Je suis étudiant en thèse dans le Cocon depuis 2019 au LBBE. Je suis supervisé par Eric Tannier et Vincent Daubin

Recherche

Je m'intéresse à la construction de modèle et de méthodes probabiliste pour la phylogénie. Notamment autour de la réconciliation phylogénétique que j'essaie d'étendre pour regrouper les approches hôte/symbiote et gènes/espèces. 

Je m'intéresse également aux propriétés théoriques de la réconciliation, et à Helicobacter pylori, une bactérie qui aurait suivi l'homme dans ces migrations anciennes.

Enseignement

J'enseigne l'informatique et les statistiques au département de génie biologique à l'IUT de l'Université Lyon 1. 

Publications

S. Penel, H. Menet, T. Tricou, V. Daubin, E. Tannier, Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation, Bioinformatics, 2022

H. Menet, V. Daubin, E. Tannier, Phylogenetic reconciliation, preprint, HAL, 2021

Logiciels

TALE : Three level Amalgamated Likelihood Estimation, Estimateur Trois niveaux de Vraisemblance Amalgamé, implémentation d'une méthode 3 niveaux de réconciliation, intégrant hôte, symbionte et gènes.

Thirdkind : logiciel développé par Simon Penel pour afficher graphiquement des réconciliations, traduisant une entrée en Recphyloxml en svg.