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Origine et évolution des lignées d’archées nanométriques

Il a été montré que le monde vivant est divisé en trois grands domaines : les Eucarya, les Bacteria et les Archaea. La répartition et l’abondance globale des Archaea dans les sols et océans suggèrent qu’ils contribuent de façon importante aux différents cycles de l’énergie et de la matière dans le monde vivant et jouent un rôle majeur dans les écosystèmes. Depuis leur découverte à la fin des années 70, de nombreuses archées « extrêmes », tant de par leur environnement, que de par leurs caractéristiques, ont été identifiées. Les archées nanométriques en sont un parfait exemple. Ce sont les plus petits organismes vivants connus à ce jour (de 400 à 600 nm), qui présentent, en outre, un génome de taille relativement réduite et un milieu de vie extrême (hypersalin / hyperthermique / acide). On distingue, à l’heure actuelle, trois lignées d’archées nanométriques ayant des origines évolutives différentes. Cependant ces organismes restent difficiles à étudier, car la majeure partie d’entre eux ne peut être cultivée en laboratoire, empêchant les approches de microbiologie classique. De plus les techniques de génétique moléculaire ne s’appliquent pas chez les archaea. Mon projet consiste donc à étudier, grâce à l’outil informatique, les séquences génomiques de ces organismes disponibles sur les bases de données publiques, afin de mieux comprendre leur fonctionnement, notamment en utilisant une approche comparative pour caractériser leurs différences et leurs similitudes. Le but global étant de comprendre les mécanismes évolutifs ayant donné naissance à ces archaea atypiques et de mesurer l’impact de leur environnement sur ces phénomènes évolutifs.