GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Perrière Guy
Directeur de recherche
CNRS
Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches se situent dans le cadre de la bioinformatique appliquée à la génomique et à l'évolution moléculaire. Cette approche implique aussi bien des aspects de développements méthodologiques que d'analyse des données. Plus précisément, mes travaux portent la phylogénie de différents organismes (principalement bactériens) et de familles de gènes. A ce titre, j'ai participé au développement de nombreux logiciels et bases de données qui m'ont ensuite servi de socle pour mes recherches en phylogénie.
Un deuxième point important est le fort investissement que j'ai réalisé au cours de ma carrière dans le management de la recherche et la prise de responsabilités collectives. De janvier 2006 à février 2010, j'ai été président de la SFBI, la société savante dédiée à la promotion et à la diffusion des travaux de la bioinformatique française. C'est cette société qui parraine JOBIM, la conférence nationale de bioinformatique organisée tous les ans depuis 2000. Par ailleurs, j'ai effectué deux mandats de cinq ans (de 2010 à 2020) à la direction du PRABI-AMSB, la plateforme de services en bioinformatique de l'UCBL.
Suite à la cessation de mes activités de direction de plateforme, j'ai pu entamer une collaboration suivie avec le groupe de Christopher Lefèvre au BIAM. Cette collaboration porte sur la résurrection des protéines ancestrales du magnétosome, un organelle impliqué dans la magnétotaxie chez certaines espèces bactériennes. Cette collaboration s'est concrétisée par un financement conjoint entre l'ANR et la DFG pour la période 2021-2023 (projet ANCESMAG)
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 80 au total
Analyse et exploitation de la diversité génétique des polykétides synthases de type I dans l'ADN metagénomique d'un sol
7ème colloque national "Ressources génétiques" . : 201-213
Acte de congrès
voir la publicationHorizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms
PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066
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voir la publicationIntegrating transcription factor binding site information with gene expression datasets
Bioinformatics . 23 : 298-305
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voir la publicationOrigin and molecular evolution of receptor tyrosine kinases with immunoglobulin-like domains.
Molecular Biology and Evolution . 23 ( 6 ) : 1232-41
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voir la publicationPhysiological oxygenation status is required for fully differentiated phenotype in kidney cortex proximal tubules.
AJP Renal Physiology . 291 ( 4 ) : F750-60
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voir la publicationHoSeql : automated homologous sequence identification in gene family databases
Bioinformatics . 22 ( 14 ) : 1786-1787
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voir la publicationTree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.
Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603
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voir la publicationOptimized between-group classification: a new jackknife-based gene selection procedure for genome-wide expression data
BMC Bioinformatics . 6 : 1-12
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voir la publicationType I Polyketide Synthases May Have Evolved Through Horizontal Gene Transfer
Journal of Molecular Evolution . ( 60 ) : 716-725
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voir la publicationOnline synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages
Bioinformatics . 21 : 545-547
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voir la publicationMADE4: an R package for multivariate analysis of gene expression data
Bioinformatics . 21 : 2789-2790
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voir la publicationHorizontal transfer of two operons coding for hydrogenases between bacteria and archaea.
Journal of Molecular Evolution . 60 ( 5 ) : 557-65
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voir la publicationUpdate of NUREBASE : nuclear hormone receptor functional genomics
Nucleic Acids Research . 32 : D165-D167
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Nucleic Acids Research . 32 : D165-D167
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voir la publicationThe European ribosomal RNA database
Nucleic Acids Research . 32 : D101-D103
DOI: 10.1093/nar/gkh065
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voir la publicationPhylogenetic analysis of polyketide synthase I domains from soil metagenomic libraries allows selection of promising clones.
Applied and Environmental Microbiology . 70 : 5522-5527
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voir la publicationRTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase
Nucleic Acids Research . 31 : 353-358
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voir la publicationG+C3 structuring along the genome: a common feature in prokaryotes
Molecular Biology and Evolution . 20 : 471-483
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voir la publicationThe source of laterally transferred genes in bacterial genomes
Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12
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voir la publicationIntegrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.
Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399
DOI: 10.1093/nar/gkg530
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voir la publicationUse of Correspondence Discriminant Analysis to predict the subcellular location of bacterial proteins
Computer Methods and Programs in Biomedicine . 70 : 99-105
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voir la publicationCross-platform comparison and visualisation of gene expression data using co-inertia analysis
BMC Bioinformatics . 4 : 1-15
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voir la publicationBIBI a bioinformatics bacterial identification tool
Journal of Clinical Microbiology . 41 : 1785-1787
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voir la publicationRTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase.
Nucleic Acids Research . 31 ( 1 ) : 353-8
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voir la publicationBetween-group analysis of microarray data
Bioinformatics . 18 : 1600-1608
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voir la publicationUse and misuse of correspondence analysis in codon usage studies
Nucleic Acids Research . 30 : 4548-4555
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voir la publicationA phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history
Genome Research . 12 : 1080-1090
DOI: 10.1101/gr.187002
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voir la publicationA mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586
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International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586
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voir la publicationNUREBASE: database of nuclear hormone receptors
Nucleic Acids Research . 30 : 364-368
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