GECO Evolutionary and Computational Genomics

Bioinformatics, Phylogeny and Evolutionary Genomics Group

Perrière Guy

Directeur de recherche

CNRS

Address: 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tel: 33 04 72 44 62 96

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Depuis mon recrutement au CNRS en 1992, mes recherches se situent dans le cadre de la bioinformatique appliquée à la génomique et à l'évolution moléculaire. Cette approche implique aussi bien des aspects de développements méthodologiques que d'analyse des données. Plus précisément, mes travaux portent la phylogénie de différents organismes (principalement bactériens) et de familles de gènes. A ce titre, j'ai participé au développement de nombreux logiciels et bases de données qui m'ont ensuite servi de socle pour mes recherches en phylogénie.

Un deuxième point important est le fort investissement que j'ai réalisé au cours de ma carrière dans le management de la recherche et la prise de responsabilités collectives. De janvier 2006 à février 2010, j'ai été président de la SFBI, la société savante dédiée à la promotion et à la diffusion des travaux de la bioinformatique française. C'est cette société qui parraine JOBIM, la conférence nationale de bioinformatique organisée tous les ans depuis 2000. Par ailleurs, j'ai effectué deux mandats de cinq ans (de 2010 à 2020) à la direction du PRABI-AMSB, la plateforme de services en bioinformatique de l'UCBL.

Suite à la cessation de mes activités de direction de plateforme, j'ai pu entamer une collaboration suivie avec le groupe de Christopher Lefèvre au BIAM. Cette collaboration porte sur la résurrection des protéines ancestrales du magnétosome, un organelle impliqué dans la magnétotaxie chez certaines espèces bactériennes. Cette collaboration s'est concrétisée par un financement conjoint entre l'ANR et la DFG pour la période 2021-2023 (projet ANCESMAG)

Publications

Display of 31 to 60 publications on 80 in total

Analyse et exploitation de la diversité génétique des polykétides synthases de type I dans l'ADN metagénomique d'un sol

Aurélien Ginolhac, Sandrine Demanèche, Cyrille Jarrin, Patrick Robe, Fabrice Lefevre, Renaud Nalin...

7ème colloque national "Ressources génétiques" . : 201-213

Conference paper

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Horizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms

Saliou Fall, Anne Mercier, Franck Bertolla, Alexandra Calteau, Laurent Gueguen, Guy Perrière...

PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066

DOI: 10.1371/journal.pone.0001055

Journal article

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Integrating transcription factor binding site information with gene expression datasets

I.B. Jeffery, S.F. Madden, P.A. Mcgettigan, G. Perrière, A.C. Culhane, D.G. Higgins

Bioinformatics . 23 : 298-305

Journal article

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Origin and molecular evolution of receptor tyrosine kinases with immunoglobulin-like domains.

Julien Grassot, Manolo Gouy, Guy Perrière, Guy Mouchiroud

Molecular Biology and Evolution . 23 ( 6 ) : 1232-41

DOI: 10.1093/molbev/msk007

Journal article

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Physiological oxygenation status is required for fully differentiated phenotype in kidney cortex proximal tubules.

Elodie de Laplanche, Karine Gouget, Guilhem Cléris, Franck Dragounoff, Jocelyne Demont, Anne Morales...

AJP Renal Physiology . 291 ( 4 ) : F750-60

DOI: 10.1152/ajprenal.00022.2006

Journal article

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HoSeql : automated homologous sequence identification in gene family databases

Anne-Muriel Arigon Chifolleau, G. Perrière, Manolo Gouy

Bioinformatics . 22 ( 14 ) : 1786-1787

DOI: 10.1093/bioinformatics/btl179

Journal article

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Tree pattern matching in phylogenetic trees: automatic search for orthologs or paralogs in homologous gene sequence databases.

Jean-François Dufayard, L. Duret, Simon Penel, Manolo Gouy, F. Rechenmann, G. Perrière

Bioinformatics . 21 ( 11 ) : 2596-603

DOI: 10.1093/bioinformatics/bti325

Journal article

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Online synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages

D. Charif, J. Thioulouse, J.R. Lobry, G. Perrière

Bioinformatics . 21 : 545-547

Journal article

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MADE4: an R package for multivariate analysis of gene expression data

A.C. Culhane, J. Thioulouse, G. Perrière, D.G. Higgins

Bioinformatics . 21 : 2789-2790

Journal article

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Horizontal transfer of two operons coding for hydrogenases between bacteria and archaea.

