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Thèse de Leandro Ishi Soares de Lima le mardi 23 avril 2019 à 14 h, salle Fontannes (bâtiment Darwin D, La doua)
Thèse de Béatrice Donati le mercredi 12 novembre 2014 à 10 h - amphithéâtre Physique Nucléaire bâtiment Paul Dirac (Doua)
(travail en collaboration avec A. Arribas-Gil, Univ. Carlos III, Madrid) Dans cet exposé, je parlerai tout d'abord de l'alignement statistique de 2 séquences, qui permet d'aligner ces séquences sans choisir a priori les paramètres de l'alignement. Ces paramètres sont en fait déterminés par maximum de vraisemblance, dans un modèle d'évolution de ces deux séquences. Dans un second temps, je montrerai commen on peut modifier l'algorithme d'alignement statistique pour prendre en compte la non indépendance dans l'évolution des sites de la séquence. J'illustre ces résultats sur une paire de séquences "jouet" (alpha-globine humaine HBA1 et pseudo-gène HBPA1).
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Thèse de Laurent Modolo le lundi 1er décembre 2014 à 14 h - Salle de conférence Bibliothèque Universitaire (Doua)
L'exploration numérique de modèles, basée sur la simulation, s'est beaucoup développée depuis une quinzaine d'années. L'analyse de sensibilité globale, en particulier, permet d'étudier et comparer l'influence de paramètres ou variables d'entrée incertains sur les sorties d'un modèle, en considérant des plages de variation de ces facteurs plutôt que des dérivées autour de valeurs ponctuelles. Les principes de l'analyse de sensibilité globale seront présentés, ainsi que quelques méthodes telles que Sobol' et FAST. L'approche sera illustrée sur un modèle théorique développé pour étudier la propagation d'un champignon sur un paysage agricole.
Thèse de Ghislain Durif le mardi 13 décembre 2016 à 13 h 30 - salle de conférence BU (La Doua)
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Thèse de Hélène Lopez le mercredi 15 février 2017 à 14 h, salle Fontannes bâtiment Darwin D (La Doua)
Thèse de Thibaut Jombart - 14 novembre 2008 - 14h00 - Amphitéâtre du CNRS
Structural variation in general, and copy number variants (CNV) in particular, has emerged as an important source of genetic variation. The genetic history and the extraordinary morphological, physiological and behavioral variation of dogs, make them an ideal mammal in which to study the effects of CNV on biology and disease. The dog genome revealed the existence of more than one thousand of CNV that overlap ≈ 400 genes, which are enriched for defense/immunity, oxidoreductase, protease, receptor, signaling molecule and transporter genes. Furthermore, CNV can have significant impacts on a wide range of phenotypes including breed-definiting traits and showed to be appropriate markers to analyze genetic relationships between dog populations. This finding implies that most of the surveyed CNVs were present in the pool of canine breed founders. In order to understand the ancestral dog genome organization, we designed a high density custom 720K probes NimbleGen aCGH chip based on all known dog CNV and segmental duplication and genotyped 15 wolves from 11 populations, with a wide distribution (including Europe, Asia and America), 5 dogs (Dingo, Basenji, Beagle, Boxer and Dachshund) and three outgroups (red wolf, coyote and golden jackal). The dataset analyzed in this study allow us to identify selected CNV during early dog domestication.