GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 1402 au total
MicroAnnot: A Dedicated Workflow for Accurate Microsporidian Genome Annotation
International Journal of Molecular Sciences . 25 ( 2 ) : 880
DOI: 10.3390/ijms25020880
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voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
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voir la publicationRandom genetic drift sets an upper limit on mRNA splicing accuracy in metazoans
eLife . 13 : RP93629
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voir la publicationImbalanced speciation pulses sustain the radiation of mammals
Science . 384 ( 6699 ) : 1007-1012
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voir la publicationTransposable element expression with variation in sex chromosome number: insights into a toxic Y effect on human longevity
Peer Community In Genomics .
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voir la publicationMacSyFinder v2: Improved modelling and search engine to identify molecular systems in genomes
Peer Community Journal . 3 : e28
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voir la publicationChance Favors the Prepared Genomes: Horizontal Transfer Shapes the Emergence of Antibiotic Resistance Mutations in Core Genes
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 10 ) : msad217
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voir la publicationThe evolution of GC-biased gene conversion by means of natural selection
ETEE'2023: Empiricism & Theory in Ecology and Evolution .
Acte de congrès
voir la publicationGeographic origin and social status of the Gallic warriors from Ribemont‐sur‐Ancre (France) studied through isotope systematics of bone remains
International Journal of Osteoarchaeology . 33 ( 1 ) : 39-50
DOI: 10.1002/oa.3172
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voir la publicationExperimental analysis of diverse actin-like proteins from various magnetotactic bacteria by functional expression in Magnetospirillum gryphiswaldense
mBio . 14 ( 5 )
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voir la publicationA first step towards the characterization of endogenous retroviruses’ evolutionary history and impact on small ruminant genomes
CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationOVINE β-ENDOGENOUS RETROVIRUSES : FROM INTEGRATION TO COPY-SPECIFIC TRANSCRIPTION
XXVèmes Journées Francophones de Virologie .
Poster
voir la publicationDe novo analysis of splicing from RNA-seq data: models, algorithms and applications
Mitigation of the diagenesis risk in biological apatite δ18O interpretation
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 630 : 111812
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voir la publicationδ2H and δ18O of river water from a high-altitude humid plain of the southern Alps: Implications for the interpretation of the isotopic compositions of bioapatite from humans living close to mountain areas
Journal of Archaeological Science: Reports . 49 : 104020
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voir la publicationEvolution of sex-biased gene expression during transitions to separate sexes in the Silene genus
Pré-publication
voir la publicationGenomic portrait and relatedness patterns of the Iron Age Log Coffin culture in northwestern Thailand
Nature Communications . 14 ( 1 ) : 8527
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voir la publicationGenome-wide variation in the Angolan Namib Desert reveals unique pre-Bantu ancestry
Science Advances . 9 ( 38 )
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voir la publicationSouth Asian maternal and paternal lineages in southern Thailand and the role of sex-biased admixture
PLoS ONE . 18 ( 9 ) : e0291547
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voir la publicationThe genomic diversity of Taiwanese Austronesian groups: Implications for the “Into- and Out-of-Taiwan” models
PNAS Nexus . 2 ( 5 )
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voir la publicationGenomic perspectives on human dispersals during the Holocene
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 120 ( 4 )
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voir la publicationMinimal Cut Sets of a Consortium Model of P. aeruginosa and S. aureus Reveal New Cross-Feeding Interactions
Metabolic Pathway Analysis 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationA General Framework for Enumerating Equivalence Classes of Solutions
Algorithmica . 85 ( 10 ) : 3003-3023
Article dans une revue
voir la publicationLook4LTRs: A Long terminal repeat retrotransposon detection tool capable of cross species studies and discovering recently nested repeats
Pré-publication
voir la publicationPhylogenomic analysis of protein‐coding genes resolves complex gall wasp relationships
Systematic Entomology .
DOI: 10.1111/syen.12611
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voir la publicationHow genomics can help biodiversity conservation
Trends in Genetics .
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voir la publicationBridging the gap between the evolutionary dynamics and the molecular mechanisms of meiosis : a model based exploration of the PRDM9 intra-genomic Red Queen
PLoS Genetics . 20 ( 5 ) : e1011274
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voir la publicationCompositionally Constrained Sites Drive Long-Branch Attraction
Systematic Biology . 72 ( 4 ) : 767 - 780
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voir la publicationIdentifying the Best Approximating Model in Bayesian Phylogenetics: Bayes Factors, Cross-Validation or wAIC?
Systematic Biology . 72 : 616 - 638
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voir la publication