Miele Vincent
Ingénieur de recherche
CNRS
I am working in CNRS @ Biometry and Evolutionary Biology Lab. With a background in mathematics and computer science, I am involved in projects in ecology, on two main axes :
Ecological networks
- analysing original datasets
- proposing new methodological developments
- helping non specialists (see this "quick tips" paper) ;
Ecology & machine learning : as a leader of the imaginecology initiative (see imaginecology website)
- developping computer vision approaches
- co-leading the DeepFaune project)
- sharing knowledge with ecologists.
I am almost 100% degooglized, but you can still have a look at my scholar profile.
Project member :
- BIODIVERSA BigPicture 2024-2030
- FEDER Herbiland 2023-2027
- ANR EcoNet 2019-2024
- ANR FuturePred 2019-2022
- ANR Horizon 2018-2022
- ANR Colib’read 2012-2016
- ANR Ancestrome 2011-2016
- ANR NeMo 2007-2011
Board member
- GdR EcoStat 2019-
- CNRS AISSAI (AI for Science, Science for AI) 2022-
- IXXI 2021-
- Groupe Calcul 2009-2017
- LyonCalcul (co-founder) 2012-2016
- CCIS/COCIN (CNRS) 2012-2015
- SMAI MAIRCI 2013-2015
Reviewer :
- Journal of Statistical Software
- Annals of statistics
- Journal of The Royal Society Interface
- Journal of the American Statistical Association
- PLoS Biology
- PCI Ecology
- The American Naturalist
- Biology Letters
- Scientific Reports
- Science Advances
- IEEE Transactions on Signal and Information Processing over Networks
- Frontiers in Ecology and Evolution
- Biological reviews
- Mammalian Biology
- Ecological Informatics
- PLoS ONE
- Bioinformatics
- TCBB
- Ecological Modelling
- Functional Ecology
Jury member :
- INRA IRE01, 2022 (président)
- HCERES MISTEA, 2020
- INRA IRE01, 2018 (président)
- UGA IGE, 2017
- CNRS IR43, 2017
- INRA CEI, 2017
- CNRS IE 13INSMI03, 2013
- INRA IRE12, 2012
- INRA IRE05, 2011
- INRA IRE01, 2009
- CNRS IE 155, 2008
Organizing commitee :
- réunion GDR EcoStat, Septembre 2023
- imaginecology2 workshop, Septembre 2022
- imaginecology workshop, Novembre 2020
- ANF R pour le calcul, Octobre 2015
- Ecole Rhône-Alpes ARC6 Découverte du calcul, Septembre 2013
- Mini-Symposium SMAI 2013 MAT4NET Mathématiques pour l’analyse de grands réseaux, Juin 2013
- ANF Programmation hybride, Octobre 2012
- CEMRACS, Méthodes numériques et algorithmes pour architectures hautes performances, Summer 2012 (le reportage de France3 ici)
- Journées du groupe Calcul , November 2010.
- Le coté Calcul de Jobim , June 2009.
- Mathematics for Biological Networks , December 2007
- European Conference on Computational Biology, September 2003
Here (c) means "co-supervision"
- Gaspard Dussert (c), Doc, DeepFaune project, 2022-25
- Robenson Mondelice, M2 Ingénieur, Télédétection et machine learning, 2024
- Rémi Legrand (c), M2 Bioinformatique, Analyse de réseaux temporels, 2024
- Romane Giard, Lucy Atwood (c), M2 Maths en action, Deep embeddings for camera traps, 2023
- Elias Chetouane, M2 Informatique et Données, Deep learning for camera traps, 2022
- Marine Desprez (c) , Post Doc, Machine learning in ecology, 2022
- Bastien Payre, M2 Maths en action, Deep learning et séquences d'images, 2021
- Nathan Levray, M2 Maths en action, Higher order networks, 2021
- Noa Rigoudy (c), ENS Lyon, Deep learning for camera traps, 2021
- Julien Bonnier (c), M2 BEE, Reconnaissance des pollens, 2021
- Giusseppe Capizzi, M2 Data Science, Machine learning for botanics, 2020-21
- Christophe Botella (c), Post Doc, Graph embeddings, 2020-21
- Thibault Genissel (c), ENS Lyon, Réseaux de contact entre ongulés, 2020
- Gaspard Dussert, ENSTA, imaginecology, 2019
- Claire Gayral, M2 Maths en action, Algorithme EM classifiant dans dynSBM, 2018
- Gonché Danesh (c), M2 Bioinformatique, Simulation de HTT, 2017
- Florent Tessier, M2 Bioinformatique, Génomique comparative du manchot, 2015
- Mamadou Dione, M2 Mathématiques, Etude de la température corporelle des marmottes en lien avec les conditions climatiques, 2014
- Camille Marchet (c), Software Engineer INRIA Bamboo, 2013-2014
- Thomas Bigot (c), Software Engineer ANR Ancestrome, 2013-2015
- Mathilde Boutigny, M1 Ingénieur, Développement du package kissplice2reftranscriptome, 2014
- Alice Julien (c), Software Engineer INRIA Bamboo, 2012-2013
- Patrick Tran Van, L3 UCBL, Intégration de programmes de calcul dédiés aux NGS dans le système GALAXY, 2012
- Vincent Lanore, M1 ENS Info, Hybrid parallel computing applied to DNA processing, 2011
- Aurélie Siberchicot (c), CDD ANR, 2010-11 (C++ development manager)
- Marie Jorandon, M1 INAPG, Etude statistique de données NGS sur l’espacement des nucléosomes, 2009
- Laurent Modolo, L3 UCBL Bio, Packaging d’une application de recherche de motifs, 2008
- deepfaune Automatic identification of the French fauna in camera-trap images
Collaboration with Simon Chamaillé-Jammes et Bruno Spataro - econetwork A collection of advanced tools, methods and models for the analysis of ecological networks,
Collaboration with EcoNet group - dynsbm Dynamic stochastic block models,
Collaboration with C.Matias - HiFiX + SiLiX Ultra-fast + High Fidelity Clustering of sequences,
efficent parallel algorithms + network science.
