Siberchicot Aurélie

Ecologie Evolutive

• ade4 (Multivariate data analysis and graphical display) : CRAN -- GitHub -- book -- shiny app
• ade4TkGUI (A Tcl/Tk GUI for some basic functions in the ade4 package) : CRAN -- GitHub
• adegraphics (Graphical functionalities for the representation of multivariate data) : CRAN -- GitHub -- article -- talk
• adephylo (Exploratory Analyses for the Phylogenetic Comparative Method) : CRAN --  GitHub
• adespatial (Multivariate Multiscale Spatial Analysis) : CRAN -- GitHub
• CINID (Package on the Curculionidae INstar IDentification) : CRAN -- article
• Interatrix (Compute Chi-Square Measures with Corrections) : CRAN -- article
• OnAge (Implements a likelihood ratio test of differential senescence onset between two groups) : CRAN -- web

• Analyse de données issues du International Tiger Studbook et du International and North American Regional Studbooks for Ruffed Lemurs -- article -- article
• AGEX (ANR-15-CE32-0002-01, 2015-2019)  -- article
• Potenchêne (GIP-ECOFOR, 2014-2018) -- article
• CoCoReCo (JC09-470585, 2009-2012) -- article
• DLVitis (ANR-08-GENM-0002, 2008-2011) -- article -- CRAN

Bioinformatique

• DRomics (Dose Response for Omics) : CRAN -- GitHub -- shiny app 1 -- shiny app 2 -- web -- article -- IFB cloud appliance 1 -- IFB cloud appliance 2
• kissDE (Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data) : Bioconductor -- GitHub
• LDcorSV (Linkage Disequilibrium Corrected by the Structure and the Relatedness) : CRAN -- article
• MareyMap (Estimation of Meiotic Recombination Rates Using Marey Maps) : CRAN -- GitHub -- web -- shiny app -- article
• phylter (Detect and Remove Outliers in Phylogenomics Datasets) : CRAN -- GitHub

Statistiques et analyse de données

• fitdistrplus (Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data) : CRAN -- GitHub -- web
• Mondrian (A Simple Graphical Representation of the Relative Occurrence and Co-Occurrence of Events) : CRAN -- GitHub -- shiny app
• nlsMicrobio (Nonlinear Regression in Predictive Microbiology) : CRAN -- GitHub
• nlstools (Tools for Nonlinear Regression Analysis) : CRAN -- GitHub

Services

• serveur shiny : http://lbbe-shiny.univ-lyon1.fr
• site web d’Enseignements de Statistique en Biologie : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/

Réseaux métiers et conférences

• 3e Journées Nationales du Réseau de la Recherche Reproductible, Lyon (comité d'organisation)
• Rencontres R (comité de pilotage)
• 7e Rencontres R, Conférence, Rennes (comité de programme)
• R pour le calcul, Action Nationale de Formation CNRS, Aussois (comité d'organisation)
• 2e Rencontres R, Conférence, Lyon (comité d’organisation) -- article

Formations et enseignements

• UE Bases Informatiques, M1 Biodiversité, Écologie et Évolution, Université Lyon 1
• UE Visualisation de Données Biologiques, M2 Bio-informatique, Université Lyon 1
• Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique, FRB-Cesab et Gdr Ecostat
• Les bases du langage R, École Doctorale Université Savoie Mont Blanc
• Découverte et approfondissements du langage R, Groupe Lyon Calcul
• Développement de packages en R, ANF CNRS R pour le calcul

Jury

• Concours externe ENS (2021) - BAP A- IE - Ingénieur·e biologiste en traitement des données
• Concours externe INRA (2019) - Experte - BAP E - AI - Assistant·e statisticien·ne
• Concours externe INRA (2019) - BAP E - IE - Administrateur·trice des systèmes d’information
• Concours externe CNRS (2017) - Experte - BAP E - IE - Ingénieur·e en ingénierie logicielle - 2 postes

Encadrement

• Cassandra Bompard, stage M2, Développement d'un package R de visualisation (2023)
• Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
• Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
• Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)