Siberchicot Aurélie
Ingénieure de recherche
UCBL
Université Claude Bernard Lyon 1 - Bâtiment Grégor Mendel - Étage 1 - Bureau 51 (11.051)
En tant qu' ingénieure logiciel, mon cœur de métier est de développer et maintenir des logiciels d’analyse de données pour valoriser et pérenniser des résultats de recherche. Experte du langage R et de son écosystème, je suis responsable de nombreux packages R et d’applications shiny. Pour partager mes compétences liées à R, je conçois des formations originales et participe à des programmes d'enseignement. De manière plus transversale, je m'intéresse aux outils au service de la recherche reproductible et de la science ouverte.
- Poste et Responsabilités
- Ingénieure de Recherche Classe Normale, depuis 2023
- Représentante du Pôle Informatique du LBBE, depuis 2018
- Représentante des ITA / BIATSS au conseil d'UMR, depuis 2017
- Réseaux et identifiants
- GitHub : aursiber
- ORCID : 0000-0002-7638-8318
- HAL : aurelie-siberchicot
- Google Scholar
Ecologie Evolutive
- ade4 (Multivariate data analysis and graphical display) : CRAN -- GitHub -- book -- shiny app
- ade4TkGUI (A Tcl/Tk GUI for some basic functions in the ade4 package) : CRAN -- GitHub
- adegraphics (Graphical functionalities for the representation of multivariate data) : CRAN -- GitHub -- article -- talk
- adephylo (Exploratory Analyses for the Phylogenetic Comparative Method) : CRAN -- GitHub
- adespatial (Multivariate Multiscale Spatial Analysis) : CRAN -- GitHub
- CINID (Package on the Curculionidae INstar IDentification) : CRAN -- article
- Interatrix (Compute Chi-Square Measures with Corrections) : CRAN -- article
- OnAge (Implements a likelihood ratio test of differential senescence onset between two groups) : CRAN -- web
- Analyse de données issues du International Tiger Studbook et du International and North American Regional Studbooks for Ruffed Lemurs -- article -- article
- AGEX (ANR-15-CE32-0002-01, 2015-2019) -- article
- Potenchêne (GIP-ECOFOR, 2014-2018) -- article
- CoCoReCo (JC09-470585, 2009-2012) -- article
- DLVitis (ANR-08-GENM-0002, 2008-2011) -- article -- CRAN
Bioinformatique
- DRomics (Dose Response for Omics) : CRAN -- GitHub -- shiny app 1 -- shiny app 2 -- web -- article -- IFB cloud appliance 1 -- IFB cloud appliance 2
- kissDE (Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data) : Bioconductor -- GitHub
- LDcorSV (Linkage Disequilibrium Corrected by the Structure and the Relatedness) : CRAN -- article
- MareyMap (Estimation of Meiotic Recombination Rates Using Marey Maps) : CRAN -- GitHub -- web -- shiny app -- article
- phylter (Detect and Remove Outliers in Phylogenomics Datasets) : CRAN -- GitHub
Statistiques et analyse de données
- fitdistrplus (Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data) : CRAN -- GitHub -- web
- Mondrian (A Simple Graphical Representation of the Relative Occurrence and Co-Occurrence of Events) : CRAN -- GitHub -- shiny app
- nlsMicrobio (Nonlinear Regression in Predictive Microbiology) : CRAN -- GitHub
- nlstools (Tools for Nonlinear Regression Analysis) : CRAN -- GitHub
Services
- serveur shiny : http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr
- site web d’Enseignements de Statistique en Biologie : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/
Réseaux métiers et conférences
- 3e Journées Nationales du Réseau de la Recherche Reproductible, Lyon (comité d'organisation)
- Rencontres R (comité de pilotage)
- 7e Rencontres R, Conférence, Rennes (comité de programme)
- R pour le calcul, Action Nationale de Formation CNRS, Aussois (comité d'organisation)
- 2e Rencontres R, Conférence, Lyon (comité d’organisation) -- article
Formations et enseignements
- UE Bases Informatiques, M1 Biodiversité, Écologie et Évolution, Université Lyon 1
- UE Visualisation de Données Biologiques, M2 Bio-informatique, Université Lyon 1
- Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique, FRB-Cesab et Gdr Ecostat
- Les bases du langage R, École Doctorale Université Savoie Mont Blanc
- Découverte et approfondissements du langage R, Groupe Lyon Calcul
- Développement de packages en R, ANF CNRS R pour le calcul
Jury
