Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 18
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Directeur de recherche
CNRS
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Stagiaire
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 1098 au total
Origin and evolution of Inhibitors of apoptosis (IAP) in early metazoans
Conférences Jacques-Monod .
Poster
voir la publicationCushion plants in the Alps are swarming with invertebrate life
Alpine Botany .
Article dans une revue
voir la publicationAn ancient regulatory variant of ACSF3 influences the coevolution of increased human height and basal metabolic rate via metabolic homeostasis
Cell Genomics . 5 : 100855
Article dans une revue
voir la publicationParticular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions
Peer Community Journal . 5 : e63
Article dans une revue
voir la publicationPrehistoric genomes from Yunnan reveal ancestry related to Tibetans and Austroasiatic speakers
Science . 388
Article dans une revue
voir la publicationMaternal genetic origin of Chao Lay coastal maritime populations from Thailand
BMC Biology . 23
Article dans une revue
voir la publicationNeanderthal adaptive introgression shaped LCT enhancer region diversity without linking to lactase persistence in East Asian populations
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 122 ( 11 ) : e2404393122
Article dans une revue
voir la publicationFaithful Interpretation of Protein Structures through Weighted Persistent Homology Improves Evolutionary Distance Estimation
Molecular Biology and Evolution . 42 ( 2 )
Article dans une revue
voir la publicationExploring endogenous retroviruses in ruminant genomes: They might not be all dead after all
Bioinformatics and Evolutionary Genomics (ALPHY = ALignments and PHYlogeny) .
Poster
voir la publicationA genome-wide study of ruminants uncovers two endogenous retrovirus families recently active in goats
Mobile DNA . 16 ( 1 ) : 4
Article dans une revue
voir la publicationExploring the role of transposable elements to sex gap in longevity in Drosophila species
Pré-publication
voir la publicationAllostery and Evolution: A Molecular Journey Through the Structural and Dynamical Landscape of an Enzyme Super Family
Molecular Biology and Evolution . 42 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationPRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids fish
PLoS Biology . 23 ( 1 ) : e3002950
Article dans une revue
voir la publicationVariation in the fitness impact of translationally optimal codons among animals
Genome Research . 35 ( 3 ) : 446-458
Article dans une revue
voir la publicationThe Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
Science . 387 ( 6734 ) : 630-636
Article dans une revue
voir la publicationOut-of-Africa migration and clonal expansion of a recombinant Epstein-Barr virus drives frequent nasopharyngeal carcinoma in southern China
National Science Review . 12
DOI: 10.1093/nsr/nwae438
Article dans une revue
voir la publicationGenome Streamlining: Effect of Mutation Rate and Population Size on Genome Size Reduction
Genome Biology and Evolution . 16
DOI: 10.1093/gbe/evae250
Article dans une revue
voir la publicationDivergence in expression of a singing-related neuro-plasticity gene in the brains of two Ficedula flycatchers and their hybrids
G3 .
Article dans une revue
voir la publicationMonitoring biodiversity of an alpine watershed using eDNA metabarcoding and ecological surveys: a collaborative work between students, scientists and citizens
Biennial meeting of the French Society of Ecology and Evolution .
Poster
voir la publicationEffective population size does not explain long-term variation in genome size and transposable element content in animals
eLife .
Article dans une revue
voir la publicationFrom Inquilines to Gall Inducers: Genomic Signature of a Life-Style Transition in Synergus Gall Wasps
Genome Biology and Evolution . 12 : 2060 - 2073
DOI: 10.1093/gbe/evaa204
Article dans une revue
voir la publicationHijackers, hitchhikers, or co-drivers? The mysteries of mobilizable genetic elements
PLoS Biology . 22 ( 8 ) : e3002796
Article dans une revue
voir la publicationA type IVB secretion system contributes to the pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis strains responsible for the Far East scarlet-like fever
Pré-publication
voir la publicationEvo‐Scope : Fully automated assessment of correlated evolution on phylogenetic trees
Methods in Ecology and Evolution . 15 ( 2 ) : 282 - 289
Article dans une revue
voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis.
RecomBern .
Acte de congrès
voir la publicationHigh prevalence of Prdm9-independent recombination hotspots in placental mammals
Probabilistic Modeling in Genomics Conference : ProbGen 2024 .
Acte de congrès
voir la publicationThe characterization of ancient Methanococcales malate dehydrogenases reveals that strong thermal stability prevents unfolding under intense γ-irradiation
Molecular Biology and Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationPrevalence of PRDM9-dependent vs PRDM9-independent recombination hotspots in animals
RecomBern .
Acte de congrès
voir la publicationThe evolution of GC-biased gene conversion by means of natural selection
Pré-publication
voir la publication