GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 1404 au total
Modeling the spatiotemporal spread of beneficial alleles using ancient genomes
eLife . 11
DOI: 10.7554/eLife.73767
Article dans une revue
voir la publicationPolynomial Delay Algorithm for Minimal Chordal Completions
49th International Colloquium on Automata, Languages, and Programming (ICALP) .
Acte de congrès
voir la publicationMutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkac1182
Article dans une revue
voir la publicationGeometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling
International Conference on System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationSpecial Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”
Processes . 10 ( 8 ) : 1612
DOI: 10.3390/pr10081612
Article dans une revue
voir la publicationHybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms
Hybrid models and methods in systems medicine .
Acte de congrès
voir la publicationMod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants
Meetochondrie .
Acte de congrès
voir la publicationBrumiR: A toolkit for de novo discovery of microRNAs from sRNA-seq data
GigaScience . 11
Article dans une revue
voir la publicationCodiversification of gut microbiota with humans
Science . 377 ( 6612 ) : 1328-1332
Article dans une revue
voir la publicationProtein conformational space at the edge of allostery: turning a nonallosteric malate dehydrogenase into an “allosterized” enzyme using evolution-guided punctual mutations
Molecular Biology and Evolution . 39 ( 9 ) : msac186
Article dans une revue
voir la publicationAn Improved Codon Modeling Approach for Accurate Estimation of the Mutation Bias
Molecular Biology and Evolution . 39
Article dans une revue
voir la publicationEfficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations
Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16
Article dans une revue
voir la publicationTotoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations
Frontiers in Genetics . 13 : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationRecent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements
Frontiers in Genetics . 13
Article dans une revue
voir la publicationLabile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
Article dans une revue
voir la publicationCALDERA: Finding all significant de Bruijn subgraphs for bacterial GWAS
Bioinformatics .
Article dans une revue
voir la publicationA divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea
BMC Ecology and Evolution . 22 ( 1 ) : 1-12
Article dans une revue
voir la publicationSex‐related differences in aging rate are associated with sex chromosome system in amphibians
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 76 ( 2 ) : 346-356
DOI: 10.1111/evo.14410
Article dans une revue
voir la publicationSex chromosomes, sex ratios and sex gaps in longevity in plants
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )
Article dans une revue
voir la publicationA derived ZW chromosome system in Amborella trichopoda, representing the sister lineage to all other extant flowering plants
New Phytologist . 233 : 1636-1642
DOI: 10.1111/nph.17662
Article dans une revue
voir la publicationExploring correlations in genetic and cultural variation across language families in northeast Asia
Science Advances . 7 ( 34 )
Article dans une revue
voir la publicationVariation of microRNA expression in the human placenta driven by population identity and sex of the newborn
BMC Genomics . 22 : 286
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the Human Genetic History of Mainland Southeast Asia: Insights from Genome-Wide Data from Thailand and Laos
Molecular Biology and Evolution . 38 ( 8 ) : 3459 - 3477
Article dans une revue
voir la publicationGenomic insights into population history and biological adaptation in Oceania
Nature . 592 ( 7855 ) : 583-589
Article dans une revue
voir la publicationThe genomic prehistory of peoples speaking Khoisan languages
Human Molecular Genetics . 30 ( 2 ) : R49-R55
DOI: 10.1093/hmg/ddaa221
Article dans une revue
voir la publicationPositive selection plays a major role in shaping signatures of differentiation across the genomic landscape of two independent Ficedula flycatcher species pairs
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 75 ( 9 ) : 2179-2196
DOI: 10.1111/evo.14234
Article dans une revue
voir la publicationThe Effects of GC-Biased Gene Conversion on Patterns of Genetic Diversity among and across Butterfly Genomes
Genome Biology and Evolution . 13 ( 5 )
DOI: 10.1093/gbe/evab064
Article dans une revue
voir la publicationLes isotopes de l'hydrogène contenus dans les tissus osseux et dentaires de populations archéologiques et leurs usages comme proxys paléoclimatiques et paléoalimentaires
27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Computational Methods in System Biology .
Acte de congrès
voir la publicationAnswer set programming to compute constraint elementary flux modes
Metabolic Pathway Analysis .
Acte de congrès
voir la publication