A. Calteau, Manolo Gouy, G. Perrière

Journal of Molecular Evolution . 60 ( 5 ) : 557-65

DOI: 10.1007/s00239-004-0094-8

Journal article

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Optimized between-group classification: a new jackknife-based gene selection procedure for genome-wide expression data

F. Baty, M.P. Bihl, G. Perrière, A.C. Culhane, M.H. Brutsche

BMC Bioinformatics . 6 : 1-12

Journal article

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Type I Polyketide Synthases May Have Evolved Through Horizontal Gene Transfer

Aurélien Ginolhac, Cyrille Jarrin, Patrick Robe, Guy Perrière, Timothy M. Vogel, Pascal Simonet...

Journal of Molecular Evolution . ( 60 ) : 716-725

DOI: 10.1007/s00239-004-0161-1

Journal article

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Update of NUREBASE: nuclear hormone receptor functional genomics

D. Ruau, J. Duarte, T. Ourjdal, G. Perrière, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi

Nucleic Acids Research . 32 : D165-D167

Journal article

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Update of NUREBASE : nuclear hormone receptor functional genomics

D. Ruau, J. Duarte, T. Ourjdal, Guy Perrière, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi

Nucleic Acids Research . 32 : D165-D167

Journal article

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Phylogenetic analysis of polyketide synthase I domains from soil metagenomic libraries allows selection of promising clones.

Aurélien Ginolhac, Cyrille Jarrin, B. Gillet, P. Robe, P. Pujic, K. Tuphile...

Applied and Environmental Microbiology . 70 : 5522-5527

Journal article

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The European ribosomal RNA database

Jan Wuyts, Guy Perrière, Yves van de Peer

Nucleic Acids Research . 32 : D101-D103

DOI: 10.1093/nar/gkh065

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G+C3 structuring along the genome: a common feature in prokaryotes

Vincent Daubin, G. Perrière

Molecular Biology and Evolution . 20 : 471-483

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The source of laterally transferred genes in bacterial genomes

Vincent Daubin, E. Lerat, G. Perrière

Genome Biology . 4 : R57.1-R57.12

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RTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase

J. Grassot, G. Mouchiroud, G. Perrière

Nucleic Acids Research . 31 : 353-358

Journal article

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Cross-platform comparison and visualisation of gene expression data using co-inertia analysis

A.C. Culhane, G. Perrière, D.G. Higgins

BMC Bioinformatics . 4 : 1-15

Journal article

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BIBI a bioinformatics bacterial identification tool

G. Devulder, G. Perrière, F. Baty, Jean-Pierre Flandrois

Journal of Clinical Microbiology . 41 : 1785-1787

Journal article

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RTKdb: database of Receptor Tyrosine Kinase.

Julien Grassot, Guy Mouchiroud, Guy Perrière

Nucleic Acids Research . 31 ( 1 ) : 353-8

Journal article

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Integrated databanks access and sequence/structure analysis services at the PBIL.

G. Perriere, C. Combet, Simon Penel, Christophe Blanchet, J. Thioulouse, C. Geourjon...

Nucleic Acids Research . 31 ( 13 ) : 3393-3399

DOI: 10.1093/nar/gkg530

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Use of Correspondence Discriminant Analysis to predict the subcellular location of bacterial proteins

G. Perrière, J. Thioulouse

Computer Methods and Programs in Biomedicine . 70 : 99-105

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Use and misuse of correspondence analysis in codon usage studies

G. Perrière, J. Thioulouse

Nucleic Acids Research . 30 : 4548-4555

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A phylogenomic approach to bacterial phylogeny: evidence of a core of genes sharing a common history

Vincent Daubin, Manolo Gouy, G. Perrière

Genome Research . 12 : 1080-1090

DOI: 10.1101/gr.187002

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Between-group analysis of microarray data

A.C. Culhane, G. Perrière, E.C. Considine, T.G. Cotter, D.G. Higgins

Bioinformatics . 18 : 1600-1608

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A mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP

Christophe Mougel, Jean Thioulouse, Guy Perrière, Xavier Nesme

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586

Journal article

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NUREBASE: database of nuclear hormone receptors

J. Duarte, G. Perrière, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi

Nucleic Acids Research . 30 : 364-368

Journal article

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A mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP

Christophe Mougel, J. Thioulouse, G. Perrière, X. Nesme

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 : 573-586

DOI: 10.1099/00207713-52-2-573

Journal article

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