GECO Evolutionary and Computational Genomics

Bioinformatics, Phylogeny and Evolutionary Genomics Group

Mousset Sylvain

Maître de conférences

UCBL

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Introgression sweep

À propos de moi

Je suis généticien des populations, particulièrement  intéressé par la modélisation mathématiques des phénomènes biologiques, mais aussi le développement de méthodes statistiques pour détecter les traces de la sélection dans les génomes, comme par exemple VolcanoFinder (une méthode basée sur  le spectre de fréquence et utilisant un modèle d'introgression après un contact secondaire qui a pour but d'identifier les régions  du génome où un allèle introgressé depuis une espèce voisine s'est fixé). Le graphique ci contre illustre  le modèle de balayage sélectif  d'un allèle introgressé lors d'un contact secondaire. On observe la vallée de polymorphisme au point focal de la sélection, mais aussi (et surtout ) les deux région flancantes où le niveau de polymorphisme est  considérablement plus élevé donnant au graphique l'aspect d'un volcan.

analyse de clades frères

J'apprécie aussi d'identifier et éventuellement corriger des biais méthodologique. L'identification d'un tel biais dans l'analyse de clades frères a permis de remettre en question l'hypothèse selon laquelle la diœcie constituerait un cul de sac évolutif chez les angiospermes.

Le schéma de droite illustre la méthode de comparaison de clades frères. Elle consiste à identifier tous les clades partageant un état donné pour un caractère puis à identifier leurs clades frères et à comparer les nombres d'espèces dans chaque paire de clades pour déterminer si l'un des états est associé à un plus fort taux de diversification. Cette analyse n'est cependant pas valide dans le cas où l'état considéré est l'état dérivé d'un caractère évoluant le long des branches de la phylogénie (on parle de transition anagénétique) . Dans ce cas, en effet le nombre d'espèces dans le clade dérivé  est réduit par le temps qu'il aura fallu pour attendre cette transition.

En tant qu'enseignant-chercheur je suis impliqué dans l'enseignement des mathématiques pour les biologistes dans les trois premières années de licence mathématiques "de base", modélisation, statistique, mais j'interviens aussi en génétique et génomique des populations de la licence au master. Dans le cadre de ces enseignements, j'ai notamment développé plusieurs applications shiny  utilisées  pour les travaux pratiques de génétique quantitative, génétique des populations (dérive, modèle de Wright-Fisher) ou statistique.

Publications

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Labile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes

Jos Käfer, Marcos Méndez, Sylvain Mousset

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )

DOI: 10.1098/rstb.2021.0216

Journal article

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Evolutionary stasis of the pseudoautosomal boundary in strepsirrhine primates

Rylan Shearn, Alison E Wright, Sylvain Mousset, Corinne Régis, Simon Penel, Jean-François Lemaître Lemaître...

eLife . 9

DOI: 10.7554/eLife.63650

Journal article

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Studying genetic antagonisms as drivers of genome evolution

Mathieu Joron, Rylan Shearn, Alison E Wright, Sylvain Mousset, Corinne Régis, Simon Penel...

Peer Community In Evolutionary Biology .

DOI: 10.24072/pci.evolbiol.100108

Journal article

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The palaeolatitudinal distribution of fossil wood genera as a proxy for European Jurassic terrestrial climate

Marc Philippe, Sara Puijalon, Guillaume C Suan, Sylvain Mousset, Frédéric Thévenard, Emanuela Mattioli

Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 466 ( 373–381 )

DOI: 10.1016/j.palaeo.2016.11.029

Journal article

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SEX-DETector: a probabilistic approach to study sex chromosomes in non-model organisms

A. Muyle, Jos Käfer, N. Zemp, S. Mousset, Franck Picard, Gabriel Marais

Genome Biology and Evolution . 8 : 2530-2543

DOI: 10.1093/gbe/evw172

Journal article

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Identifying new sex-linked genes through BAC sequencing in the dioecious plant Silene latifolia

Nicolas Blavet, Hana Blavet, Aline Muyle, Jos Käfer, Radim Cegan, Clothilde Deschamps...

BMC Genomics . 16 : 546

DOI: 10.1186/s12864-015-1698-7

Journal article

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Estimation of the RNU2 macrosatellite mutation rate by BRCA1 mutation tracing

C. Tessereau, Yann Lesecque, N. Monnet, M. Buisson, L. Barjhoux, M. Leone...

Nucleic Acids Research . 42 ( 14 ) : 9121-30

DOI: 10.1093/nar/gku639

Journal article

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Standard Sister Clade Comparison Fails when Testing Derived Character States

Jos Käfer, S. Mousset

Systematic Biology . 63 ( 4 ) : 601-609

DOI: 10.1093/sysbio/syu024

Journal article

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An angiosperm-wide analysis of the gynodioecy-dioecy pathway.