- Concours externe ENS (2021) - BAP A- IE - Ingénieur·e biologiste en traitement des données
- Concours externe INRA (2019) - Experte - BAP E - AI - Assistant·e statisticien·ne
- Concours externe INRA (2019) - BAP E - IE - Administrateur·trice des systèmes d’information
- Concours externe CNRS (2017) - Experte - BAP E - IE - Ingénieur·e en ingénierie logicielle - 2 postes
Encadrement
- Cassandra Bompard, stage M2, Développement d'un package R de visualisation (2023)
- Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
- Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
- Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)
Publications
Affichage des publications 1 à 22 sur 22 au total
DRomics, a workflow to exploit dose-response omics data in ecotoxicology
Peer Community Journal . 3 : e90
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voir la publicationLarval density in the invasive Drosophila suzukii : Immediate and delayed effects on life‐history traits
Ecology and Evolution . 13 ( 8 ) : e10433
DOI: 10.1002/ece3.10433
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voir la publicationPhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 11 ) : msad234
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voir la publicationrbioacc: An R-package to analyze toxicokinetic data
Ecotoxicology and Environmental Safety . 242 : 113875
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voir la publicationTaking full advantage of modelling to better assess environmental risk due to xenobiotics
Environmental Science and Pollution Research .
Article dans une revue
voir la publicationLifespan decreases with proportion of sons in males but not females of zoo‐housed tigers and lemurs
Journal of Evolutionary Biology .
DOI: 10.1111/jeb.13793
Article dans une revue
voir la publicationSex‐specific actuarial and reproductive senescence in zoo‐housed tiger ( Panthera tigris ): The importance of sub‐species for conservation
Zoo Biology .
DOI: 10.1002/zoo.21610
Article dans une revue
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationDRomics: A Turnkey Tool to Support the Use of the Dose–Response Framework for Omics Data in Ecological Risk Assessment
Environmental Science and Technology . 52 ( 24 ) : 14461-14468
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voir la publicationMaternal reproductive senescence shapes the fitness consequences of the parental age difference in ruffed lemurs
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 285 ( 1886 ) : 20181479
Article dans une revue
voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
Article dans une revue
voir la publicationadegraphics: An S4 Lattice-Based Package for the Representation of Multivariate Data
The R Journal . 9 ( 2 ) : 198-212
DOI: 10.32614/RJ-2017-042
Article dans une revue
voir la publicationFruiting Strategies of Perennial Plants: A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies
The American Naturalist . 188 ( 1 ) : 66-75
DOI: 10.1086/686684
Article dans une revue
voir la publicationUnknown age in health disorders: A method to account for its cumulative effect and an application to feline viruses interactions.
Epidemics . 11 : 48-55
Article dans une revue
voir la publicationDetermining the instar of a weevil larva (Coleoptera: Curculionidae) using a parsimonious method
European Journal of Entomology . 111 ( 4 ) : 567-573
Article dans une revue
voir la publicationConference Report: Deuxièmes Rencontres R
The R Journal . 5/2 : 164--165
Article dans une revue
voir la publicationNovel measures of linkage disequilibrium that correct the bias due to population structure and relatedness
Heredity . 108 ( 3 ) : 285-291
DOI: 10.1038/hdy.2011.73
Article dans une revue
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 Vitis species
Plant and Animal Genomes Conference . : np
Acte de congrès
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 Vitis species
Grapevine breeding and genetics .
Poster
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in four Vitis species
10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics .
Acte de congrès
voir la publicationGenetic structure and linkage disequilibrium in 4 species of the Vitis genus
Génoplante .
Poster
voir la publication