Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
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Tél : 04 72 44 84 87

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Stagiaire
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Doctorante
autre
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Professeure des universités
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Tél : 33 04 26 23 44 76
Stagiaire
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Stagiaire
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Doctorant
autre
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Stagiaire
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Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60

Doctorante
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67

Doctorant
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
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Stagiaire
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Directeur de recherche
CNRS
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Stagiaire
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44

Professeure des universités émérite
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Maître de conférences
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Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
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Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82

Stagiaire
UCBL
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Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96

Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Stagiaire
UCBL
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Stagiaire
UCBL
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Chercheur invité
UCBL
Stagiaire
UCBL
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Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 813 au total
Genes and sites under adaptation at the phylogenetic scale also exhibit adaptation at the population-genetic scale
Pré-publication
voir la publicationThe birth-death diffusion leading to present-day Mammal diversity
Pré-publication
voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
Article dans une revue
voir la publicationThe era of reference genomes in conservation genomics
Trends in Ecology and Evolution . 37 ( 3 ) : 197-202
Article dans une revue
voir la publicationPopulation designations in biomedical research: limitations and perspectives
HLA: Immune Response Genetics .
DOI: 10.1111/tan.14852
Article dans une revue
voir la publicationModelling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
Pré-publication
voir la publicationCodiversification of gut microbiota with humans
Science . 377 ( 6612 ) : 1328-1332
Article dans une revue
voir la publicationThe era of reference genomes in conservation genomics
Trends in Ecology & Evolution . 37 ( 3 ) : 197-202
Article dans une revue
voir la publicationThe era of reference genomes in conservation genomics
Trends in Ecology & Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationProtein conformational space at the edge of allostery: turning a nonallosteric malate dehydrogenase into an “allosterized” enzyme using evolution-guided punctual mutations
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 9 ) : msac186
Article dans une revue
voir la publicationGOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements
Pré-publication
voir la publicationAn Improved Codon Modeling Approach for Accurate Estimation of the Mutation Bias
Molecular Biology and Evolution . 39
Article dans une revue
voir la publicationIdentifying the best approximating model in Bayesian phylogenetics: Bayes factors, cross-validation or wAIC?
Pré-publication
voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
Article dans une revue
voir la publicationA divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea
BMC Ecology and Evolution . 22 ( 1 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationLong-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness
Genome Research . 32 ( 2 ) : 280-296
Article dans une revue
voir la publicationThe human gut microbiome and health inequities
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 ( 25 ) : e2017947118
Article dans une revue
voir la publicationNo evidence for female kin association, indications for extragroup paternity, and sex‐biased dispersal patterns in wild western gorillas
Ecology and Evolution . 11 ( 12 ) : 7634-7646
DOI: 10.1002/ece3.7596
Article dans une revue
voir la publicationElevated rates of horizontal gene transfer in the industrialized human microbiome
Cell . 184 ( 8 ) : 2053-2067.e18
Article dans une revue
voir la publicationChanges in the Human Gut Microbiota Associated With Colonization by Blastocystis sp. and Entamoeba spp. in Non-Industrialized Populations
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology . 11 : 533528
Article dans une revue
voir la publicationThe Molecular Determinants of Thermoadaptation: Methanococcales as a Case Study
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 5 ) : 1761–1776
Article dans une revue
voir la publicationDILS: Demographic inferences with linked selection by using ABC
Molecular Ecology Resources .
Article dans une revue
voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
Plos Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
Article dans une revue
voir la publicationSeaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation
Multiple Sequence Alignment . 2231 : 241-260
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationResurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
Molecular Biology and Evolution . : 1-44
Article dans une revue
voir la publicationStructural and functional analysis of the Francisella lysine decarboxylase as a key actor in oxidative stress resistance
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 972
Article dans une revue
voir la publicationNatural Selection beyond Life? A Workshop Report
Life . 11 ( 10 ) : 1051
DOI: 10.3390/life11101051
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying the impact of changes in effective population size and expression level on the rate of coding sequence evolution
Theoretical Population Biology . 142 : 57-66
Article dans une revue
voir la publicationInferring Long-Term Effective Population Size with Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 10 ) : 4573-4587
Article dans une revue
voir la publication