Pôle informatique
Membres
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 68
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Technicien
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 04
Stagiaire
UCBL
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieure de recherche
UCBL
Tél : 33 04 72 44 85 98
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 06 82 87 93 59
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 26 23 44 70
info@listes-lbbe.univ-lyon1.fr
Le Pôle informatique (noté "PI" par la suite) est constitué de 9 ingénieurs (1T, 5IE, 3IR). Nos activités s'organisent selon 3 axes principaux : la gestion des infrastructures de calcul et de stockage (ressources partagées, et équipements individuels), le développement de logiciels et de services et l'analyse de données en biologie moléculaire et en écologie.
Gestion des infrastructures
-
Micro-informatique : le PI est chargé de la gestion des équipements micro-informatiques du laboratoire, depuis le choix de la solution la plus appropriée en concertation avec le futur utilisateur ou la future utilisatrice jusqu'à l'installation, la configuration et la maintenance des équipements.
- Système d'information du laboratoire : le PI fournit aux membres du laboratoire et de la communauté un certain nombre de services, dont plusieurs serveurs web, de nombreux serveurs de bases de données (relationnelles ou indexées) et plusieurs outils collaboratifs (Git, Redmine, Seafile...). Ces services sont hébergés sur des machines largement virtualisées.
- Calcul et stockage : depuis 2009, le PI gère un cluster avec près de 1200 cœurs de calcul disponibles. Il est relié à un système de stockage distribué haute performance de 600 To sous BeeGFS et à un stockage en mode objet basé sur iRods (~400 To utiles).
- Cloud et conteneurisation : le PI gère depuis 2017 le cloud "Girofle" (224 vcpu et 120 To) qui fait partie de la fédération de clouds Biosphère de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous commençons à faire converger notre infrastructure de virtualisation vers les technologies de conteneurisation (docker, singularity).
- Support aux utilisateurs : le PI fournit une assistance aux utilisateurs pour toutes les ressources et outils mis à la disposition des membres du laboratoire. Il forme et soutient les utilisateurs dans leur utilisation des ressources partagées grâce à des sessions de formation, des réunions d'information et des listes de diffusion.
Développement de logiciels et de méthodologies
Les membres du PI sont impliqués dans de nombreux projets de développement de logiciels en collaboration avec les chercheur du laboratoire, couvrant un large éventail de langages de programmation (R, Python, C++, OCaml, Javascript, SQL, shell). Cela va des codes numériques parallèles optimisés aux services web et aux bases de données dédiées (SQL ou no-SQL). Un effort particulier est également fait pour partager les bonnes pratiques de développement et pour rendre les codes logiciels reproductibles et disponibles selon les standards et les exigences de la communauté.
Analyse de données
Les membres du PI sont en première ligne face à l'avalanche de données et à leur diversité des données de cette décennie.
Une grande partie de notre activité est liée à la quantité de données provenant des technologies de séquençage. Nous développons et proposons des pipelines pour l'assemblage et l'annotation des données génomiques, l'analyse des données RNA-seq et RAD-seq. Plus récemment, le traitement informatique des images est devenu une question importante pour les futures études écologiques réalisées au laboratoire dans le cadre de l'écologie évolutive.
Animation, formation et expertise scientifique
Notre groupe a mis en place une série d'ateliers dédiés pour améliorer les compétences internes en ingénierie logicielle, informatique distribuée, programmation et analyse de données. Nous participons également à des actions d'enseignement (Université Lyon 1) et de formation (Formation permanente du CNRS).
Dans leurs domaines respectifs, les membres du PI suivent activement les développements technologiques et participent à des événements majeurs tels que JOBIM (bioinfo), les JRES (administration système), les JDEV (développement), les journées Aramis (administration système et réseau et développement logiciel) et les Rencontres R (programmation). Nous sommes également investis dans des réseaux métiers (Lyon Calcul, R Lyon) et des projets d'envergure nationale (projets IFB-NNCR et IFB-Core).
