Domaines de recherche
Je suis biologiste de l’évolution, utilisant et développant des outils bioinformatiques pour explorer différentes questions macro-évolutives. Mes principaux projets actuels sont listés ci-dessous.
Exploration des lignées fantômes
En première approximation, toutes les espèces sont éteintes » (D. Raup). Et la plupart de celles qui ne le sont pas sont inconnues ! Pourtant, lorsque des processus évolutifs comme l’introgression, le transfert horizontal de gènes ou l’endosymbiose sont étudiés, il est habituel de négliger cette diversité dite « fantôme ». Mes recherches visent à remettre ces lignées inconnues au centre des analyses en biologie évolutive. Non seulement pour comprendre l'impact qu'elles ont sur notre capacité à correctement étudier certains processus évolutifs comme les flux de gènes mais aussi pour tenter de les quantifier, de les caractériser, et de les placer dans l'arbre du vivant.
Voici quelques résultats récents sur ces questions (issus des thèses de Théo Tricou et Enzo Marsot) :
Impact des lignées fantômes
Tannier E., Tricou T., Benali S., de Vienne D.M. HGTs are not SPRs: In the presence of ghost lineages, series of Horizontal Gene Transfers do not result in series of Subtree Pruning and Regrafting. BiorXiv.
Tricou T., Tannier E., de Vienne D.M. 2024. Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”. Plos Biology. 22:e3002557.
Détection des lignées fantômes
Développement d'outils pour la phylogénomique
Dans le passé, j’ai développé différents outils pour comparer des arbres phylogénétiques (l’indice Icong) ou pour explorer des forêts d’arbres de gènes (Phylo-MCOA). Récemment, en collaboration avec des collègues de Lyon et Montpellier, j’ai développé PhylteR, un nouvel outil pour identifier les séquences aberrantes dans les jeux de données phylogénomiques, ou encore Zombi, un simulateur d’évolution de génomes prenant en compte les lignées fantômes.
Visualisation de phylogénies : des petits arbres aux arbres gigantesques
Je m’intéresse à de nouvelles façons de visualiser les relations évolutives entre espèces. Mon principal projet dans ce domaine est Lifemap (https://lifemap.cnrs.fr), un outil populaire permettant d’explorer l’Arbre du vivant à la manière des cartes géographiques. C'est une taxonomie de plus de 2,1 millions d’espèces (taxnonomie du NCBI) qui est ainsi explorable de façon interactive et intuitive. Utilisé par ~20 000 utilisateurs par mois, Lifemap est présenté dans certaines expositions, et utilisé pour la recherche et pour l’enseignement à tous les niveaux.
D'autres travaux de visualisation sont aussi listés ci-dessous :
de Vienne D.M. 2016. Lifemap: exploring the entire tree of life. PLoS biology. 14:e2001624.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 43 au total
multistrap: boosting phylogenetic analyses with structural information
Nature Communications . 16 ( 1 ) : 293
Article dans une revue
voir la publicationBiais et faux semblants dans les études co-phylogénétiques : problèmes ou opportunités ?
Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”
PLoS Biology . 22 ( 3 ) : e3002557
Article dans une revue
voir la publicationEndoparasitoid lifestyle promotes endogenization and domestication of dsDNA viruses
eLife . 12 : e85993
DOI: 10.7554/eLife.85993
Article dans une revue
voir la publicationPhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 11 ) : msad234
Article dans une revue
voir la publicationVers une représentation sonore des arbres phylogénétiques
16ème Congrès Français d'Acoustique, CFA2022 .
Acte de congrès
voir la publicationtidy tree : A New Layout for Phylogenetic Trees
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 10 ) : msac204
Article dans une revue
voir la publicationGhost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow
PLoS Biology . 20 ( 9 ) : e3001776
Article dans une revue
voir la publicationGhost lineages highly influence the interpretation of introgression tests
Systematic Biology . 71 ( 5 ) : 1147–1158
Article dans une revue
voir la publicationGlobal survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot
PLoS Genetics . 15 ( 2 ) : e1007965
Article dans une revue
voir la publicationL'arbre du vivant
101 secrets de l'adn . 978-2-271-12323-7 : 358
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationZombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages
Bioinformatics .
Article dans une revue
voir la publicationTanglegrams Are Misleading for Visual Evaluation of Tree Congruence
Molecular Biology and Evolution . 36 ( 1 ) : 174-176
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data
BMC Evolutionary Biology . 18 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence de deux espèces cryptiques de chauves-souris en Guyane française : apprentissages à partir de la génétique de l’acoustique et de l’écologie
Plume de Naturalistes . 2 : 169-190
Article dans une revue
voir la publicationCo-occurrence among three divergent plant-castrating fungi in the same Silene host species
Molecular Ecology . 27 ( 16 ) : 3357 - 3370
DOI: 10.1111/mec.14805
Article dans une revue
voir la publicationOvertraining often results in topologically incorrect species trees with maximum likelihood methods
DOI: 10.1101/140780
Pré-publication
voir la publicationMultiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 2000
Article dans une revue
voir la publicationTanglegrams are misleading for visual evaluation of tree congruence
Pré-publication
voir la publicationPitfalls in supermatrix phylogenomics
European Journal of Taxonomy . 283 : 1-25
DOI: 10.5852/ejt.2017.283
Article dans une revue
voir la publicationSONIFICATION OF PHYLOGENETIC TREES: LISTENING TO EVOLUTION
Journées d'Informatique Musicale (JIM) 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
Article dans une revue
voir la publicationLifemap: Exploring the Entire Tree of Life
PLoS Biology . 14 ( 12 )
Article dans une revue
voir la publicationSex and evolution
Handbook of Evolutionary Thinking in the Sciences . 978-94-017-9013-0 : 499--507
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDegeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi
Molecular Biology and Evolution . 32 ( 4 ) : 928-943
Article dans une revue
voir la publicationFungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes
Molecular Ecology . 23 ( 4 ) : 753-773
DOI: 10.1111/mec.12631
Article dans une revue
voir la publicationMassive gene swamping among cheese-making Penicillium fungi
Microbial Cell .
Article dans une revue
voir la publicationHigh Variability of Mitochondrial Gene Order among Fungi
Genome Biology and Evolution . 6 ( 2 ) : 451-465
DOI: 10.1093/gbe/evu028
Article dans une revue
voir la publication