Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Membres

Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).

Évolution de l'architecture et de l'expression du génome

Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.

Phylogénomique

Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.

Enseignement et vulgarisation

Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).

Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !

Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.

Publications

Affichage des publications 1 à 30 sur 1074 au total

Neanderthal adaptive introgression shaped LCT enhancer region diversity without linking to lactase persistence in East Asian populations

Xixian Ma, Yan Lu, Mark Stoneking, Shuhua Xu

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 122 ( 11 ) : e2404393122

DOI: 10.1073/pnas.2404393122

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Faithful Interpretation of Protein Structures through Weighted Persistent Homology Improves Evolutionary Distance Estimation

Léa Bou Dagher, Dominique Madern, Philippe Malbos, Céline Brochier-Armanet

Molecular Biology and Evolution . 42 ( 2 )

DOI: 10.1093/molbev/msae271

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Exploring endogenous retroviruses in ruminant genomes: They might not be all dead after all

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

Bioinformatics and Evolutionary Genomics (ALPHY = ALignments and PHYlogeny) .

Poster

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A genome-wide study of ruminants uncovers two endogenous retrovirus families recently active in goats

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

Mobile DNA . 16 ( 1 ) : 4

DOI: 10.1186/s13100-024-00337-6

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Exploring the role of transposable elements to sex gap in longevity in Drosophila species

Miriam Merenciano, Sonia Janillon, Camille Mermet-Bouvier, Nelly Burlet, Valentina Rodriguez-Rada, Victor Ronget...

DOI: 10.1101/2025.01.22.634250

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Allostery and Evolution: A Molecular Journey Through the Structural and Dynamical Landscape of an Enzyme Super Family

Sandrine Coquille, Caroline Simões Pereira, Jennifer Roche, Gianluca Santoni, Sylvain Engilberge, Céline Brochier-Armanet...

Molecular Biology and Evolution . 42 ( 1 )

DOI: 10.1093/molbev/msae265

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PRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids fish

Marie Raynaud, Paola Sanna, Julien Joseph, Julie A. J. Clément, Yukiko Imai, Jean-Jacques Lareyre...

PLoS Biology . 23 ( 1 ) : e3002950

DOI: 10.1101/2024.03.06.583651

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Variation in the fitness impact of translationally optimal codons among animals

Florian Bénitière, Tristan Lefébure, Laurent Duret

Genome Research . 35 ( 3 ) : 446-458

DOI: 10.1101/gr.279837.124

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The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome

Carol Moraga, Catarina Branco, Quentin Rougemont, Paris Veltsos, Pavel Jedlička, Aline Muyle...

Science . 387 ( 6734 ) : 630-636

DOI: 10.1126/science.adj7430

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Out-of-Africa migration and clonal expansion of a recombinant Epstein-Barr virus drives frequent nasopharyngeal carcinoma in southern China

Xinyi Zhang, Yanhong Chen, Jingtong Liang, Yue Yang, Hui Chen, Zehui Chen...

National Science Review . 12

DOI: 10.1093/nsr/nwae438

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Genome Streamlining: Effect of Mutation Rate and Population Size on Genome Size Reduction

Juliette Luiselli, Jonathan Rouzaud-Cornabas, Nicolas Lartillot, Guillaume Beslon

Genome Biology and Evolution . 16

DOI: 10.1093/gbe/evae250

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Divergence in expression of a singing-related neuro-plasticity gene in the brains of two Ficedula flycatchers and their hybrids

David Wheatcroft, Niclas Backström, Ludovic Dutoit, S Eryn Mcfarlane, Carina Mugal, Mi Wang...

G3 .

DOI: 10.1093/g3journal/jkae293

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From Inquilines to Gall Inducers: Genomic Signature of a Life-Style Transition in Synergus Gall Wasps

Erik Gobbo, Nicolas Lartillot, Jack Hearn, Graham N Stone, Yoshihisa Abe, Christopher W Wheat...

