Pôle informatique
Membres
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 68
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Technicien
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieure de recherche
UCBL
Tél : 33 04 72 44 85 98
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 06 82 87 93 59
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 26 23 44 70
info@listes-lbbe.univ-lyon1.fr
Le Pôle informatique (noté "PI" par la suite) est constitué de 8 ingénieurs (1T, 4IE, 3IR). Nos activités s'organisent selon 3 axes principaux : la gestion des infrastructures de calcul et de stockage (ressources partagées, et équipements individuels), le développement de logiciels et de services et l'analyse de données en biologie moléculaire et en écologie.
Gestion des infrastructures
-
Micro-informatique : le PI est chargé de la gestion des équipements micro-informatiques du laboratoire, depuis le choix de la solution la plus appropriée en concertation avec le futur utilisateur ou la future utilisatrice jusqu'à l'installation, la configuration et la maintenance des équipements.
- Système d'information du laboratoire : le PI fournit aux membres du laboratoire et de la communauté un certain nombre de services, dont plusieurs serveurs web, de nombreux serveurs de bases de données (relationnelles ou indexées) et plusieurs outils collaboratifs (Git, Redmine, Seafile...). Ces services sont hébergés sur des machines largement virtualisées.
- Calcul et stockage : depuis 2009, le PI gère un cluster avec près de 1200 cœurs de calcul disponibles. Il est relié à un système de stockage distribué haute performance de 600 To sous BeeGFS et à un stockage en mode objet basé sur iRods (~400 To utiles).
- Cloud et conteneurisation : le PI gère depuis 2017 le cloud "Girofle" (224 vcpu et 120 To) qui fait partie de la fédération de clouds Biosphère de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous commençons à faire converger notre infrastructure de virtualisation vers les technologies de conteneurisation (docker, singularity).
- Support aux utilisateurs : le PI fournit une assistance aux utilisateurs pour toutes les ressources et outils mis à la disposition des membres du laboratoire. Il forme et soutient les utilisateurs dans leur utilisation des ressources partagées grâce à des sessions de formation, des réunions d'information et des listes de diffusion.
Développement de logiciels et de méthodologies
Les membres du PI sont impliqués dans de nombreux projets de développement de logiciels en collaboration avec les chercheur du laboratoire, couvrant un large éventail de langages de programmation (R, Python, C++, OCaml, Javascript, SQL, shell). Cela va des codes numériques parallèles optimisés aux services web et aux bases de données dédiées (SQL ou no-SQL). Un effort particulier est également fait pour partager les bonnes pratiques de développement et pour rendre les codes logiciels reproductibles et disponibles selon les standards et les exigences de la communauté.
Analyse de données
Les membres du PI sont en première ligne face à l'avalanche de données et à leur diversité des données de cette décennie.
Une grande partie de notre activité est liée à la quantité de données provenant des technologies de séquençage. Nous développons et proposons des pipelines pour l'assemblage et l'annotation des données génomiques, l'analyse des données RNA-seq et RAD-seq. Plus récemment, le traitement informatique des images est devenu une question importante pour les futures études écologiques réalisées au laboratoire dans le cadre de l'écologie évolutive.
Animation, formation et expertise scientifique
Notre groupe a mis en place une série d'ateliers dédiés pour améliorer les compétences internes en ingénierie logicielle, informatique distribuée, programmation et analyse de données. Nous participons également à des actions d'enseignement (Université Lyon 1) et de formation (Formation permanente du CNRS).
Dans leurs domaines respectifs, les membres du PI suivent activement les développements technologiques et participent à des événements majeurs tels que JOBIM (bioinfo), les JRES (administration système), les JDEV (développement), les journées Aramis (administration système et réseau et développement logiciel) et les Rencontres R (programmation). Nous sommes également investis dans des réseaux métiers (Lyon Calcul, R Lyon) et des projets d'envergure nationale (projets IFB-NNCR et IFB-Core).
Nous travaillons en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique), notamment pour la gestion de l'infrastructure de calcul et de stockage, la diffusion de la production logicielle de notre laboratoire, l'organisation de sessions d'enseignement et pour le partage d'expertise en analyse de données génomiques et transcriptomiques.
