Pôle informatique
Membres
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 68
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Technicien
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 04
Stagiaire
UCBL
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieure de recherche
UCBL
Tél : 33 04 72 44 85 98
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 06 82 87 93 59
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 26 23 44 70
info@listes-lbbe.univ-lyon1.fr
Le Pôle informatique (noté "PI" par la suite) est constitué de 9 ingénieurs (1T, 5IE, 3IR). Nos activités s'organisent selon 3 axes principaux : la gestion des infrastructures de calcul et de stockage (ressources partagées, et équipements individuels), le développement de logiciels et de services et l'analyse de données en biologie moléculaire et en écologie.
Gestion des infrastructures
-
Micro-informatique : le PI est chargé de la gestion des équipements micro-informatiques du laboratoire, depuis le choix de la solution la plus appropriée en concertation avec le futur utilisateur ou la future utilisatrice jusqu'à l'installation, la configuration et la maintenance des équipements.
- Système d'information du laboratoire : le PI fournit aux membres du laboratoire et de la communauté un certain nombre de services, dont plusieurs serveurs web, de nombreux serveurs de bases de données (relationnelles ou indexées) et plusieurs outils collaboratifs (Git, Redmine, Seafile...). Ces services sont hébergés sur des machines largement virtualisées.
- Calcul et stockage : depuis 2009, le PI gère un cluster avec près de 1200 cœurs de calcul disponibles. Il est relié à un système de stockage distribué haute performance de 600 To sous BeeGFS et à un stockage en mode objet basé sur iRods (~400 To utiles).
- Cloud et conteneurisation : le PI gère depuis 2017 le cloud "Girofle" (224 vcpu et 120 To) qui fait partie de la fédération de clouds Biosphère de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous commençons à faire converger notre infrastructure de virtualisation vers les technologies de conteneurisation (docker, singularity).
- Support aux utilisateurs : le PI fournit une assistance aux utilisateurs pour toutes les ressources et outils mis à la disposition des membres du laboratoire. Il forme et soutient les utilisateurs dans leur utilisation des ressources partagées grâce à des sessions de formation, des réunions d'information et des listes de diffusion.
Développement de logiciels et de méthodologies
Les membres du PI sont impliqués dans de nombreux projets de développement de logiciels en collaboration avec les chercheur du laboratoire, couvrant un large éventail de langages de programmation (R, Python, C++, OCaml, Javascript, SQL, shell). Cela va des codes numériques parallèles optimisés aux services web et aux bases de données dédiées (SQL ou no-SQL). Un effort particulier est également fait pour partager les bonnes pratiques de développement et pour rendre les codes logiciels reproductibles et disponibles selon les standards et les exigences de la communauté.
Analyse de données
Les membres du PI sont en première ligne face à l'avalanche de données et à leur diversité des données de cette décennie.
Une grande partie de notre activité est liée à la quantité de données provenant des technologies de séquençage. Nous développons et proposons des pipelines pour l'assemblage et l'annotation des données génomiques, l'analyse des données RNA-seq et RAD-seq. Plus récemment, le traitement informatique des images est devenu une question importante pour les futures études écologiques réalisées au laboratoire dans le cadre de l'écologie évolutive.
Animation, formation et expertise scientifique
Notre groupe a mis en place une série d'ateliers dédiés pour améliorer les compétences internes en ingénierie logicielle, informatique distribuée, programmation et analyse de données. Nous participons également à des actions d'enseignement (Université Lyon 1) et de formation (Formation permanente du CNRS).
Dans leurs domaines respectifs, les membres du PI suivent activement les développements technologiques et participent à des événements majeurs tels que JOBIM (bioinfo), les JRES (administration système), les JDEV (développement), les journées Aramis (administration système et réseau et développement logiciel) et les Rencontres R (programmation). Nous sommes également investis dans des réseaux métiers (Lyon Calcul, R Lyon) et des projets d'envergure nationale (projets IFB-NNCR et IFB-Core).
