GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 1378 au total
Protein conformational space at the edge of allostery: turning a nonallosteric malate dehydrogenase into an “allosterized” enzyme using evolution-guided punctual mutations
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 9 ) : msac186
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voir la publicationAn Improved Codon Modeling Approach for Accurate Estimation of the Mutation Bias
Molecular Biology and Evolution . 39
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voir la publicationEfficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations
Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16
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voir la publicationTotoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations
Frontiers in Genetics . 13 : 1-12
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voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
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voir la publicationLabile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
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voir la publicationCALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS
Bioinformatics .
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voir la publicationA divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea
BMC Ecology and Evolution . 22 ( 1 ) : 1-12
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voir la publicationSex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356
DOI: 10.1111/evo.14410
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voir la publicationSex chromosomes, sex ratios and sex gaps in longevity in plants
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
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voir la publicationA derived ZW chromosome system in Amborella trichopoda, representing the sister lineage to all other extant flowering plants
New Phytologist . 233 : 1636-1642
DOI: 10.1111/nph.17662
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voir la publicationExploring correlations in genetic and cultural variation across language families in northeast Asia
Science Advances . 7 ( 34 )
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voir la publicationVariation of microRNA expression in the human placenta driven by population identity and sex of the newborn
BMC Genomics . 22 : 286
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voir la publicationReconstructing the Human Genetic History of Mainland Southeast Asia: Insights from Genome-Wide Data from Thailand and Laos
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 8 ) : 3459 - 3477
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voir la publicationGenomic insights into population history and biological adaptation in Oceania
Nature . 592 ( 7855 ) : 583-589
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voir la publicationThe genomic prehistory of peoples speaking Khoisan languages
Human Molecular Genetics . 30 ( 2 ) : R49-R55
DOI: 10.1093/hmg/ddaa221
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voir la publicationPositive selection plays a major role in shaping signatures of differentiation across the genomic landscape of two independent Ficedula flycatcher species pairs
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 75 ( 9 ) : 2179-2196
DOI: 10.1111/evo.14234
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voir la publicationThe Effects of GC-Biased Gene Conversion on Patterns of Genetic Diversity among and across Butterfly Genomes
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab064
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voir la publicationLes isotopes de l'hydrogène contenus dans les tissus osseux et dentaires de populations archéologiques et leurs usages comme proxys paléoclimatiques et paléoalimentaires
27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Computational Methods in System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Metabolic Pathway Analysis .
Acte de congrès
voir la publicationFine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction
Scientific Reports . 11 ( 1 ) : 878
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voir la publicationCombining Kinetic and Constraint-Based Modelling to Better Understand Metabolism Dynamics
Processes . 9 ( 10 ) : 1701
DOI: 10.3390/pr9101701
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voir la publicationThe human gut microbiome and health inequities
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 118 ( 25 ) : e2017947118
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voir la publicationNo evidence for female kin association, indications for extragroup paternity, and sex‐biased dispersal patterns in wild western gorillas
Ecology and Evolution . 11 ( 12 ) : 7634-7646
DOI: 10.1002/ece3.7596
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voir la publicationElevated rates of horizontal gene transfer in the industrialized human microbiome
Cell . 184 ( 8 ) : 2053-2067.e18
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voir la publicationChanges in the Human Gut Microbiota Associated With Colonization by Blastocystis sp. and Entamoeba spp. in Non-Industrialized Populations
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology . 11 : 533528
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voir la publicationThe Molecular Determinants of Thermoadaptation: Methanococcales as a Case Study
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 5 ) : 1761–1776
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voir la publicationDILS: Demographic inferences with linked selection by using ABC
Molecular Ecology Resources .
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voir la publicationMassive colonization of protein-coding exons by selfish genetic elements in Paramecium germline genomes
PLoS Biology . 19 ( 7 ) : e3001309
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