Nous travaillons en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique), notamment pour la gestion de l'infrastructure de calcul et de stockage, la diffusion de la production logicielle de notre laboratoire, l'organisation de sessions d'enseignement et pour le partage d'expertise en analyse de données génomiques et transcriptomiques.
Poster du Pôle Informatique
Publications (des membres actuels du pôle)
Affichage des publications 91 à 120 sur 153 au total
The Gene Expression Analysis of Blood Reveals S100A11 and AQP9 as Potential Biomarkers of Infective Endocarditis
PLoS ONE . 7 ( 2 ) : e31490
Article dans une revue
voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
Article dans une revue
voir la publicationRENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique
JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique .
Acte de congrès
voir la publicationPhEVER: a database for the global exploration of virus-host evolutionary relationships.
Nucleic Acids Research . 39 ( Database issue ) : D569-75
DOI: 10.1093/nar/gkq1013
Article dans une revue
voir la publicationOrientia tsutsugamushi Stimulates an Original Gene Expression Program in Monocytes: Relationship with Gene Expression in Patients with Scrub Typhus
PLoS Neglected Tropical Diseases . 5 ( 5 ) : e1028
Article dans une revue
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 Vitis species
Plant and Animal Genomes Conference . : np
Acte de congrès
voir la publicationUltra-fast sequence clustering from similarity networks with SiLiX
BMC Bioinformatics . 12(116) : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationBioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming
Proceedings of the BioNLP Shared Task 2011 ACL Workshop . 13 9781937284091 : 65-73
Acte de congrès
voir la publicationUtilisation de grilles de calcul pour la génomique comparative
Rencontres Scientifiques France Grilles 2011 .
Acte de congrès
voir la publicationReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationRepair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming
Principles of Knowledge Representation and Reasoning .
Acte de congrès
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 Vitis species
Grapevine breeding and genetics .
Poster
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in four Vitis species
10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics .
Acte de congrès
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 species of the Vitis genus
Génoplante .
Poster
voir la publicationVirHostNet : a knowledge base for the management and the analysis of proteome-wide virus-host interaction networks
Nucleic Acids Research . 37 : D661-D668
DOI: 10.1093/nar/gkn794
Article dans une revue
voir la publicationDatabases of Homologous Gene Families for Comparative Genomics
BMC Bioinformatics . 10 (Suppl.6) :S3 : 13
Article dans une revue
voir la publicationRemote access to ACNUC nucleotide and protein sequence databases at PBIL
Biochimie . 90 ( 4 ) : 555-562
Article dans une revue
voir la publicationDigiPINS: A database for vertebrate exonic single nucleotide polymorphisms and its application to cancer association studies
Biochimie . 90 ( 4 ) : 563-569
Article dans une revue
voir la publicationDigiPINS: a database for vertebrate exonic single nucleotide polymorphisms and its application to cancer association studies.
Biochimie . xxx : 563-569
Article dans une revue
voir la publicationLagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology
Computers & Mathematics with Applications . 55 ( Issue 5 (March 2008) ) : 1054-1067
Article dans une revue
voir la publicationInferring the role of transcription factors in regulatory networks
BMC Bioinformatics . 9 : nc
Article dans une revue
voir la publicationPervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes
Genome Research . 18 : 1393-1402
Article dans une revue
voir la publicationDétection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale
FRANCORO V/ROADEF 2007 .
Acte de congrès
voir la publicationChecking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
: 14
Rapport
voir la publicationOptimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?
Biofutur . 275 : 27-31
Article dans une revue
voir la publicationModélisation grande échelle de réseaux biologiques : vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données
Thèse
voir la publicationQualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models
6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07 . : nc
Acte de congrès
voir la publicationChecking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
Journal of Biological Physics and Chemistry . 7 : 37-43
Article dans une revue
voir la publication