Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive
Membres
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 84 87
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 26 23 44 76
Enseignant-chercheur CPJ
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 97
Professeur d'université émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 85 60
Ingénieur d'études CDD
CNRS
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 67
Doctorante
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 60
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Doctorant
UCBL
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Professeure des universités émérite
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 62 96
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 26 28
Doctorant
UCBL
Chercheur invité
UCBL
Ingénieur de recherche CDD
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Nos travaux se concentrent sur deux axes principaux: la phylogénomique (c'est-à-dire l'inférence de l'histoire évolutive basée sur des données génomiques) et la génomique évolutive (comprendre les processus moléculaires et démographiques qui gouvernent l'évolution du génome). Nous considérons les génomes à la fois comme un objet de recherche (comment évoluent les génomes, pourquoi sont-ils structurés tels qu'ils sont?), mais aussi comme une source principale de connaissances empiriques sur les processus de macroévolution (que nous disent-ils sur l'histoire de la vie sur Terre?), ou sur les phénotypes et les stratégies d’histoire de vie des organismes. Nos travaux s'appuient fortement sur des développements méthodologiques (bioinformatique, modélisation et inférence statistique).
Évolution de l'architecture et de l'expression du génome
Les génomes sont le résultat d'un processus évolutif à long terme, façonné par de multiples forces évolutives. Certaines caractéristiques génomiques sont adaptatives (c'est-à-dire bénéfiques pour le succès reproducteur des organismes), d'autres résultent de processus non adaptatifs (dérive aléatoire et conversion génique biaisée - BGC) ou sont causées par des conflits entre plusieurs niveaux de sélection (par exemple, la dérive méiotique ou la propagation d'éléments génétiques égoïstes). Nous explorons différents aspects de l'architecture du génome (paysages de composition en bases, structure et taille du génome, impact des éléments transposables,…) ou de son fonctionnement (expression génique, lncRNA, paysages épigénétiques,…), et essayons de démêler la contribution relative des processus adaptatifs et non-adaptatifs à leur évolution. Pour cela, nous considérons à la fois les mécanismes moléculaires (mutation, réparation, recombinaison) et les processus populationnels (sélection, dérive, BGC,…) qui façonnent la variation génétique.
Phylogénomique
Nous sommes intéressés par la reconstruction de l'histoire de la vie sur Terre. Cette recherche se déroule selon plusieurs axes. Tout d'abord, nous développons des bases de données phylogénomiques de séquences génétiques alignées (e.g. BIBI, RiboDB ou HOGENOM). Deuxièmement, nous menons des recherches méthodologiques sur la façon de reconstruire avec précision les phylogénies profondes, de déduire les temps de divergence, de reconstruire les séquences génétiques ancestrales, les répertoires de gènes et les traits d’histoire de vie. Ce travail méthodologique est mis à disposition de la communauté sous forme de logiciels (e.g. SeaView, PhyloBayes, Coevol). Enfin, nous appliquons ces approches à plusieurs problèmes importants, parmi lesquels: la reconstruction de la phylogénie des animaux, des archées ou de l'arbre global de la vie; analyse phylogénétique des répertoires de gènes ancestraux pour étudier l'évolution de systèmes complexes et l'émergence de fonctions moléculaires et cellulaires dans les trois domaines de la vie; la reconstruction de séquences génétiques ancestrales, une activité de recherche qui a des applications industrielles et biotechnologiques.
Enseignement et vulgarisation
Nous enseignons à l'Université Lyon 1 (Master Bioinfo @ Lyon), à l’INSA, à l’ENS de Lyon, nous organisons des formations en bioinformatique. Nous donnons régulièrement des conférences grand public sur l'évolution (arbre de la vie, évolution humaine, diversité génétique,…).
Nous accueillons régulièrement des étudiants et post-doctorants pour des stages ou des projets de recherche. N’hésitez pas à nous contacter si vous êtes intéressés !
Mots clés: évolution moléculaire et génomique des populations; Phylogénomique; Génomique computationnelle; Génomique comparative; Bioinformatique; Inférence statistique.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 1005 au total
Reconstruction of body mass evolution in the Cetartiodactyla and mammals using phylogenomic data.