Nous travaillons en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique), notamment pour la gestion de l'infrastructure de calcul et de stockage, la diffusion de la production logicielle de notre laboratoire, l'organisation de sessions d'enseignement et pour le partage d'expertise en analyse de données génomiques et transcriptomiques.
Poster du Pôle Informatique
Publications (des membres actuels du pôle)
Affichage des publications 1 à 30 sur 153 au total
Phyloformer: Fast, accurate and versatile phylogenetic reconstruction with deep neural networks
Pré-publication
voir la publicationfitdistrplus: Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data
Logiciel
voir la publicationHaemolysis overestimates plasma oxidative stress biomarkers in free-ranging roe deer
Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology . 298 : 111750
Article dans une revue
voir la publicationade4: Analysis of Ecological Data: Exploratory and Euclidean Methods in Environmental Sciences
Logiciel
voir la publicationExtraire automatiquement des informations de décisions des juges aux affaires familiales ?
Justice et numérique. Quels (r)apports ? . 1
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationGenomic changes during the evolution of the Coxiella genus along the parasitism-mutualism continuum
Peer Community Journal . 3 : e41
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationLarval density in the invasive Drosophila suzukii : Immediate and delayed effects on life‐history traits
Ecology and Evolution . 13 ( 8 ) : e10433
DOI: 10.1002/ece3.10433
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationPopulation genomics of Corsican wildcats: Paving the way toward a new subspecies within the Felis silvestris spp. complex?
Molecular Ecology . 32 ( 8 ) : 1908-1924
DOI: 10.1111/mec.16856
Article dans une revue
voir la publicationEvolution of sex-biased gene expression during transitions to separate sexes in the Silene genus
Pré-publication
voir la publicationEvaluation of Methods to Detect Shifts in Directional Selection at the Genome Scale
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 2 )
Article dans une revue
voir la publicationThe DeepFaune initiative: a collaborative effort towards the automatic identification of European fauna in camera trap images
European Journal of Wildlife Research . 69 : 24 p.
Article dans une revue
voir la publicationDRomics, a workflow to exploit dose-response omics data in ecotoxicology
Peer Community Journal . 3 : e90
Article dans une revue
voir la publicationLarval density in the invasive Drosophila suzukii : Immediate and delayed effects on life‐history traits
Ecology and Evolution . 13 ( 8 ) : e10433
DOI: 10.1002/ece3.10433
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationPhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 11 ) : msad234
Article dans une revue
voir la publicationNeural Networks beyond explainability: Selective inference for sequence motifs
Transactions on Machine Learning Research Journal .
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptome-wide deregulation of gene expression by artificial light at night in tadpoles of common toads
Science of the Total Environment . 818 : 151734
Article dans une revue
voir la publicationExtraire des informations fiables des décisions de justice dans une perspective prédictive : des obstacles techniques et des obstacles théoriques
Jurimétrie - Revue de la mesure des phénomènes juridiques . ( 2 )
Article dans une revue
voir la publicationrbioacc: An R-package to analyze toxicokinetic data
Ecotoxicology and Environmental Safety . 242 : 113875
Article dans une revue
voir la publicationAdaptive duplication and genetic diversification of protein kinase R contribute to the specificity of bat-virus interactions
Science Advances . 8 ( 47 )
Article dans une revue
voir la publicationMeta-transcriptomics reveals stress adaptation processes in microbial communities differing in exposure history
"Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges" SFE2-GfÖ-EEF joint meeting, International conference on ecological sciences .
Acte de congrès
voir la publicationtidy tree : A New Layout for Phylogenetic Trees
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 10 ) : msac204
Article dans une revue
voir la publicationThe DeepFaune initiative: a collaborative effort towards the automatic identification of the French fauna in camera-trap images
Pré-publication
voir la publicationBayesian investigation of SARS-CoV-2-related mortality in France
Peer Community Journal . 2 ( e6 )
Article dans une revue
voir la publicationThirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation
Bioinformatics . 38 ( 8 ) : 2350–2352
Article dans une revue
voir la publicationTaking full advantage of modelling to better assess environmental risk due to xenobiotics
Environmental Science and Pollution Research .
Article dans une revue
voir la publication