vieira C, Picard F, Kremer N, Vavre F, Sagot MF, Lacroix V (2016)
SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification quantification differential analysis and impact on the protein sequence, Nucleic Acids Research, vol. 44 pp.e148-e148.
Romero-Soriano V, Burlet N, Vela D, Fontdevila A, Vieira C, Garcia Guerreiro MP (2016)
Drosophila Females Undergo Genome Expansion after Interspecific Hybridization, Genome Biology and Evolution, vol. 8 pp.556-61.
Goubert C, Modolo L, Vieira C, ValienteMoro C, Mavingui P, Boulesteix M (2015)
De novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti), Genome Biology and Evolution, vol. 7 pp.1192-205.
Basquin D, Spierer A, Begeot F, Koryakov D E, Todeschini A L, Ronsseray S, Vieira C, Spierer P, Delattre M (2014)
The textitDrosophila Su(var)3-7 Gene Is Required for Oogenesis and Female Fertility Genetically Interacts with piwi and aubergine but Impacts Only Weakly Transposon Silencing, PLoS one, vol. 9 pp.e96802-e96802.
Biemont C, Vieira C (2014)
Could interallelic interactions be a key to the epigenetic aspects of fitness-trait inbreeding depression?, Heredity, vol. 112 pp.219-20.
Carareto CM, Hernandez EH, Vieira C (2014)
Genomic regions harboring insecticide resistance-associated Cyp genes are enriched by transposable element fragments carrying putative transcription factor binding sites in two sibling Drosophila species, Gene, vol. 537 pp.93-9.
Carnelossi E A, Lerat E, Henri H, Martinez S, Carareto C M, Vieira C (2014)
Specific activation of an I-like element in Drosophila interspecific hybrids, Genome Biology and Evolution, vol. 6 pp.1806-17.
Fablet M, Akkouche A, Braman V, Vieira C (2014)
Variable expression levels detected in the Drosophila effectors of piRNA biogenesis, Gene, vol. 537 pp.149-53.
Roquis D, Lepesant J, Villafan E, Boissier J, Vieira C, Cosseau C, Grunau C (2014)
Exposure to hycanthone alters chromatin structure around specific gene functions and specific repeats in Schistosoma mansoni, Frontiers in Genetics, vol. 5 pp.207-207.
Vela D, Fontdevila A, Vieira C, García Guerreiro MP (2014)
A Genome-Wide Survey of Genetic Instability by Transposition in Drosophila Hybrids, PLoS one, vol. 9 pp.e88992-e88992.
Akkouche A, Grentzinger T, Fablet M, Armenise C, Burlet N, Braman V, Chambeyron S, Vieira C (2013)
Maternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells, EMBO Reports, vol. 14 pp.458-64.
Ainouche A, Bétermier M, Chandler M, Cordaux R, Cristofari G, Deragon JM, Lesage P, Panaud O, Quesneville H, Vaury C, Vieira C, Vitte C (2012)
International Congreee on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories, Mobile DNA, vol. 3 pp.17-17.
Akkouche A, Rebollo R, Burlet N, Esnault C, Martinez S, Vignier B, Terzian C, Vieira C, Fablet M (2012)
tirant a Newly Discovered Active Endogenous Retrovirus in Drosophila simulans, Journal of Virology, vol. 86 pp.3675-3681.
Kraaijeveld K, Zwanenburg B, Hubert B, Vieira C, De Pater S, Van Alphen JJM, Den Dunnen JT, De Knijff P (2012)
Transposon proliferation in an asexual parasitoid, Molecular Ecology, vol. 21 pp.3898-3906.
Rebollo R, Horard B, Begeot F, Delattre M, Gilson E, Vieira C (2012)
A snapshot of histone modifications within transposable elements in Drosophila wild type strains, PLoS One, vol. 7 pp.e44253-e44253.
Vieira C, Fablet M, Lerat E, Boulesteix M, Rebollo R, Burlet N, Akkouche A, Hubert B, Mortada H, Biemont C (2012)
A comparative analysis of the amounts and dynamics of transposable elements in natural populations of Drosophila melanogaster and Drosophila simulans, Journal of Environmental Radioactivity, vol. 113 pp.83-86.
