Pôle informatique
Membres
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 11 68
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 04 72 43 35 82
Technicien
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 44 85 44
Stagiaire
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Ingénieur d'études
CNRS
Tél : 33 04 72 43 29 04
Ingénieure d'études
UCBL
Tél : 33 04 72 44 85 98
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 29 07
Ingénieur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 26 23 44 70
info@listes-lbbe.univ-lyon1.fr
Le Pôle informatique (noté "PI" par la suite) est constitué de 8 ingénieurs (1T, 4IE, 3IR). Nos activités s'organisent selon 3 axes principaux : la gestion des infrastructures de calcul et de stockage (ressources partagées, et équipements individuels), le développement de logiciels et de services et l'analyse de données en biologie moléculaire et en écologie.
Gestion des infrastructures
-
Micro-informatique : le PI est chargé de la gestion des équipements micro-informatiques du laboratoire, depuis le choix de la solution la plus appropriée en concertation avec le futur utilisateur ou la future utilisatrice jusqu'à l'installation, la configuration et la maintenance des équipements.
- Système d'information du laboratoire : le PI fournit aux membres du laboratoire et de la communauté un certain nombre de services, dont plusieurs serveurs web, de nombreux serveurs de bases de données (relationnelles ou indexées) et plusieurs outils collaboratifs (Git, Redmine, Seafile...). Ces services sont hébergés sur des machines largement virtualisées.
- Calcul et stockage : depuis 2009, le PI gère un cluster avec près de 1200 cœurs de calcul disponibles. Il est relié à un système de stockage distribué haute performance de 400 To sous BeeGFS et à un stockage en mode objet basé sur iRods (~300 To utiles).
- Cloud et conteneurisation : le PI gère depuis 2017 le cloud "Girofle" (224 vcpu et 120 To) qui fait partie de la fédération de clouds Biosphère de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Nous commençons à faire converger notre infrastructure de virtualisation vers les technologies de conteneurisation (docker, singularity).
- Support aux utilisateurs : le PI fournit une assistance aux utilisateurs pour toutes les ressources et outils mis à la disposition des membres du laboratoire. Il forme et soutient les utilisateurs dans leur utilisation des ressources partagées grâce à des sessions de formation, des réunions d'information et des listes de diffusion.
Développement de logiciels et de méthodologies
Les membres du PI sont impliqués dans de nombreux projets de développement de logiciels en collaboration avec les chercheur du laboratoire, couvrant un large éventail de langages de programmation (R, Python, C++, OCaml, Javascript, SQL, shell). Cela va des codes numériques parallèles optimisés aux services web et aux bases de données dédiées (SQL ou no-SQL). Un effort particulier est également fait pour partager les bonnes pratiques de développement et pour rendre les codes logiciels reproductibles et disponibles selon les standards et les exigences de la communauté.
Analyse de données
Les membres du PI sont en première ligne face à l'avalanche de données et à leur diversité des données de cette décennie.
Une grande partie de notre activité est liée à la quantité de données provenant des technologies de séquençage. Nous développons et proposons des pipelines pour l'assemblage et l'annotation des données génomiques, l'analyse des données RNA-seq et RAD-seq. Plus récemment, le traitement informatique des images est devenu une question importante pour les futures études écologiques réalisées au laboratoire dans le cadre de l'écologie évolutive.
Animation, formation et expertise scientifique
Notre groupe a mis en place une série d'ateliers dédiés pour améliorer les compétences internes en ingénierie logicielle, informatique distribuée, programmation et analyse de données. Nous participons également à des actions d'enseignement (Université Lyon 1) et de formation (Formation permanente du CNRS).
Dans leurs domaines respectifs, les membres du PI suivent activement les développements technologiques et participent à des événements majeurs tels que JOBIM (bioinfo), les JRES (administration système), les JDEV (développement), les journées Aramis (administration système et réseau et développement logiciel) et les Rencontres R (programmation). Nous sommes également investis dans des réseaux métiers (Lyon Calcul, R Lyon) et des projets d'envergure nationale (projets IFB-NNCR et IFB-Core).
