GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Perrière Guy
Directeur de recherche
CNRS
Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches se situent dans le cadre de la bioinformatique appliquée à la génomique et à l'évolution moléculaire. Cette approche implique aussi bien des aspects de développements méthodologiques que d'analyse des données. Plus précisément, mes travaux portent la phylogénie de différents organismes (principalement bactériens) et de familles de gènes. A ce titre, j'ai participé au développement de nombreux logiciels et bases de données qui m'ont ensuite servi de socle pour mes recherches en phylogénie.
Un deuxième point important est le fort investissement que j'ai réalisé au cours de ma carrière dans le management de la recherche et la prise de responsabilités collectives. De janvier 2006 à février 2010, j'ai été président de la SFBI, la société savante dédiée à la promotion et à la diffusion des travaux de la bioinformatique française. C'est cette société qui parraine JOBIM, la conférence nationale de bioinformatique organisée tous les ans depuis 2000. Par ailleurs, j'ai effectué deux mandats de cinq ans (de 2010 à 2020) à la direction du PRABI-AMSB, la plateforme de services en bioinformatique de l'UCBL.
Suite à la cessation de mes activités de direction de plateforme, j'ai pu entamer une collaboration suivie avec le groupe de Christopher Lefèvre au BIAM. Cette collaboration porte sur la résurrection des protéines ancestrales du magnétosome, un organelle impliqué dans la magnétotaxie chez certaines espèces bactériennes. Cette collaboration s'est concrétisée par un financement conjoint entre l'ANR et la DFG pour la période 2021-2023 (projet ANCESMAG)
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 81 au total
ISMB/ECCB 2023 organization benefited from the strengths of the French bioinformatics community
Bioinformatics Advances . 4 ( 1 ) : vbae040
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voir la publicationExperimental analysis of diverse actin-like proteins from various magnetotactic bacteria by functional expression in Magnetospirillum gryphiswaldense
mBio . 14 ( 5 )
Article dans une revue
voir la publicationExploring protein space: From hydrolase to ligase by substitution
Molecular Biology and Evolution .
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voir la publicationRepeated horizontal gene transfers triggered parallel evolution of magnetotaxis in two evolutionary divergent lineages of magnetotactic bacteria
The International Society of Microbiologial Ecology Journal .
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voir la publicationFrom conservation to structure, studies of magnetosome associated cation diffusion facilitators (CDF) proteins in Proteobacteria
PLoS ONE . 15 ( 4 ) : e0231839
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voir la publicationDevelopment of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions
Journée scientifique de la FR BioEnviS .
Poster
voir la publicationDevelopment of a dual RNA-seq strategy to unravel the molecular bases of host-symbiont interactions
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .
Poster
voir la publicationArticle 22. Crise du stockage: conserver les molécules d'ADN ou les données informatiques de l'ADN ?
101 Secrets de l'ADN. CNRS Editions, Paris, pp 90-91 . : 90-91
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationGenomic study of a novel magnetotactic Alphaproteobacteria uncovers the multiple ancestry of magnetotaxis
Environmental Microbiology .
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voir la publicationIsoSel: Protein Isoform Selector for phylogenetic reconstructions
PLoS ONE . 12 : e0174250
Article dans une revue
voir la publicationQualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
La génomique environnementale . 978-1-78405-151-8 : 180 p.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAnalyse de 32 souches de Legionella pneumophila de sévérités variables afin d'identifier les déterminants de la pathogénicité
JOBIM 2015 - 16èmes Journées Ouvertes en BIologie, Informatique et Mathématiques .
Poster
voir la publicationEvolutionary history of phosphatidylinositol- 3-kinases: ancestral origin in eukaryotes and complex duplication patterns
BMC Evolutionary Biology . 15 : 226
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voir la publicationMolecular and functional evolution of the fungal diterpene synthase genes
BMC Microbiology . 15 ( 1 ) : 221
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voir la publicationleBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 251
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voir la publicationGénomes, protéomes et transcriptomes à foison
Pour la science . 433 : 38--39
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voir la publicationTPMS: a set of utilities for querying collections of gene trees.
BMC Bioinformatics . 14 : 109
Article dans une revue
voir la publicationToward community standards in the quest for orthologs
Bioinformatics . 28 ( 6 ) : 900-904
Article dans une revue
voir la publicationReNaBi-IFB : The French Bioinformatics Infrastructure
EMBNet.journal . 18 : 12-13
DOI: 10.14806/ej.18.1.502
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voir la publicationBioinformatics developments for NGS data analysis at PRABI
EMBNet.journal . 17 : 12
Article dans une revue
voir la publicationTpms: a Tree Pattern-matching Utility for Querying Gene Trees Collections
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) . : 111-112
Acte de congrès
voir la publicationApport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité des communautés microbiennes du sol : nécessité d’un ‘pipeline’ bio-informatique pour les biologistes
1ères Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA . : 1 p.
Acte de congrès
voir la publicationConcepts et méthodes en phylogénie moléculaire
Springer . 978-2-287-99047-2
Ouvrage
voir la publicationConcepts et méchodes en phylogénie moléculaire
incollection . -- : 63-65
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voir la publicationProposals for classification methods dedicated to biological data
International Journal of Biomedical Engineering and Technology (IJBET) . 3 ( 1/2 ) : 4-21
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voir la publicationDatabases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics
BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13
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voir la publicationDémasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7
Acte de congrès
voir la publicationAutomatic Identification of Large Collections of Protein-Coding or rRNA Sequences
Biochimie . 90 ( 4 ) : 609-614
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