GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Lerat Emmanuelle
Chargée de recherche
CNRS
Tél : 04 72 43 13 44
Mes recherches concernent l’étude du rôle des éléments transposables (ET) dans l'évolution des génomes eucaryotes en utilisant des approches de génomiques comparatives et de bioinformatiques chez différents organismes. Depuis plusieurs années, j’ai développé une expertise dans l’identification des ET dans les génomes séquencés, l'étude de leurs effets sur les gènes avoisinants, mais aussi dans l’analyse évolutive des séquences d’ET.
Projets
• Détection des copies d'ETs dans des génomes pour analyser leur dynamique et leur évolution. Pour cela, nous avons développé plusieurs programmes :
- Méthode statistique à l'échelle du génome pour détecter les séquences transférées horizontalement sans a priori (Modolo et al. 2014) disponible ici.
- Outil pour "parser" le fichier de sortie de RepeatMasker afin d'obtenir des informations détaillées concernant le contenu en ET dans un génome au niveau de la famille (Bailly-Bechet et al. 2014) disponible à One-code-to-find-them-all.
- Outil pour effectuer des analyses transcriptomiques d'ET (Lerat et al. 2017) disponible ici.
- En développement : outil pour simuler une distribution d'insertions d'ET polymorphes.
• Etude du lien entre insertions d'ET, modifications épigénétiques et expression des gènes dans différentes conditions par exemple : cellules normales vs tumorales) chez les mammifères et les drosophiles.
• Influence des ET sur l'évolution des gènes dupliqués.
• Participation au développement d'une référence pour l'annotation des ET dans les génomes en collaboration avec plusieurs chercheurs internationaux (Hoen et al. 2015).
Court CV
• 2005-present :chercheuse CNRS
• 2010 : Habilitation à diriger des recherches (HDR)
• 2004-2005 : Post-doc au LBBE (financement FRM)
• 2002-2004 : Post-doc à l'Université d'Arizona (Tucson, USA)
• 2001-2002 : ATER à l'Université Lyon 1
• 1998-2001 : Doctorat à l'Université Lyon 1
Membre de sociétés et expertise
- Membre de la "Society for Molecular Biology and Evolution" (SMBE)
- Membre de la Société Française de Bioinformatique (SFBI)
- Editrice associée pour "Genome Biology and Evolution" (GBE) (2008-2023)
- "Recommander" pour PCI Genomics depuis 2020
- ResearchGate.
- Carène Rizzon (lab. Statistics and Genome, Université d’Evry, France)
- Jocelyn Turpin et Caroline Leroux (UMR754 - INRAe - Univ. Lyon, France)
- Sandra Duharcourt (Institut Jacques Monod, Paris, France), Linda Sperling (I2BC, Gif sur Yvette, France), Eric Meyer (IBENS, Paris, France)
- Anne Mey (CarMeN lab, France) et Jacques Samarut (IGFL, ENS Lyon, France)
- Eric Peyretaillade, Nicolas Parisot, et Pierre Peyret (EA CIDAM, Université d’Auvergne, France)
- Marc Bailly-Béchet (Institut Sophia Agrobiotech, Univ. Nice Sophia Antipolis)
- Marie-Pierre Chapuis (Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Montpellier)
- Franck Picard (Lab. Biologie et Modélisation de la Cellule, ENS, Lyon)
- Claudia Carareto (UNESP, Brazil)
- Antoine Perasso (Lab. « Chrono-environnement », Université de Franche-Comté, France)
- Christophe Guyeux (FEMTO-ST institute, Université de France-Comté, France)
- Josefa Gonzalez (Institut de Biologie Evolutive (CSIC-Universitat Pompeu Fabra) Barcelone, Espagne)
- Mohamed Makni (Lab. de Génomique des insectes ravageurs de cultures d’intérêt agronomique, Univ Tunis El Manar, Tunisie)
- Gabriel da Luz Wallau (Department of Entomology, Aggeu Magalhães Institute (IAM), Recife, Brésil)
-
L3 : A. Mula (2006), E. Ohanyan (2016 ; co-supervision M Bailly-Béchet)
-
M1 : F. Giordano (2006), R. Kahoul (2007), C. Déchaud (2016), C. Bompard (2022; co-encadrement C. Rizzon), A. Benmehdia (2022; co-supervision C. Rizzon)
-
M2 : B. Cheaib (2007), H. Mortada (2008), L. Modolo (2011), L. Grégoire (2013 ; co-supervision A. Haudry), E. Saulnier (2013 ; co-supervision C. Rizzon), N. Bargues (2015), R. Lannes (2016), C. Déchaud (2017), A. Le (2019), M. Le Guet (2019 ; co-supervision G. da Luz Wallau), G. Pozo (2020; co-supervision C. Rizzon), T. Tesseraud (2021 ; co-supervision C. Rizzon), A. Benmehdia (2023; co-supervision C. Rizzon).