Nous travaillons en étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique du PRABI (Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique), notamment pour la gestion de l'infrastructure de calcul et de stockage, la diffusion de la production logicielle de notre laboratoire, l'organisation de sessions d'enseignement et pour le partage d'expertise en analyse de données génomiques et transcriptomiques.
Poster du Pôle Informatique
Publications (des membres actuels du pôle)
Affichage des publications 31 à 60 sur 156 au total
Diversity indices for ecological networks: a unifying framework using Hill numbers
Ecology Letters . 22 ( 4 ) : 737-747
DOI: 10.1111/ele.13221
Article dans une revue
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationCAARS: comparative assembly and annotation of RNA-Seq data
Bioinformatics . 35 ( 13 ) : 2199-2207
Article dans une revue
voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationGearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs
Bioinformatics . 34 ( 2 ) : 323-329
Article dans une revue
voir la publicationDRomics: A Turnkey Tool to Support the Use of the Dose–Response Framework for Omics Data in Ecological Risk Assessment
Environmental Science and Technology . 52 ( 24 ) : 14461-14468
Article dans une revue
voir la publicationMaternal reproductive senescence shapes the fitness consequences of the parental age difference in ruffed lemurs
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 285 ( 1886 ) : 20181479
Article dans une revue
voir la publicationMOSAIC : une plate-forme web pour l’analyse statistique des données d’écotoxicologie. Fiche Thématique N°13
: 4 p.
Persistent Interactions with Bacterial Symbionts Direct Mature-Host Cell Morphology and Gene Expression in the Squid-Vibrio Symbiosis
mSystems . 3 ( 5 )
Article dans une revue
voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
Article dans une revue
voir la publicationInferring the timing of territoriality and rut in male roe deer from movements? Some preliminary results - and new perspectives
6. EURODEER meeting .
Acte de congrès
voir la publicationadegraphics: An S4 Lattice-Based Package for the Representation of Multivariate Data
The R Journal . 9 ( 2 ) : 198-212
DOI: 10.32614/RJ-2017-042
Article dans une revue
voir la publicationResponse to Comment on "Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests
Environmental Science and Technology . 51 : 8202-8203
Article dans une revue
voir la publicationRobust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests
Environmental Science and Technology . 51 : 4038-4045
Article dans une revue
voir la publicationEcological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers
PLoS Biology . 15 ( 2 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationPlaying hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
Article dans une revue
voir la publicationStatistical clustering of temporal networks through a dynamic stochastic block model
Journal of the Royal Statistical Society: Series B . 79 ( 4 ) : 1119–1141
DOI: 10.1111/rssb.12200
Article dans une revue
voir la publicationRevealing the hidden structure of dynamic ecological networks
Royal Society Open Science . 4 : 170251
DOI: 10.1098/rsos.170251
Article dans une revue
voir la publicationRéseaux et connectivité
Prospectives de l’Institut Écologie et environnement du CNRS . : 187-193
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAncestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431
DOI: 10.1093/gbe/evx255
Article dans une revue
voir la publicationMaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
DOI: 10.1101/127548
Autre publication
voir la publicationFruiting Strategies of Perennial Plants: A Resource Budget Model to Couple Mast Seeding to Pollination Efficiency and Resource Allocation Strategies
American Naturalist . 188 ( 1 ) : 66-75
DOI: 10.1086/686684
Article dans une revue
voir la publicationInferring the timing of territoriality and rut in male roe deer from movements?
8. EURODEER meeting .
Acte de congrès
voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationQuantitative Molecular Detection of 19 Major Pathogens in the Interdental Biofilm of Periodontally Healthy Young Adults
Frontiers in Microbiology . 7 : 840 - 840
Article dans une revue
voir la publicationHow Structured Is the Entangled Bank? The Surprisingly Simple Organization of Multiplex Ecological Networks Leads to Increased Persistence and Resilience
PLoS Biology . 14 ( 8 ) : e1002527
Article dans une revue
voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationNo Evidence That Nitrogen Limitation Influences the Elemental Composition of Isopod Transcriptomes and Proteomes
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 10 ) : 2605–2620
Article dans une revue
voir la publication