GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 1378 au total
The porphyran degradation system is complete, phylogenetically and geographically diverse across the gut microbiota of East Asian populations
Pré-publication
voir la publicationParticular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions
Pré-publication
voir la publicationSmall ruminants versus endogenous retroviruses: an evolutive showdown still in progress in the domestic goat genome
International congress on transposable elements .
Poster
voir la publicationComputing Thermodynamically Consistent Elementary Flux Modes with Answer Set Programming
CMSB 2024 - 22nd International Conference Computational Methods in Systems Biology . LNCS-14971 : 80-88
Acte de congrès
voir la publicationA genome-wide study of ruminants reveals two endogenous retrovirus families still active in goats
Pré-publication
voir la publicationSMBE Secretary’s Report
Molecular Biology and Evolution . 41 ( 6 )
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voir la publicationLook4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats
Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8
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voir la publicationDiversité et diversification des Pectobacteriaceae, une famille de bactéries phytopathogènes d’importance mondiale
Cahiers Scientifiques de la Fondation Pierre Vérots . ( 10 ) : 19-29
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voir la publicationISMB/ECCB 2023 organization benefited from the strengths of the French bioinformatics community
Bioinformatics Advances . 4 ( 1 ) : vbae040
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voir la publicationBradyrhizobium hardenbergiae sp. nov., isolated from Hardenbergia violacea in Australia, represents a novel basal lineage of the B. elkanii supergroup
Pré-publication
voir la publicationA Wright–Fisher graph model and the impact of directional selection on genetic variation
Theoretical Population Biology . 159 : 13-24
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voir la publicationInvestigating demic versus cultural diffusion and sex bias in the spread of Austronesian languages in Vietnam
PLoS ONE . 19 ( 6 ) : e0304964
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voir la publicationComplete mitochondrial genomes of patients from Thailand with cardiovascular diseases
PLoS ONE . 19 ( 7 ) : e0307036
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voir la publicationGTDrift: a resource for exploring the interplay between genetic drift, genomic and transcriptomic characteristics in eukaryotes
NAR Genomics and Bioinformatics . 6 ( 2 ) : lqae064
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voir la publicationLogic programming-based Minimal Cut Sets reveal consortium-level therapeutic targets for chronic wound infections
npj Systems Biology and Applications . 10 ( 1 ) : 34
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voir la publicationRegulatory and evolutionary impact of DNA methylation in two songbird species and their naturally occurring F1 hybrids
BMC Biology . 22 ( 1 ) : 124
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voir la publicationHigh prevalence of PRDM9-independent recombination hotspots in placental mammals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 121 ( 23 ) : e2401973121
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voir la publicationPersistent homology reveals strong phylogenetic signal in 3D protein structures
PNAS Nexus . 3 ( 4 ) : 158
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voir la publicationThe genetic legacy of the expansion of Bantu-speaking peoples in Africa
Nature . 625 ( 7995 ) : 540–547
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voir la publicationPRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids
Pré-publication
voir la publicationThe role of recombination dynamics in shaping signatures of direct and indirect selection across the Ficedula flycatcher genome
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 291 ( 2015 ) : 20232382
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voir la publicationEvidence that genetic drift not adaptation drives fast‐Z and large‐Z effects in Ficedula flycatchers
Molecular Ecology . : e17262
DOI: 10.1111/mec.17262
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voir la publicationDescription of a new genus of the Pectobacteriaceae family isolated from water in coastal brackish wetlands of the French Camargue region, Prodigiosinella gen. nov., including the new species Prodigiosinella aquatilis sp. nov
Systematic and Applied Microbiology . 47 ( 2-3 ) : 126497
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voir la publicationMicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation
International Journal of Molecular Sciences . 25 ( 2 ) : 880
DOI: 10.3390/ijms25020880
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voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
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voir la publicationRandom genetic drift sets an upper limit on mRNA splicing accuracy in metazoans
eLife . 13 : RP93629
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voir la publicationImbalanced speciation pulses sustain the radiation of mammals
Science . 384 ( 6699 ) : 1007-1012
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voir la publicationTransposable element expression with variation in sex chromosome number: insights into a toxic Y effect on human longevity
Peer Community In Genomics .
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voir la publicationMacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes
Peer Community Journal . 3 : e28
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voir la publicationChance Favors the Prepared Genomes: Horizontal Transfer Shapes the Emergence of Antibiotic Resistance Mutations in Core Genes
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 10 ) : msad217
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