Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Doctorante
UCBL
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 18
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Directeur de recherche
CNRS
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 1110 au total
Persistent homology reveals strong phylogenetic signal in 3D protein structures
PNAS Nexus . 3 ( 4 ) : 158
Article dans une revue
voir la publicationThe genetic legacy of the expansion of Bantu-speaking peoples in Africa
Nature . 625 ( 7995 ) : 540–547
Article dans une revue
voir la publicationPRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids
Pré-publication
voir la publicationThe role of recombination dynamics in shaping signatures of direct and indirect selection across the Ficedula flycatcher genome
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 291 ( 2015 ) : 20232382
Article dans une revue
voir la publicationDescription of a new genus of the Pectobacteriaceae family isolated from water in coastal brackish wetlands of the French Camargue region, Prodigiosinella gen. nov., including the new species Prodigiosinella aquatilis sp. nov
Systematic and Applied Microbiology . 47 ( 2-3 ) : 126497
Article dans une revue
voir la publicationMicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation
International Journal of Molecular Sciences . 25 ( 2 ) : 880
DOI: 10.3390/ijms25020880
Article dans une revue
voir la publicationRandom genetic drift sets an upper limit on mRNA splicing accuracy in metazoans
eLife . 13 : RP93629
Article dans une revue
voir la publicationImbalanced speciation pulses sustain the radiation of mammals
Science . 384 ( 6699 ) : 1007-1012
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element expression with variation in sex chromosome number: insights into a toxic Y effect on human longevity
Peer Community In Genomics .
Article dans une revue
voir la publicationMacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes
Peer Community Journal . 3 : e28
Article dans une revue
voir la publicationChance Favors the Prepared Genomes: Horizontal Transfer Shapes the Emergence of Antibiotic Resistance Mutations in Core Genes
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 10 ) : msad217
Article dans une revue
voir la publicationThe evolution of GC-biased gene conversion by means of natural selection
ETEE'2023: Empiricism & Theory in Ecology and Evolution .
Acte de congrès
voir la publicationGeographic origin and social status of the Gallic warriors from Ribemont‐sur‐Ancre (France) studied through isotope systematics of bone remains
International Journal of Osteoarchaeology . 33 ( 1 ) : 39-50
DOI: 10.1002/oa.3172
Article dans une revue
voir la publicationExperimental analysis of diverse actin-like proteins from various magnetotactic bacteria by functional expression in Magnetospirillum gryphiswaldense
mBio . 14 ( 5 )
Article dans une revue
voir la publicationA first step towards the characterization of endogenous retroviruses’ evolutionary history and impact on small ruminant genomes
CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationOVINE β-ENDOGENOUS RETROVIRUSES : FROM INTEGRATION TO COPY-SPECIFIC TRANSCRIPTION
XXVèmes Journées Francophones de Virologie .
Poster
voir la publicationMitigation of the diagenesis risk in biological apatite δ18O interpretation
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 630 : 111812
Article dans une revue
voir la publicationδ2H and δ18O of river water from a high-altitude humid plain of the southern Alps: Implications for the interpretation of the isotopic compositions of bioapatite from humans living close to mountain areas
Journal of Archaeological Science: Reports . 49 : 104020
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of sex-biased gene expression during transitions to separate sexes in the Silene genus
Pré-publication
voir la publicationGenomic portrait and relatedness patterns of the Iron Age Log Coffin culture in northwestern Thailand
Nature Communications . 14 ( 1 ) : 8527
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide variation in the Angolan Namib Desert reveals unique pre-Bantu ancestry
Science Advances . 9 ( 38 )
Article dans une revue
voir la publicationSouth Asian maternal and paternal lineages in southern Thailand and the role of sex-biased admixture
PLoS ONE . 18 ( 9 ) : e0291547
Article dans une revue
voir la publicationThe genomic diversity of Taiwanese Austronesian groups: Implications for the “Into- and Out-of-Taiwan” models
PNAS Nexus . 2 ( 5 )
Article dans une revue
voir la publicationGenomic perspectives on human dispersals during the Holocene
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 120 ( 4 )
Article dans une revue
voir la publicationLook4LTRs: A Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats
Pré-publication
voir la publicationPhylogenomic analysis of protein‐coding genes resolves complex gall wasp relationships
Systematic Entomology .
DOI: 10.1111/syen.12611
Article dans une revue
voir la publicationHow genomics can help biodiversity conservation
Trends in Genetics .
Article dans une revue
voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis : a model based exploration of the PRDM9 intra-genomic Red Queen
PLoS Genetics . 20 ( 5 ) : e1011274
Article dans une revue
voir la publicationCompositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction
Systematic Biology . 72 ( 4 ) : 767 - 780
Article dans une revue
voir la publication