Poster du Pôle Informatique
Publications (des membres actuels du pôle)
Affichage des publications 31 à 60 sur 169 au total
PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 11 ) : msad234
Article dans une revue
voir la publicationNeural Networks beyond explainability: Selective inference for sequence motifs
Transactions on Machine Learning Research Journal .
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptome-wide deregulation of gene expression by artificial light at night in tadpoles of common toads
Science of the Total Environment . 818 : 151734
Article dans une revue
voir la publicationExtraire des informations fiables des décisions de justice dans une perspective prédictive : des obstacles techniques et des obstacles théoriques
Jurimétrie - Revue de la mesure des phénomènes juridiques . ( 2 )
Article dans une revue
voir la publicationrbioacc: An R-package to analyze toxicokinetic data
Ecotoxicology and Environmental Safety . 242 : 113875
Article dans une revue
voir la publicationAdaptive duplication and genetic diversification of protein kinase R contribute to the specificity of bat-virus interactions
Science Advances . 8 ( 47 )
Article dans une revue
voir la publicationMeta-transcriptomics reveals stress adaptation processes in microbial communities differing in exposure history
"Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges" SFE2-GfÖ-EEF joint meeting, International conference on ecological sciences .
Acte de congrès
voir la publicationtidy tree : A New Layout for Phylogenetic Trees
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 10 ) : msac204
Article dans une revue
voir la publicationBayesian investigation of SARS-CoV-2-related mortality in France
Peer Community Journal . 2 ( e6 )
Article dans une revue
voir la publicationThirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation
Bioinformatics . 38 ( 8 ) : 2350–2352
Article dans une revue
voir la publicationTaking full advantage of modelling to better assess environmental risk due to xenobiotics
Environmental Science and Pollution Research .
Article dans une revue
voir la publicationResearch response to coronavirus disease 2019 needed better coordination and collaboration: a living mapping of registered trials
Journal of Clinical Epidemiology . ( 130 ) : 107-116
Article dans une revue
voir la publicationDILS: Demographic inferences with linked selection by using ABC
Molecular Ecology Resources .
Article dans une revue
voir la publicationLifespan decreases with proportion of sons in males but not females of zoo‐housed tigers and lemurs
Journal of Evolutionary Biology .
DOI: 10.1111/jeb.13793
Article dans une revue
voir la publicationSex‐specific actuarial and reproductive senescence in zoo‐housed tiger ( Panthera tigris ): The importance of sub‐species for conservation
Zoo Biology .
DOI: 10.1002/zoo.21610
Article dans une revue
voir la publicationAnticoagulation prior to hospitalization is a potential protective factor for COVID-19: insight from a French multicenter cohort study
Journal of the American Heart Association . 10 ( 8 ) : e018288
Article dans une revue
voir la publicationWho benefits most from Lyon’s bike sharing system?
PLoS ONE . 15 ( 4 )
Article dans une revue
voir la publicationTreerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics . 36 ( 18 ) : 4822-4824
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary stasis of the pseudoautosomal boundary in strepsirrhine primates
eLife . 9
DOI: 10.7554/eLife.63650
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary plasticity of mating-type determination mechanisms in Paramecium aurelia sibling species
Genome Biology and Evolution . ( evaa258 )
DOI: 10.1093/gbe/evaa258
Article dans une revue
voir la publicationRevisiting giraffe photo-identification using deep learning and network analysis
Pré-publication
voir la publicationStudying genetic antagonisms as drivers of genome evolution
Peer Community In Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationUtilisation de DRomics pour modéliser les données omiques de type dose-réponse dans le cadre de l’appréciation du risque environnemental
SEFA (Société d’Ecotoxicologie Fondamentale et Appliquée) .
Acte de congrès
voir la publicationDRomics: an R tool for modelling omics dose-response data
Congrès useR! .
Poster
voir la publicationIFB-Biosphère, Services Cloud pour l'Analyse des Données des Sciences de la Vie
JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 2019 .
Acte de congrès
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationCAARS: comparative assembly and annotation of RNA-Seq data
Bioinformatics . 35 ( 13 ) : 2199-2207
Article dans une revue
voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
Article dans une revue
voir la publication