Collaboration with L.Duret, D.Kahn, V.Daubin & S.Penel
- 2023- : Ingenieur de Recherche CNRS hors classe, Laboratory Biometry and Evolutionary Biology (U.Lyon)
- 2017-2022 : Ingenieur de Recherche CNRS 1ère classe, Laboratory Biometry and Evolutionary Biology (U.Lyon)
- 2008-2016 : Ingenieur de Recherche CNRS 2nd classe, Laboratory Biometry and Evolutionary Biology (U.Lyon)
- 2001-2007 : Ingenieur de Recherche CNRS 2nd classe, Laboratory Statistics and Genome (U.Evry)
- 2000 : Ingénieur "Grandes écoles" Mathematics and Modelling - (Polytech Clermond-Ferrand)
- 2000 : Master Applied Mathematics (U.Clermont Auvergne)
Publications
Affichage des publications 31 à 51 sur 51 au total
Spatially constrained clustering of ecological networks
Methods in Ecology and Evolution . 5 ( 8 ) : 771-779
Article dans une revue
voir la publicationFast and Parallel Algorithm for Population-Based Segmentation of Copy-Number Profiles
Lecture Notes in Computer Science . 8452 : 248-258
Article dans une revue
voir la publicationNavigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
WABI 2014 - 14th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 8701 : 82-96
Acte de congrès
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationFast and parallel algorithm for population-based segmentation of copy-number profiles
10. International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB) . 8452 : 275 p.
Acte de congrès
voir la publicationToward community standards in the quest for orthologs
Bioinformatics . 28 ( 6 ) : 900-904
Article dans une revue
voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
Article dans une revue
voir la publicationUltra-fast sequence clustering from similarity networks with SiLiX
BMC Bioinformatics . 12(116) : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationStrategies for online inference of model-based clustering in large and growing networks
Annals of Applied Statistics . 4 ( 2 ) : 687-714
DOI: 10.1214/10-AOAS359
Article dans une revue
voir la publicationDeciphering the connectivity structure of biological networks using MixNet
BMC Bioinformatics . 10 : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationDeciphering the connectivity structure of biological networks using MixNet
BMC Bioinformatics . in press : 1-1
Article dans une revue
voir la publicationDeciphering the connectivity structure of biological networks using MixNet
BMC Bioinformatics . 10 : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationDNA physical properties determine nucleosome occupancy from yeast to fly
Nucleic Acids Research . 36 : 3746-3756
Article dans une revue
voir la publicationTaking into account missing genotypes and errors in Family Based Association Testing using an Expectation-Maximization framework
incollection . -- : 508-514
Article dans une revue
voir la publicationFast online graph clustering via Erdos–Rényimixture
Pattern Recognition . 41 : 3592-3599
Article dans une revue
voir la publicationDNA physical properties determine nucleosome occupancy from yeast to fly.
Nucleic Acids Research . 36 ( 11 ) : 3746-56
DOI: 10.1093/nar/gkn262
Article dans une revue
voir la publicationDNA sequence drives nucleosome occupancy of yeast promoters
incollection . -- : 2783-2784
Article dans une revue
voir la publicationUncovering structure in biological networks
incollection . -- : 471-483
Article dans une revue
voir la publicationA reversible jump Markov chain Monte Carlo algorithm for bacterial promoter motifs discovery
Journal of Computational Biology . 13 ( 3 ) : 651-667
Article dans une revue
voir la publicationA reversible jump Markov chain Monte Carlo algorithm for bacterial promoter motifs discovery
Journal of Computational Biology . 13 : 651-667
Article dans une revue
voir la publicationseq++: a package for biological sequences analysis with a range of Markov-related models
Bioinformatics . 21 : 2783-2784
Article dans une revue
voir la publication