Peer Community Journal . 1 : e42
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors
Pré-publication
voir la publicationA new tool to cross and analyze TE and gene annotations
Peer Community In Genomics . : 100010
Autre publication
voir la publicationA Bayesian Mutation–Selection Framework for Detecting Site-Specific Adaptive Evolution in Protein-Coding Genes
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 3 ) : 1199-1208
Article dans une revue
voir la publicationUniversal probabilistic programming offers a powerful approach to statistical phylogenetics
Communications Biology . 4 ( 1 ) : 244
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the History of Variation in Effective Population Size along Phylogenies
Genome Biology and Evolution . 13 ( 8 )
DOI: 10.1093/gbe/evab150
Article dans une revue
voir la publicationClimatic change and diet of the pre-Hispanic population of Gran Canaria (Canary Archipelago, Spain) during the Medieval Warm Period and Little Ice Age
Journal of Archaeological Science . 128 : 105336
Article dans une revue
voir la publicationChromosomal Conjugative and Mobilizable Elements in Streptococcus suis: Major Actors in the Spreading of Antimicrobial Resistance and Bacteriocin Synthesis Genes
Pathogens . 9 ( 1 ) : 22
Article dans une revue
voir la publicationAncient DNA from Guam and the peopling of the Pacific
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 ( 1 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationExpanding the Geographic Characterisation of Epstein–Barr Virus Variation through Gene-Based Approaches
Microorganisms . 8 ( 11 ) : 1686
Article dans une revue
voir la publicationAncient DNA indicates human population shifts and admixture in northern and southern China
Science . 369 ( 6501 ) : 282-288
Article dans une revue
voir la publicationCultural variation impacts paternal and maternal genetic lineages of the Hmong-Mien and Sino-Tibetan groups from Thailand
European Journal of Human Genetics . 28 : 1563 - 1579
Article dans une revue
voir la publicationPapuan mitochondrial genomes and the settlement of Sahul
Journal of Human Genetics .
Article dans une revue
voir la publicationThe paternal and maternal genetic history of Vietnamese populations
European Journal of Human Genetics . 28 ( 5 ) : 636-645
Article dans une revue
voir la publicationExtensive Ethnolinguistic Diversity in Vietnam Reflects Multiple Sources of Genetic Diversity
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 9 ) : 2503 - 2519
Article dans une revue
voir la publicationTissue-specific patterns of regulatory changes underlying gene expression differences among Ficedula flycatchers and their naturally occurring F 1 hybrids
Genome Research . 30 ( 12 ) : 1727-1739
Article dans une revue
voir la publicationPolymorphism Data Assist Estimation of the Nonsynonymous over Synonymous Fixation Rate Ratio ω for Closely Related Species
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 1 ) : 260-279
Article dans une revue
voir la publicationScalable Empirical Mixture Models That Account for Across-Site Compositional Heterogeneity
Molecular Biology and Evolution . 37 : 3616 - 3631
Article dans une revue
voir la publicationWhy and when was lactase persistence selected for? Insights from Central Asian herders and ancient DNA
PLoS Biology . 18 ( 6 ) : e3000742
Article dans une revue
voir la publicationResponse of the human gut and saliva microbiome to urbanization in cameroon
Scientific Reports . 10 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationHow consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?
Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary plasticity of mating-type determination mechanisms in Paramecium aurelia sibling species
Genome Biology and Evolution . ( evaa258 )
DOI: 10.1093/gbe/evaa258
Article dans une revue
voir la publicationExploring protein space: From hydrolase to ligase by substitution
Molecular Biology and Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationRepeated horizontal gene transfers triggered parallel evolution of magnetotaxis in two evolutionary divergent lineages of magnetotactic bacteria
The International Society of Microbiologial Ecology Journal .
Article dans une revue
voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
Article dans une revue
voir la publicationThe TERB1-TERB2-MAJIN complex of mouse meiotic telomeres dates back to the common ancestor of metazoans
BMC Evolutionary Biology . 20 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationHepatitis B virus preS2Δ38–55 variants: A newly identified risk factor for hepatocellular carcinoma
JHEP Reports Innovation in Hepatology . 2 ( 5 ) : 100144
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary relationships between Archaea and eukaryotes
Nature Ecology & Evolution . 4 : 20-21
Article dans une revue
voir la publicationDetecting sex-linked genes using genotyped individuals sampled in natural populations
Pré-publication
voir la publicationThe Bayesian Approach to Molecular Phylogeny
Phylogenetics in the Genomic Era . : 1.4:1--1.4:17
Chapitre d'ouvrage
voir la publication