-
Doctorat : M. Deloger (2006-2009 ; co-direction C. Vieira et MF Sagot), A. Granzotto (2007-2011 ; co-direction C. Vieira et C. Carrareto), H. Mortada (2008-2011 ; co-direction C. Vieira), L. Modolo (2011-2014), S. Sedghiani (2016), M. Verneret (2022-2025 co-direction J. Turpin).
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 66 au total
Look4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats
Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8
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voir la publicationParticular sequence characteristics induce bias in the detection of polymorphic transposable element insertions
Pré-publication
voir la publicationSmall ruminants versus endogenous retroviruses: an evolutive showdown still in progress in the domestic goat genome
International congress on transposable elements .
Poster
voir la publicationSMBE Secretary’s Report
Molecular Biology and Evolution . 41 ( 6 )
Article dans une revue
voir la publicationLook4LTRs: a Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats
Mobile DNA . 15 ( 1 ) : 8
Article dans une revue
voir la publicationA genome-wide study of ruminants reveals two endogenous retrovirus families still active in goats
Pré-publication
voir la publicationMicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation
International Journal of Molecular Sciences . 25 ( 2 ) : 880
DOI: 10.3390/ijms25020880
Article dans une revue
voir la publicationA first step towards the characterization of endogenous retroviruses’ evolutionary history and impact on small ruminant genomes
CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationOVINE β-ENDOGENOUS RETROVIRUSES : FROM INTEGRATION TO COPY-SPECIFIC TRANSCRIPTION
XXVèmes Journées Francophones de Virologie .
Poster
voir la publicationLook4LTRs: A Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats
Pré-publication
voir la publicationHow genomics can help biodiversity conservation
Trends in Genetics .
Article dans une revue
voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
Article dans une revue
voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
PLoS Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
Article dans une revue
voir la publicationThe Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab062
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element activity in the transcriptomic analysis of mouse pancreatic tumors
Pré-publication
voir la publicationA new tool to cross and analyze TE and gene annotations
Peer Community In Genomics . : 100010
Autre publication
voir la publicationAn Overview of Duplicated Gene Detection Methods: Why the Duplication Mechanism Has to Be Accounted for in Their Choice
Genes . 11 ( 9 ) : 1046
Article dans une revue
voir la publicationDoes the Presence of Transposable Elements Impact the Epigenetic Environment of Human Duplicated Genes?
Genes . 10 ( 3 ) : 249
Article dans une revue
voir la publicationOn the Importance to Acknowledge Transposable Elements in Epigenomic Analyses
Genes . 10 ( 4 ) : 258
Article dans une revue
voir la publicationRepeat in genomes: how and why you should consider them in genome analyses
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology . 2 : 210-220
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationPopulation specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
Molecular Ecology . : 1-17
DOI: 10.1111/mec.14963
Article dans une revue
voir la publicationSimulation-based estimation of branching models for LTR retrotransposons
Bioinformatics . 33 ( 3 ) : 320 - 326
Article dans une revue
voir la publicationTEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
Nucleic Acids Research . 45 : 13
DOI: 10.1093/nar/gkw953
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary history of LTR-retrotransposons among 20 Drosophila species
Mobile DNA . 8 : 7
Article dans une revue
voir la publicationThe transposable element environment of human genes is associated with histone and expression changes in cancer
BMC Genomics . 17 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationThe Prediction and Validation of Small CDSs Expand the Gene Repertoire of the Smallest Known Eukaryotic Genomes
PLoS ONE . 10 ( 9 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationA call for benchmarking transposable element annotation methods.
Mobile DNA . 6 : 13
Article dans une revue
voir la publicationSubcellular Localization of ENS-1/ERNI in Chick Embryonic Stem Cells
PLoS ONE . 9 ( 3 ) : e92039
Article dans une revue
voir la publicationHijacking of Host Cellular Functions by an Intracellular Parasite, the Microsporidian Anncaliia algerae
PLoS ONE . 9 ( 6 ) : e100791
Article dans une revue
voir la publicationMicrosporidian Genomes Harbor a Diverse Array of Transposable Elements that Demonstrate an Ancestry of Horizontal Exchange with Metazoans.
Genome Biology and Evolution . 6 ( 9 ) : 2289-300
DOI: 10.1093/gbe/evu178
Article dans une revue
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