Genome Biology and Evolution . 12 : 2060 - 2073

DOI: 10.1093/gbe/evaa204

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Hijackers, hitchhikers, or co-drivers? The mysteries of mobilizable genetic elements

Manuel Ares-Arroyo, Charles Coluzzi, Jorge A Moura de Sousa, Eduardo P C Rocha

PLoS Biology . 22 ( 8 ) : e3002796

DOI: 10.1371/journal.pbio.3002796

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A type IVB secretion system contributes to the pathogenicity of Yersinia pseudotuberculosis strains responsible for the Far East scarlet-like fever

Marion Lemarignier, Cyril Savin, Ines Ruedas Torres, Anne Derbise, Charles Coluzzi, Julien Burlaud-Gaillard...

DOI: 10.1101/2024.06.14.598817

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Evo‐Scope : Fully automated assessment of correlated evolution on phylogenetic trees

Maxime Godfroid, Charles Coluzzi, Amaury Lambert, Philippe Glaser, Eduardo P C Rocha, Guillaume Achaz

Methods in Ecology and Evolution . 15 ( 2 ) : 282 - 289

DOI: 10.1111/2041-210x.14190

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Bridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis.

Nicolas Lartillot, Alice Genestier, Laurent Duret

RecomBern .

Acte de congrès

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The characterization of ancient Methanococcales malate dehydrogenases reveals that strong thermal stability prevents unfolding under intense γ-irradiation

D Madern, Frédéric Halgand, Chantal Houée-Levin, A-B Dufour, S Coquille, S Ansanay-Alex...

Molecular Biology and Evolution . : msae231

DOI: 10.1093/molbev/msae231

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High prevalence of Prdm9-independent recombination hotspots in placental mammals

Laurent Duret, Julien Joseph, Djivan Prentout, Alexandre Laverré, Théo Tricou

Probabilistic Modeling in Genomics Conference : ProbGen 2024 .

Acte de congrès

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The characterization of ancient Methanococcales malate dehydrogenases reveals that strong thermal stability prevents unfolding under intense γ-irradiation

D Madern, Frédéric Halgand, Chantal Houée-Levin, A-B Dufour, S Coquille, S Ansanay-Alex...

Molecular Biology and Evolution .

DOI: 10.1093/molbev/msae231

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Prevalence of PRDM9-dependent vs PRDM9-independent recombination hotspots in animals

Laurent Duret

RecomBern .

Acte de congrès

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The Inca child of the Quehuar volcano: Stable isotopes clue to geographic origin and seasonal diet, with putative seaweed consumption

Eve Poulallion, Violeta Galván, Verónica Seldes, María Fernanda Zigarán, Gabriela Recagno Browning, François Fourel...

Journal of Archaeological Science: Reports . 59 : 104784

DOI: 10.1016/j.jasrep.2024.104784

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Look4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats

Anthony B. Garza, Emmanuelle Lerat, Hani Z. Girgis

Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8

DOI: 10.1186/s13100-024-00317-w

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The porphyran degradation system is complete, phylogenetically and geographically diverse across the gut microbiota of East Asian populations

Laure Ségurel, Thirumalai Selvi Ulaganathan, Sophie Mathieu, Mélanie Touvrey, Laurent Poulet, Sophie Drouillard...

DOI: 10.1101/2023.03.30.534863

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Particular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions

Marie Verneret, van Anthony Le, Thomas Faraut, Jocelyn Turpin, Emmanuelle Lerat

DOI: 10.1101/2024.09.25.614865

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Small ruminants versus endogenous retroviruses: an evolutive showdown still in progress in the domestic goat genome

Marie Verneret, Caroline Leroux, Vincent Navratil, Thomas Faraut, Jocelyn Turpin, Emmanuelle Lerat

International congress on transposable elements .

Poster

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A genome-wide study of ruminants reveals two endogenous retrovirus families still active in goats

Marie Verneret, Caroline Leroux, Thomas Faraut, Vincent Navratil, Emmanuelle Lerat, Jocelyn Turpin

DOI: 10.1101/2024.06.21.600049

Pré-publication

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