Réconciliation entre les signaux d'adaptation à l'échelle micro-évolutive (les populations) et macro-évolutive (les espèces)

Un des défis majeurs en biologie évolutive est de pouvoir faire le lien entre les mécanismes qui permettent l'adaptation à l'échelle des populations, et la diversité des formes et des fonctions observées dans le vivant. Dans une récente étude parue dans la revue PNAS, Thibault Latrille, Nicolas Rodrigue et Nicolas Lartillot ont finalement démontré que les méthodes permettant de détecter l'adaptation utilisée par les généticien.ne.s des populations, et celles utilisées par les phylogénéticien.ne.s trouvaient des résultats concordants chez les mammifères. Ils expliquent cette réconciliation à la fois par l'utilisation d'un jeu de données plus complet et plus large, mais aussi par une meilleure modélisation des processus non-adaptatifs.

Publié le 15 mars 2023

Créer un pont entre la micro-évolution (ce qui façonne la variation génétique au sein des populations et comment cela contribue à l'adaptation à court terme) et la macro-évolution (comment les espèces se sont diversifiées et adaptées à divers environnements) reste un défi majeur des sciences de l'évolution. Ce cloisonnement est particulièrement visible pour les méthodes actuelles en bio-informatiques qui cherchent à détecter de l'adaptation génétique: certaines de ces méthodes se concentrent sur une échelle de temps courte (en utilisant la génétique des populations, par exemple les populations humaines), d'autres sur une échelle de temps longue (utilisant les phylogénies, par exemple, à travers les mammifères). Ainsi, il y a toujours une déconnexion de l'ensemble de ces méthodes et jusqu'à présent, elles ne sont pas d'accord entre elles. Dans notre étude, nous détectons les gènes et les sites qui montrent des signatures d'adaptation à l’échelle des mammifères. Ensuite nous montrons que ces gènes et sites sont aussi sous adaptation dans différentes populations (vache, chèvre, cheval, mouton, chien, singe vert et humain). Tout en apportant une confirmation mutuelle des deux approches, nos travaux ouvrent la voie à une intégration méthodologique plus poussée entre génomique micro- et macro-évolutive.

Lien vers l'article : https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2214977120

Thibault Latrille et Nicolas Lartillot