Fablet M, Vieira C (2011)
Evolvability epigenetics and transposable elements, Biomolecular Concepts, vol. 2 pp.333-341.
Granzotto A, Lopes FR, Vieira C, Carareto CMA (2011)
Vertical inheritance and bursts of transposition have shaped the evolution of the BS non-LTR retrotransposon in Drosophila, Molecular Genetics and Genomics, vol. 286 pp.57-66.
Lerat E, Burlet N, Biemont C, Vieira C (2011)
Comparative analysis of transposable elements in the melanogaster subgroup sequenced genomes, Gene, vol. 473 pp.100-109.
Mortada H, Vieira C, Lerat E (2010)
Genes Devoid of Full-Length Transposable Element Insertions are Involved in Development and in the Regulation of Transcription in Human and Closely Related Species, Journal of Molecular Evolution, vol. 71 pp.180-191.
Rebollo R, Horard B, Hubert B, Vieira C (2010)
Jumping genes and epigenetics: Towards new species, Gene, vol. 454 pp.1-7.
Deloger M, Cavalli FMG, Lerat E, Biémont C, Sagot M-F, Vieira C (2009)
Identification of expressed transposable element insertions in the sequenced genome of Drosophila melanogaster, Gene, vol. 439 pp.55-62.
Fablet M, Lerat E, Rebollo R, Horard B, Burlet N, Martinez S, Brasset E, Gilson E, Vaury C, Vieira C (2009)
Genomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila, FASEB Journal, vol. 23 pp.54-62.
Granzotto A, Lopes FR, Lerat E, Vieira C, Carareto CMA (2009)
The evolutionary dynamics of the Helena retrotransposon revealed by sequenced Drosophila genomes, BMC Evolutionary Biology, vol. 9(174) pp.95-148.
Vieira C, Fablet M, Lerat E (2009)
Infra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements, Genome Dynamics and Stability, vol. pp.115-123.
Mugnier N, Gueguen L, Vieira C, Biémont C (2008)
The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome, Gene, vol. 411 pp.87-93.
Rebollo R, Lerat E, Lopez Kleine L, Biémont C, Vieira C (2008)
Losing helena: The extinction of a drosophila line-like element, BMC Genomics, vol. 9 pp.149-149.
Biémont C, Vieira C (2007)
Mitspieler der Evolution, Spektrum der Wissenschaft, vol. S44 pp.44-49.
Fablet M, Rebollo R, Biémont C, Vieira C (2007)
The evolution of retrotransposon regulatory regions and its consequences on the Drosophila melanogaster and Homo sapiens host genomes, Gene, vol. 390 pp.84-91.
Fablet M, Souames S, Biémont C, Vieira C (2007)
Evolutionary Pathways of the tirant LTR Retrotransposon in the Drosophila melanogaster Subgroup of Species, Journal of Molecular Evolution, vol. 64 pp.438-447.
Biémont C, Vieira C (2006)
Junk DNA as an evolutionary force, Nature, vol. 443 pp.521-524.
Fablet M, Donald JF, Biémont C, Vieira C (2006)
Ongoing loss of the tirant transposable element in natural populations of Drosophila simulans, Gene, vol. 375 pp.54-62.
Biémont C, Vieira C (2005)
What transposable elements tell us about genome organization and evolution: the case of Drosophila, Cytogenetics and Genome Research, vol. 110 pp.25-34.
Mugnier N, Biémont C, Vieira C (2005)
New regulatory regions of Drosophila 412 retrotransposable element generated by recombination, Molecular Biology and Evolution, vol. 22 pp.747-757.
Nardon C, Deceliere G, Loevenbruck C, Weiss M, Vieira C, Biémont C (2005)
Is genome size influenced by colonization of new environments in dipteran species ?, Molecular Ecology, vol. 14 pp.869-878.
Biémont C, Vieira C (2004)
L`influence des éléments transposables sur la taille des génomes, Journal de la Société de biologie, vol. 198 pp.413-417.
Vieira C, Biémont C (2004)
Transposable element dynamics in two sibling species: Drosophila melanogaster and Drosophila simulans, Genetica, vol. 120 pp.115-123.
