GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Publications
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Hybrid modelling to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
BIOSTEC 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationMutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
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voir la publicationGeometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
International Conference on System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationSpecial Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”
Processes . 10 ( 8 ) : 1612
DOI: 10.3390/pr10081612
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voir la publicationHybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms
Hybrid models and methods in systems medicine .
Acte de congrès
voir la publicationMod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants
Meetochondrie .
Acte de congrès
voir la publicationNeural Networks beyond explainability: Selective inference for sequence motifs
Pré-publication
voir la publicationGenes and sites under adaptation at the phylogenetic scale also exhibit adaptation at the population-genetic scale
Pré-publication
voir la publicationThe birth-death diffusion leading to present-day Mammal diversity
Pré-publication
voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
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voir la publicationThe era of reference genomes in conservation genomics
Trends in Ecology and Evolution . 37 ( 3 ) : 197-202
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voir la publicationMycobacterium tuberculosis genetic features associated with pulmonary tuberculosis severity
International Journal of Infectious Diseases . 125 : 74-83
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voir la publicationBrumiR: A toolkit for de novo discovery of microRNAs from sRNA-seq data
GigaScience . 11
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voir la publicationPopulation designations in biomedical research: limitations and perspectives
HLA: Immune Response Genetics .
DOI: 10.1111/tan.14852
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voir la publicationModelling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
Pré-publication
voir la publicationCodiversification of gut microbiota with humans
Science . 377 ( 6612 ) : 1328-1332
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voir la publicationThe era of reference genomes in conservation genomics
Trends in Ecology & Evolution . 37 ( 3 ) : 197-202
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voir la publicationThe era of reference genomes in conservation genomics
Trends in Ecology & Evolution .
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voir la publicationProtein conformational space at the edge of allostery: turning a nonallosteric malate dehydrogenase into an “allosterized” enzyme using evolution-guided punctual mutations
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 9 ) : msac186
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voir la publicationGOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements
Pré-publication
voir la publicationAn Improved Codon Modeling Approach for Accurate Estimation of the Mutation Bias
Molecular Biology and Evolution . 39
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voir la publicationIdentifying the best approximating model in Bayesian phylogenetics: Bayes factors, cross-validation or wAIC?
Pré-publication
voir la publicationPhyloformer: towards fast and accurate phylogeny estimation with self-attention networks
Pré-publication
voir la publicationEfficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations
Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16
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voir la publicationTotoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations
Frontiers in Genetics . 13 : 1-12
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voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
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voir la publicationCALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS
Bioinformatics .
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voir la publicationA divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea
BMC Ecology and Evolution . 22 ( 1 ) : 1-12
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voir la publicationLong-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
Genome Research . 32 ( 2 ) : 280-296
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