Mathilde Dufaÿ, P. Champelovier, J Käfer, Jean-Pierre Henry, Sylvain Mousset, Gabriel A.B. Marais

Annals of Botany . 114 : 539-548

DOI: 10.1093/aob/mcu134

Journal article

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Dioecy is associated with higher diversification rates in flowering plants

Jos Käfer, Hugo J de Boer, Sylvain Mousset, Anneleen Kool, Mathilde Dufaÿ, Gabriel A.B. Marais

Journal of Evolutionary Biology . 27 : 1478-1490

DOI: 10.1111/jeb.12385

Journal article

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PCR survey of 50 introns in animals: Cross-amplification of homologous EPIC loci in eight non-bilaterian, protostome and deuterostome phyla

K. Gerard, E. Guilloton, S. Arnaud-Haond, Didier Aurelle, R. Bastrop, Pierre Chevaldonné...

Marine Genomics . 12 : 1-8

DOI: 10.1016/j.margen.2013.10.001

Journal article

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The short-term impact of wetland restoration on the genetic diversity of a predominantly clonal plant species

Jehanne Oudot-Canaff, Gudrun Bornette, Marie-Rose Viricel, Florence Piola, Sylvain Mousset, Evelyne Martel

Aquatic Botany . 110 : 16-23

DOI: 10.1016/j.aquabot.2013.04.006

Journal article

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Geographical delimitation of a partial selective sweep in African \textitDrosophila melanogaster

L. Frezal, F. Meli, Sylvain Mousset, S. Mona, M. Veuille

Molecular ecology . 21 : 5702--14

DOI: 10.1111/mec.12004

Journal article

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Evidence for Widespread GC-biased Gene Conversion in Eukaryotes

Eugénie Pessia, Alexandra Popa, Sylvain Mousset, Clément Rezvoy, Laurent Duret, G. Marais

Genome Biology and Evolution . 4 : 787-794

DOI: 10.1093/gbe/evs052

Journal article

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Rapid De Novo Evolution of X Chromosome Dosage Compensation in Silene latifolia a Plant with Young Sex Chromosomes

A. Muyle, N. Zemp, C. Deschamps, Sylvain Mousset, A. Wildmer, Gabriel Marais

PLoS Biology . 10 ( 4 ) : e1001308

DOI: 10.1371/journal.pbio.1001308

Journal article

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An efficient method to find potentially universal population genetic markers applied to metazoans

A. Chenuil, Thierry B. Hoareau, E. Egea, G. Penant, C. Rocher, D. Aurelle...

BMC Evolutionary Biology . 10 ( 276 ) : 1-17

DOI: 10.1186/1471-2148-10-276

Journal article

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Detecting positive selection within genomes: the problem of biased gene conversion

A. Ratnakumar, Sylvain Mousset, S. Glémin, J. Berglund, N. Galtier, L. Duret...

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 365 ( 1552 ) : 2571-2580

DOI: 10.1098/rstb.2010.0007

Journal article

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Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.

L. Duret, Jean Cohen, Claire Jubin, Philippe Dessen, Jean-François Goût, Sylvain Mousset...

Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96

DOI: 10.1101/gr.074534.107

Journal article

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Analysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline

L. Duret, J. Cohen, C. Jubin, P. Dessen, J.-F. Gout, Sylvain Mousset...

Genome Research . 18 : 585-596

DOI: 10.1101/gr.074534.107

Journal article

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Population genetic inference using a fixed number of segregating sites : a reassessment

S.E. Ramos-Onsins, Sylvain Mousset, T. Mitchell-Olds, W. Stephan

Genetical Research . 89 : 231-244

Journal article

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Molecular polymorphism in Drosophila melanogaster and D. simulans: what have we learned from recent studies?

Sylvain Mousset, N. Derome

Genetica . 120 : 79-86

Journal article

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The role of natural selection in genetic differentiation of worldwide populations of Drosophila ananassae

J.F. Baines, A. Das, Sylvain Mousset, W. Stephan

Genetics . 168 : 1987-1998

Journal article

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A test of neutrality and constant population size based on the mismatch distribution

Sylvain Mousset, N. Derome, M. Veuille

Molecular Biology and Evolution . 21 : 724-731

Journal article

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Evidence of a high rate of selective sweeps in African Drosophila melanogaster

Sylvain Mousset, L. Brazier, M.L. Cariou, F. Chartois, F. Depaulis, M. Veuille

Genetics . 163 : 599-609

Journal article

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Demography and natural selection have shaped genetic variation in Drosophila melanogaster: a multi-locus approach

S. Glinka, L. Ometto, Sylvain Mousset, W. Stephan, D. de Lorenzo

Genetics . 165 : 1269-1278

Journal article

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Power of neutrality tests to detect bottlenecks and hitchhiking

F. Depaulis, Sylvain Mousset, M. Veuille

Journal of Molecular Evolution . 57 : S190-S200

Journal article

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Haplotype tests using coalescent simulations conditional on the number of segregating sites

F. Depaulis, Sylvain Mousset, M. Veuille

Molecular Biology and Evolution . 18 : 1136-1138

Journal article

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Selective sweep near the In(2L)t inversion breakpoint in an African population of Drosophila melanogaster

F. Depaulis, L. Brazier, Sylvain Mousset, A. Turbe, M. Veuille

Genetical Research . 76 : 149-158

Journal article

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Gene flow in a facultative apomictic poacea the savanna grass Hyparrhenia diplandra

J. Durand, L. Garnier, I. Dajoz, Sylvain Mousset, M. Veuille

Genetics . 156 : 823-831

Journal article

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Cytological investigations with regard to population dynamics of pine sawfly, Diprion pini L. (Hym.: Diprionidae)

Jérôme Rousselet, Claude Géri, Francis Goussard, Sylvain Mousset, Stéphanie Marétheu, Françoise Lemeunier

Population dynamics, impacts, and integrated management of forest defoliating insects . ( 247 )

Conference paper

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