Biémont C, Nardon C, Deceliere G, Lepetit D, Loevenbruck C, Vieira C (2003)
Worldwide distribution of transposable element copy number in natural populations of Drosophila simulans, Evolution, vol. 57 pp.159-167.
Nardon C, Weiss M, Vieira C, Biémont C (2003)
Variation of the genome size estimate with environmental conditions in Drosophila melanogaster, Cytometry - Part A, vol. 55A pp.43-49.
Vieira C, Nardon C, Arpin C, Lepetit D, Biémont C (2002)
Evolution of genome size in Drosophila. is the invader`s genome being invaded by transposable elements?, Molecular Biology and Evolution, vol. 19 pp.1154-1161.
Biémont C, Vieira C, Borie N (2001)
Transposable elements and genome evolution of invasive species: the case of Drosophila, Genetics Selection Evolution, vol. 33 pp.S107-S120.
Pasyukova EG, Vieira C, Mackay TFC (2000)
Deficiency mapping of quantitative trait loci affecting longevity in Drosophila melanogaster, Genetics, vol. 156 pp.1129-1146.
Vieira C, Pasyukova EG, Zeng ZB, Hackett JB, Lyman RF, Mackay TFC (2000)
Genotype-environment interaction for quantitative trait loci affecting life span in Drosophila melanogaster, Genetics, vol. 154 pp.213-227.
Vieira C, Piganeau G, Biemont C (2000)
High copy numbers of multiple transposable element families in an Australian population of Drosophila simulans, Genetical Research, vol. 76 pp.117-119.
Biémont C, Vieira C, Borie N, Lepetit D (1999)
Transposable elements and genome evolution: the case of Drosophila simulans, Genetica, vol. 107 pp.113-120.
Vieira C, Lepetit D, Dumont S, Biémont C (1999)
Wake up of transposable elements following Drosophila simulans worldwide colonization, Molecular Biology and Evolution, vol. 16 pp.1251-1255.
Junakovic N, Terrinoni A, Di Franco C, Vieira C, Loevenbruck C (1998)
Accumulation of transposable elements in the heterochromatin and on the Y chromosome of Drosophila simulans and Drosophila melanogaster, Journal of Molecular Evolution, vol. 46 pp.661-668.
Vieira C, Aubry P, Lepetit D, Biémont C (1998)
A temperature cline in copy number for 412 but not roo/B104 retrotransposons in populations of Drosophila simulans, Proceedings of The Royal Society B-Biological Sciences, vol. 265 pp.1161-1165.
Biémont C, Tsitrone A, Vieira C, Hoogland C (1997)
Transposable element distribution in Drosophila, Genetics, vol. 147 pp.1997-1999.
Biémont C, Vieira C, Hoogland C , Cizeron G, Loevenbruck C, Arnault C, Carante JP (1997)
Maintenance of transposable element copy number in natural populations of Drosophila melanogaster and D-simulans, Genetica, vol. 100 pp.161-166.
Hoogland C, Vieira C, Biemont C (1997)
Chromosomal distribution of the 412 retrotransposon in natural populations of Drosophila simulans, Heredity, vol. 79 pp.128-134.
Vieira C, Biemont C (1997)
Transposition rate of the 412 retrotransposable element is independent of copy number in natural populations of Drosophila simulans, Molecular Biology and Evolution, vol. 14 pp.185-188.
Vieira C, Biémont C (1996)
Geographical variation in insertion site number of retrotransposon 412 in Drosophila simulans, Journal of Molecular Evolution, vol. 42 pp.443-451.
Vieira C, Biémont C (1996)
Selection against transposable elements in D-simulans and D-melanogaster, Genetical Research, vol. 68 pp.9-15.
inbook :
Fablet M, Salces Ortiz J, Menezes B, Roy M, Vieira C (2017)
Self and Nonself from a Genomic Perspective: Transposable Elements
in: Evolutionary Biology: Self/Nonself Evolution Species and Complex Traits Evolution Methods and Concepts, , pp.111-128.
phdthesis :
Vieira C (1996)
Comportement de rétrotransposons (copia mdg1 gypsy et 412) dans les populations de Drosophila melanogaster et D. simulans .