Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Doctorante
UCBL
Tél : 0472448142
Ingénieur de recherche CDD
UCBL
Tél : 0472448142
Professeure des universités
UCBL
Tél : 330426234476
Doctorant
autre
Tél : 0472448142
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 330472446297
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 0472448560
Doctorante
UCBL
Tél : 0472448142
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 330472431167
Contrat à durée déterminée
EZUS
Tél : 0472448560
Doctorant
CNRS
Tél : 0472448560
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 330472448560
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 0472448487
Doctorant
CNRS
Tél : 0426234472
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 330472432918
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 0472448142
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 0472433582
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 330472446296
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 614 au total
A Bayesian Mutation–Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 3 ) : 1199-1208
Article dans une revue
voir la publicationUniversal probabilistic programming offers a powerful approach to statistical phylogenetics
Communications Biology . 4 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying the impact of changes in effective population size and expression level on the rate of coding sequence evolution
Theoretical Population Biology . 142 : 57-66
Article dans une revue
voir la publicationInferring Long-Term Effective Population Size with Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4573-4587
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the History of Variation in Effective Population Size along Phylogenies
Genome Biology and Evolution . 13 ( 8 )
DOI: 10.1093/gbe/evab150
Article dans une revue
voir la publicationLong-Lived Species of Bivalves Exhibit Low MT-DNA Substitution Rates
Frontiers in Molecular Biosciences . 8
Article dans une revue
voir la publicationNatural Selection beyond Life? A Workshop Report
Life . 11 ( 10 ) : 1051
DOI: 10.3390/life11101051
Article dans une revue
voir la publicationThe Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab062
Article dans une revue
voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
Plos Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
Article dans une revue
voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
Plos Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors
Pré-publication
voir la publicationA Comprehensive Evolutionary Scenario of Cell Division and Associated Processes in the Firmicutes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 6 ) : 2396-2412
Article dans une revue
voir la publicationClimatic change and diet of the pre-Hispanic population of Gran Canaria (Canary Archipelago, Spain) during the Medieval Warm Period and Little Ice Age
Journal of Archaeological Science . 128 : 105336
Article dans une revue
voir la publicationResurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
Molecular Biology and Evolution . : 1-44
Article dans une revue
voir la publicationDILS: Demographic inferences with linked selection by using ABC
Molecular Ecology Resources .
Article dans une revue
voir la publicationComplete genome of Bradyrhizobium sp. strain BDV5419, representative of Australian genospecies L
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 8 ) : e00042-21
DOI: 10.1128/MRA.00042-21
Article dans une revue
voir la publicationComplete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain BDV5040, Representative of Widespread Genospecies B in Australia
Microbiology Resource Announcements . 10 ( 3 ) : e01326-20
DOI: 10.1128/MRA.01326-20
Article dans une revue
voir la publicationThe Molecular Determinants of Thermoadaptation: Methanococcales as a Case Study
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 5 ) : 1761–1776
Article dans une revue
voir la publicationSeaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation
Multiple Sequence Alignment . 2231 : 241-260
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationProbabilistic programming: a powerful new approach to statistical phylogenetics
Pré-publication
voir la publicationDetecting sex-linked genes using genotyped individuals sampled in natural populations
Pré-publication
voir la publicationEvolutionary plasticity of mating-type determination mechanisms in Paramecium aurelia sibling species
Genome Biology and Evolution . ( evaa258 )
DOI: 10.1093/gbe/evaa258
Article dans une revue
voir la publicationMetapopulation ecology links antibiotic resistance, consumption, and patient transfers in a network of hospital wards
eLife . 9
DOI: 10.7554/eLife.54795
Article dans une revue
voir la publicationA Sample-to-Report Solution for Taxonomic Identification of Cultured Bacteria in the Clinical Setting Based on Nanopore Sequencing
Journal of Clinical Microbiology . 58 ( 6 )
DOI: 10.1128/JCM.00060-20
Article dans une revue
voir la publicationDickeya poaceiphila sp. nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from sugar cane (Saccharum officinarum)
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 70 ( 8 ) : 4508-4514
Article dans une revue
voir la publicationExploring protein space: From hydrolase to ligase by substitution
Molecular Biology and Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationBedrock radioactivity influences the rate and spectrum of mutation
eLife . 9 : e56830
DOI: 10.7554/eLife.56830
Article dans une revue
voir la publicationHow consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?
Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298
Article dans une revue
voir la publicationThe Gauls experienced the Roman Warm Period: Oxygen isotope study of the Gallic site of Thézy-Glimont, Picardie, France
Journal of Archaeological Science: Reports . 34 : 102595
Article dans une revue
voir la publication