GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 1400 au total
Particular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions
Peer Community Journal . 5 : e63
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voir la publicationPrehistoric genomes from Yunnan reveal ancestry related to Tibetans and Austroasiatic speakers
Science . 388
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voir la publicationMaternal genetic origin of Chao Lay coastal maritime populations from Thailand
BMC Biology . 23
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voir la publicationNeanderthal adaptive introgression shaped LCT enhancer region diversity without linking to lactase persistence in East Asian populations
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 122 ( 11 ) : e2404393122
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voir la publicationFaithful Interpretation of Protein Structures through Weighted Persistent Homology Improves Evolutionary Distance Estimation
Molecular Biology and Evolution . 42 ( 2 )
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voir la publicationExploring endogenous retroviruses in ruminant genomes: They might not be all dead after all
Bioinformatics and Evolutionary Genomics (ALPHY = ALignments and PHYlogeny) .
Poster
voir la publicationA genome-wide study of ruminants uncovers two endogenous retrovirus families recently active in goats
Mobile DNA . 16 ( 1 ) : 4
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voir la publicationExploring the role of transposable elements to sex gap in longevity in Drosophila species
Pré-publication
voir la publicationAllostery and Evolution: A Molecular Journey Through the Structural and Dynamical Landscape of an Enzyme Super Family
Molecular Biology and Evolution . 42 ( 1 )
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voir la publicationPRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids fish
PLoS Biology . 23 ( 1 ) : e3002950
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voir la publicationVariation in the fitness impact of translationally optimal codons among animals
Genome Research . 35 ( 3 ) : 446-458
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voir la publicationThe Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
Science . 387 ( 6734 ) : 630-636
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voir la publicationOut-of-Africa migration and clonal expansion of a recombinant Epstein-Barr virus drives frequent nasopharyngeal carcinoma in southern China
National Science Review . 12
DOI: 10.1093/nsr/nwae438
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voir la publicationGenome Streamlining: Effect of Mutation Rate and Population Size on Genome Size Reduction
Genome Biology and Evolution . 16
DOI: 10.1093/gbe/evae250
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voir la publicationEnumeration of minimal transversals of hypergraphs of bounded VC-dimension
Pré-publication
voir la publicationComplexity and algorithms for Swap median and relation to other consensus problems
Pré-publication
voir la publicationEfficient enumeration of maximal split subgraphs and induced sub-cographs and related classes
Discrete Applied Mathematics . 345 : 34-51
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voir la publicationMetabolic modelling links Warburg effect to collagen formation, angiogenesis and inflammation in the tumoral stroma
PLoS ONE . 19 ( 12 ) : e0313962
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voir la publicationModelling energy metabolism dysregulations in neuromuscular diseases: A case study of calpainopathy
Heliyon . 10 ( 24 ) : e40918
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voir la publicationDivergence in expression of a singing-related neuro-plasticity gene in the brains of two Ficedula flycatchers and their hybrids
G3 .
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voir la publicationMonitoring biodiversity of an alpine watershed using eDNA metabarcoding and ecological surveys: a collaborative work between students, scientists and citizens
Biennial meeting of the French Society of Ecology and Evolution .
Poster
voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Pré-publication
voir la publicationEffective population size does not explain long-term variation in genome size and transposable element content in animals
eLife .
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voir la publicationFrom Inquilines to Gall Inducers: Genomic Signature of a Life-Style Transition in Synergus Gall Wasps
Genome Biology and Evolution . 12 : 2060 - 2073
DOI: 10.1093/gbe/evaa204
Article dans une revue
voir la publicationHijackers, hitchhikers, or co-drivers? The mysteries of mobilizable genetic elements
PLoS Biology . 22 ( 8 ) : e3002796
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voir la publicationA type IVB secretion system contributes to the pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis strains responsible for the Far East scarlet-like fever
Pré-publication
voir la publicationEvo‐Scope : Fully automated assessment of correlated evolution on phylogenetic trees
Methods in Ecology and Evolution . 15 ( 2 ) : 282 - 289
Article dans une revue
voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis.
RecomBern .
Acte de congrès
voir la publicationHigh prevalence of Prdm9-independent recombination hotspots in placental mammals
Probabilistic Modeling in Genomics Conference : ProbGen 2024 .
Acte de congrès
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