GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Mousset Sylvain
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 35 83
À propos de moi
Je suis généticien des populations, particulièrement intéressé par la modélisation mathématiques des phénomènes biologiques, mais aussi le développement de méthodes statistiques pour détecter les traces de la sélection dans les génomes, comme par exemple VolcanoFinder (une méthode basée sur le spectre de fréquence et utilisant un modèle d'introgression après un contact secondaire qui a pour but d'identifier les régions du génome où un allèle introgressé depuis une espèce voisine s'est fixé). Le graphique ci contre illustre le modèle de balayage sélectif d'un allèle introgressé lors d'un contact secondaire. On observe la vallée de polymorphisme au point focal de la sélection, mais aussi (et surtout ) les deux région flancantes où le niveau de polymorphisme est considérablement plus élevé donnant au graphique l'aspect d'un volcan.
J'apprécie aussi d'identifier et éventuellement corriger des biais méthodologique. L'identification d'un tel biais dans l'analyse de clades frères a permis de remettre en question l'hypothèse selon laquelle la diœcie constituerait un cul de sac évolutif chez les angiospermes.
Le schéma de droite illustre la méthode de comparaison de clades frères. Elle consiste à identifier tous les clades partageant un état donné pour un caractère puis à identifier leurs clades frères et à comparer les nombres d'espèces dans chaque paire de clades pour déterminer si l'un des états est associé à un plus fort taux de diversification. Cette analyse n'est cependant pas valide dans le cas où l'état considéré est l'état dérivé d'un caractère évoluant le long des branches de la phylogénie (on parle de transition anagénétique) . Dans ce cas, en effet le nombre d'espèces dans le clade dérivé est réduit par le temps qu'il aura fallu pour attendre cette transition.
En tant qu'enseignant-chercheur je suis impliqué dans l'enseignement des mathématiques pour les biologistes dans les trois premières années de licence mathématiques "de base", modélisation, statistique, mais j'interviens aussi en génétique et génomique des populations de la licence au master. Dans le cadre de ces enseignements, j'ai notamment développé plusieurs applications shiny utilisées pour les travaux pratiques de génétique quantitative, génétique des populations (dérive, modèle de Wright-Fisher) ou statistique.
Publications
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Labile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
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voir la publicationEvolutionary stasis of the pseudoautosomal boundary in strepsirrhine primates
eLife . 9
DOI: 10.7554/eLife.63650
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voir la publicationStudying genetic antagonisms as drivers of genome evolution
Peer Community In Evolutionary Biology .
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voir la publicationThe palaeolatitudinal distribution of fossil wood genera as a proxy for European Jurassic terrestrial climate
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 466 ( 373–381 )
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voir la publicationSEX-DETector: a probabilistic approach to study sex chromosomes in non-model organisms
Genome Biology and Evolution . 8 : 2530-2543
DOI: 10.1093/gbe/evw172
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voir la publicationIdentifying new sex-linked genes through BAC sequencing in the dioecious plant Silene latifolia
BMC Genomics . 16 : 546
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voir la publicationEstimation of the RNU2 macrosatellite mutation rate by BRCA1 mutation tracing
Nucleic Acids Research . 42 ( 14 ) : 9121-30
DOI: 10.1093/nar/gku639
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voir la publicationStandard Sister Clade Comparison Fails when Testing Derived Character States
Systematic Biology . 63 ( 4 ) : 601-609
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voir la publicationAn angiosperm-wide analysis of the gynodioecy-dioecy pathway.
Annals of Botany . 114 : 539-548
DOI: 10.1093/aob/mcu134
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voir la publicationDioecy is associated with higher diversification rates in flowering plants
Journal of Evolutionary Biology . 27 : 1478-1490
DOI: 10.1111/jeb.12385
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voir la publicationPCR survey of 50 introns in animals: Cross-amplification of homologous EPIC loci in eight non-bilaterian, protostome and deuterostome phyla
Marine Genomics . 12 : 1-8
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voir la publicationThe short-term impact of wetland restoration on the genetic diversity of a predominantly clonal plant species
Aquatic Botany . 110 : 16-23
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voir la publicationGeographical delimitation of a partial selective sweep in African \textitDrosophila melanogaster
Molecular ecology . 21 : 5702--14
DOI: 10.1111/mec.12004
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voir la publicationEvidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes
Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794
DOI: 10.1093/gbe/evs052
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voir la publicationRapid De Novo Evolution of X Chromosome Dosage Compensation in Silene latifolia a Plant with Young Sex Chromosomes
PLoS Biology . 10 ( 4 ) : e1001308
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voir la publicationAn efficient method to find potentially universal population genetic markers applied to metazoans
BMC Evolutionary Biology . 10 ( 276 ) : 1-17
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voir la publicationDetecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580
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voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.
Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96
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voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline
Genome Research . 18 : 585-596
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voir la publicationPopulation genetic inference using a fixed number of segregating sites : a reassessment
Genetical Research . 89 : 231-244
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voir la publicationMolecular polymorphism in Drosophila melanogaster and D. simulans: what have we learned from recent studies?
Genetica . 120 : 79-86
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voir la publicationThe role of natural selection in genetic differentiation of worldwide populations of Drosophila ananassae
Genetics . 168 : 1987-1998
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voir la publicationA test of neutrality and constant population size based on the mismatch distribution
Molecular Biology and Evolution . 21 : 724-731
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voir la publicationEvidence of a high rate of selective sweeps in African Drosophila melanogaster
Genetics . 163 : 599-609
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voir la publicationDemography and natural selection have shaped genetic variation in Drosophila melanogaster: a multi-locus approach
Genetics . 165 : 1269-1278
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voir la publicationPower of neutrality tests to detect bottlenecks and hitchhiking
Journal of Molecular Evolution . 57 : S190-S200
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voir la publicationHaplotype tests using coalescent simulations conditional on the number of segregating sites
Molecular Biology and Evolution . 18 : 1136-1138
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voir la publicationSelective sweep near the In(2L)t inversion breakpoint in an African population of Drosophila melanogaster
Genetical Research . 76 : 149-158
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voir la publicationGene flow in a facultative apomictic poacea the savanna grass Hyparrhenia diplandra
Genetics . 156 : 823-831
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voir la publicationCytological investigations with regard to population dynamics of pine sawfly, Diprion pini L. (Hym.: Diprionidae)
Population dynamics, impacts, and integrated management of forest defoliating insects . ( 247 )
Acte de congrès
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